Осенью 1918 года стал членом Реввоенсовета Республики.
26 декабря 1918 года был взят в плен британскими моряками во время похода советских миноносцев «Автроил» и «Спартак» на Талин — поход закончился пленением обоих кораблей со всем экипажем. Содержался в Брикстонской тюрьме Лондона. 27 мая 1919 года в посёлке Белоострове под Петроградом был обменян на группу арестованных граждан Британии (17 пленных английских офицеров).
После освобождения из плена, 10 июня 1919 года был назначен командующим Астрахано-Каспийской военной флотилией, а 31 июля 1919 года Волжско-Каспийской военной флотилией, участвовал в обороне Царицина (1919) и высадке десанта в иранском порту Энзели (1920) с целью возвращения оттуда угнанных белогвардейцами кораблей каспийского флота. Награждён двумя орденами Красного Знамени.
С июня 1920 года по март 1921 года — командующий Балтийским флотом. Затем был полпредом СССР в Афганистане, Эстонии, Дании и Болгарии. «В письме жены Раскольникова от 26 ноября 1962 года указывается, что Раскольников скончался 12 сентября 1939 года в Ницце от мозгового заболевания.
Что касается состояния здоровья Раскольникова, то по этому вопросу известно следующее. В медицинском заключении Центральной поликлиники Лечсанупра Кремля на Раскольникова от 1 августа 1936 года, составленном профессором Шуровским, написано: «Страдает нервной астмой, неврастенией на почве длительного переутомления. Нуждается в двухмесячном отдыхе для климатического лечения». В автобиографии, написанной в 1937 году и находящейся в личном деле Раскольникова в ЦК КПСС, указывается, что он в 1912 году болел нервным расстройством. В документальных материалах Центрального государственного архива Октябрьской революции, высших органов государственной власти и органов государственного управления СССР имеются следующие сведения о нервном заболевании Раскольникова. В октябре 1912 — феврале 1913 года Раскольников находился на лечении в больнице и психиатрической клинике Психоневрологического института в Петербурге. В одном из медицинских документов того времени говорится, что Раскольников «… одержим был сильным нервным расстройством, граничащим с психиатрическим расстройством. Он отказывался от пищи, говорил о смерти…», «…страдает душевным расстройством… Заболевание его сопровождается полной спутанностью сознания, обильными галлюцинациями…» В прошении матери об отдаче ей на поруки Раскольникова говорилось, что сын страдает манией преследования. Писатель Н. Равич в своих военных мемуарах «Молодость века» (Воениздат, 1960 г.), вспоминая о встречах с Раскольниковым в гражданскую войну, указывает:
«…Он был подлинным фанатиком революции и никогда не признавал никаких компромиссов. И в то же время какая-то истеричность и неуравновешенность чувствовалась в нем. Бывали случаи, когда он впадал в ярость… во время беседы я заметил в Раскольникове одну странность. Взгляд его вдруг становился отсутствующим, и он не слышал того, что ему говорят. А через несколько минут, как бы очнувшись, спрашивал: «Простите, что вы сказали?» Потом, уже в Советском Союзе, мне приходилось по службе часто встречаться с Раскольниковым. Однажды я спросил его, чем объясняется такая рассеянность. Он покраснел и ответил: — Вы знаете, у меня бывают иногда какие-то провалы в сознании. Я долго болел в связи с этим, даже находился в больнице… Вероятно, именно по этой причине Раскольников, человек легендарной храбрости, потерял способность управлять собой, когда столкнулся с жестокой действительностью. Иногда история требует от человека большего, чем физическая храбрость».
Адольф Абрамович Иоффе (1883–1927). Второй сын в еврейской семье богатого симферопольского купца-миллионера Абрама Яковлевича Иоффе, который был владельцем всех почтовых и транспортных средств в Крыму, имел собственный дом в Москве, звание потомственного почётного гражданина и считался „любимым евреем“ министра Витте. Окончив гимназию, с 1903 по 1904 год учился на медицинском факультете Берлинского университета. Учёбу чередовал с революционной деятельностью в России и Германии. С 1903 года — меньшевик. В 1906 году был выслан в Сибирь, но бежал из ссылки. Эмигрировал в Швейцарию. В 1906–1907 годах учился на юридическом факультете Цюрихского университета.
В Вене Иоффе окончил медицинский факультет и получил диплом врача. Интересовался психиатрией, был одним из учеников и последователей Альфреда Адлера. Троцкий писал о нём: «несмотря на чрезвычайно внушительную внешность, слишком внушительную для молодого возраста, чрезвычайное спокойствие тона, терпеливую мягкость в разговоре и исключительную вежливость, черты внутренней уравновешенности, — Иоффе был на самом деле невротиком с молодых лет…Даже необходимость объясняться с отдельными лицами, в частности, разговаривать по телефону, его нервировала, пугала и утомляла». В Вене Иоффе лечил Альфред Адлер.