Он пытался объяснить свое видение своим коллегам, что все бессмысленно и что вся деятельность человечества приводит только к потраченным впустую усилиям, но его отвергли как эксцентричного человека, стоящего на пути прогресса. В то время люди считали, что наука и технологии вот-вот откроют золотой век изобилия и досуга. Он решил оставить работу и вернуться в свой деревенский дом. Вместо того, чтобы пытаться объяснить свое понимание одними словами, он применил бы его к сельскому хозяйству, придав ему физическую форму и тем самым продемонстрировав его полезность. Он хотел показать, что производительная сила одной только природы больше, чем у современного сельского хозяйства, которое полностью опирается на человеческие знания и технологии. По прибытии домой г-н Фукуока поселился в небольшой хижине на склоне горы.
Его первая попытка заниматься тем, что он считал естественным земледелием, окончилась неудачей. Идея г-на Фукуока заключалась в том, чтобы дать природе волю, и он прекратил обрезку фруктовых деревьев, которые уже были подстрижены низко и широко, чтобы их можно было легко собрать. Он считал, что без дальнейшей обрезки деревья вернутся к своему естественному виду. Однако когда ветви выросли, они пересеклись и запутались. В течение нескольких лет более четырехсот деревьев засохли и погибли от вредителей. Он понял, что, как только люди вмешались в естественный образ жизни, они не могут внезапно покинуть природу и ожидать, что природа будет жить сама по себе. Это не натуральное земледелие, а простое забивание на... Как только люди повлияли на природу, они обязаны исправить причиненный ими ущерб.
Он понял, что натуральное земледелие возможно только тогда, когда природа цельна, и в большинстве случаев это требует периода восстановления.
К концу 1930-х годов барабанный бой войны в Японии стал безошибочным. По настоянию отца г-н Фукуока покинул спокойную хижину на вершине холма и устроился на работу на сельскохозяйственную экспериментальную станцию префектуры Коти на восточной стороне города Сикоку. Ожидалось, что он и его коллеги увеличат производство продуктов питания в военное время благодаря своим исследованиям. Г-н Фукуока также выступал в качестве агента по распространению сельскохозяйственных знаний, помогая отдельным фермерам повысить урожайность, и даже вел колонку «Советы по сельскому хозяйству» для местной газеты.
Но все это время он проводил личные исследования на стороне, сравнивая урожайность культур, выращенных с использованием компоста, химических удобрений, пестицидов и гербицидов, с урожайностью, выращенной без компоста или синтетических химикатов. Он обнаружил, что выращивание сельскохозяйственных культур с использованием компоста и химикатов дает незначительно более высокие урожаи, но недостаточно высокие, чтобы компенсировать затраты на их получение. Как только он был удовлетворен результатами этих экспериментов, он больше никогда не проводил подобных экспериментов. Поскольку война подходила к концу весной 1945 года, даже г-н. Фукуока был призван на службу. Его отправили на фронт копать окопы для ожидаемого вторжения союзных войск. Однако наземного вторжения так и не произошло, и всего четыре месяца спустя война внезапно закончилась.
Благодарен за то, что их пощадили, г. Фукуока вздохнул с облегчением, выбросил лопату и пистолет и ушел домой. Вскоре после окончания войны оккупационные силы союзников во главе с генералом Макартуром внесли несколько важных изменений. Местные чиновники, такие как Отец Фукуоки были отстранены от должности, а программа земельной реформы распределила рисовые поля между сельскими жителями более справедливо. Г-н Фукуока вернулся и обнаружил, что владения семьи сократились примерно до половины акра рисовых полей(20 соток) и двух акров (80 соток) фруктовых садов. Позже он смог купить еще восемнадцать акров(7,2 га) бедных садов у своих соседей. Половину он оставил для своей естественной фермы, а его сын Масато-сан возделывал остальную часть, используя органические методы. Позже рисовые поля были увеличены почти до полутора акров(60 соток).