Летом 1928 года Зорге в качестве эксперта по Северной Европе принимал участие в работе VI Всемирного конгресса Коминтерна. На нем с докладом выступил новый председатель Коминтерна Н. Бухарин, сменивший на этом посту Г. Зиновьева. На конгрессе были уточнены задачи международного коммунистического движения, подчеркнуто «твердое укрепление коммунистического единства во всем мире». В решениях конгресса отмечалась опасность приближающейся новой империалистической войны, а также прогнозировалось возникновение экономических кризисов, великих классовых боев и новых революций.
Зорге, как и другие участники, позитивно воспринял решения конгресса и принятые на нем документы: программу Коммунистического интернационала и устав Коминтерна. Он с особенным вниманием отнесся к тезисам об опасности новой империалистической войны, так как уже думал об этом, оценивая складывающуюся в Европе обстановку. Однако реальное состояние дел в скандинавских компартиях не во всем совпадало с прозвучавшими на конгрессе оценками потенциала мирового коммунистического движения и его способности влиять на развитие событий в мире. Как понимал Рихард, в полной мере это было справедливым в отношении только Всесоюзной коммунистической партии большевиков — правящей политической партии СССР.
В конце 1928 года в Исполкоме Коминтерна подвели итоги работы Зорге за рубежом и выполнения поставленных ему заданий. Деятельность Рихарда была оценена положительно. Все отчеты о поездках руководство утвердило, получили одобрение большинство его предложений по совершенствованию работы инспектировавшихся им компартий. Вместе с тем его непосредственное участие во внутрипартийных делах в Норвегии было признано нецелесообразным. По существовавшей практике эмиссар из Москвы должен был только фиксировать недостатки и упущения, не вмешиваясь во внутрипартийную борьбу.
В конечном итоге Рихард Зорге остался в числе лиц, направляемых за рубеж для инспектирования отдельных компартий. В то же время его не включили в состав Отдела международных связей (ОМС) — наиболее важного отдела Коминтерна, сотрудники которого обеспечивали постоянную связь ИККИ с руководством зарубежных компартий. Вместо этого Зорге прикрепили к Западноевропейскому бюро Коминтерна, находившемуся в Берлине в качестве пункта связи ОМС, предназначенного для установления более тесных контактов с компартиями европейских стран.
Почти все свое время Зорге отдавал работе. Если он не находился в зарубежной командировке, то задерживался в Исполкоме допоздна, писал статьи и научные работы. К сожалению, на личную жизнь времени у Рихарда почти не оставалось, а его жена Кристиана так и не смогла приспособиться к жизни в Советском Союзе. В семье начался разлад, и в 1926 году, когда молодая женщина решила вернуться в Германию, Рихард не стал ее удерживать. Официально их брак был расторгнут в 1932 году.
Продолжалась журналистская и исследовательская деятельность Зорге. Используя собранные в ходе поездок по странам Северной Европы материалы, он написал и опубликовал в журнале «Коммунистический Интернационал» статьи «Единство профсоюзов СССР и Скандинавии», «Борьба против принудительного арбитража в Норвегии», «Поворотный пункт в развитии норвежского рабочего движения и КПН», «Задачи норвежской КП в новый период развития (к решениям III партсъезда КПН)», подписав их псевдонимом «Р. Зонтер».
Зорге также подготовил и выпустил в гамбургско-берлинском издательстве книгу «Новый германский империализм». Этот капитальный труд содержал анализ обстановки в Германии, в нем была предсказана опасность прихода к власти нацистов, что неизбежно должно было привести к возникновению военной угрозы в Европе, а также подчеркивалась необходимость сплочения всех революционеров и коммунистов для борьбы против военной опасности. Книга, имевшая большое теоретическое и практическое значение, была также издана в Советском Союзе и Японии.
В начале 1929 года по заданию ИККИ Зорге вновь совершил две зарубежные поездки — в Норвегию и Англию. В это время в ВКП(б) развернулась борьба с «правым уклоном», в ходе которой И. Сталин резко критиковал Н. Бухарина и его сторонников, что сказалось на судьбе и дальнейшей работе в Коминтерне Рихарда Зорге. Ранее на совещаниях в ИККИ никогда не обсуждались внутрипартийные дела советских коммунистов. Сотрудники аппарата знали из сообщений прессы, в том числе иностранной, о борьбе между Сталиным и Троцким, но она никак не сказывалась на работе ИККИ и его органов.
В конце 1928-го — начале 1929 года Сталин добился снятия Н. Бухарина со всех постов за выступления против высоких темпов индустриализации в ущерб развитию сельского хозяйства и представители руководства ряда зарубежных компартий выступили в его поддержку. В этой связи нападкам стала подвергаться и деятельность Бухарина во главе Коминтерна. Начался поиск его сторонников среди работников аппарата ИККИ, сбор на них различных компрометирующих материалов.
В списки лиц, вызывающих недоверие, попал и Рихард Зорге. Ему в вину ставили излишнюю самостоятельность в суждениях, превышение полномочий при выполнении служебных заданий, а также связи с троцкистскими элементами во время нахождения в Компартии Германии. Однако для предъявления конкретных обвинений этого было недостаточно.
В марте и апреле 1929 года постоянная комиссия секретариата ИККИ дважды обсуждала вопрос о «товарище Зорге», определяя целесообразность его дальнейшей работы в Исполкоме Коминтерна. В августе, с учетом имевшейся на него негативной информации, секретариат решил исключить Зорге из списка работников Западноевропейского бюро и откомандировать его в распоряжение ЦК ВКП(б) и ЦК КП Германии. В то же время Рихард продолжал оставаться на должности референта в секретариате Д. Мануильского, который хорошо знал и ценил его. Окончательное решение о судьбе вызывавших недоверие сотрудников определялось в то время на партийных собраниях в ИККИ.
В октябре 1929 года Рихард Зорге успешно прошел так называемую «чистку» на очередном партсобрании. Выступая на нем, Рихард был вынужден признать некоторые свои «колебания» в отношении «правого уклона». Однако полностью отверг все обвинения в «неправильных» действиях в Компартии Германии, а также заявил о своей активной борьбе в «немецком клубе» против троцкистов. В итоге состоявшегося обсуждения большинство выступавших положительно оценили работу Зорге, и он был признан «заслуживающим доверия». Предложение о его исключении из партии было отклонено, что означало разрешение на продолжение работы в Советском Союзе.
Весь этот период, когда в инстанциях Исполкома Коминтерна решалась его судьба, был чрезвычайно трудным для Рихарда. Он не чувствовал за собой никакой вины, но понимал, что попал в обстоятельства, при которых его участие в мировом революционном движении может закончиться. Его оценка деятельности Коминтерна резко изменилась, он считал, что эта организация часто выдавала желаемое за действительное, преувеличивала значение и возможности многих национальных компартий. Неприятие Зорге вызывали и аппаратные интриги ряда сотрудников Коминтерна, и начавшаяся кампания политических «чисток». Он понимал, что прошло время свободных дискуссий, открытого высказывания своих взглядов и товарищеской критики.
Отлично разбираясь в международной обстановке, Рихард Зорге видел, что в коммунистическом движении наметился спад, поэтому Коминтерн стал терять свое прежнее значение. В то же время ведущие позиции среди мировых прогрессивных сил занимал Советский Союз, и будет более правильным оказывать помощь Советскому государству, что он, Рихард Зорге, сможет делать с учетом полученного им опыта, причем он мог собирать и анализировать информацию не только о положении компартий в отдельных зарубежных странах, но также политическую, экономическую и военную. Это даже больше отвечало его характеру и склонностям, желанию быть в центре событий и решать самые сложные задачи.