Прошло немного времени, прежде чем советники Птолемея почувствовали, что для завоевания расположения Цезаря их доводы не могут конкурировать с доводами его сестры. Возглавив армию для поддержки александрийской толпы, они осадили дворец, заблокировав людей Цезаря на шесть месяцев. Его солдаты были близки к панике, когда закончились запасы воды, но на осажденной территории были выкопаны новые колодцы, и кризис был предотвращен. Получив в подкрепление XXXVII легион, в состав которого входили бывшие сторонники Помпея, Цезарь стал смелее и предпринял попытку захватить весь остров Фарос, на котором был построен громадный маяк - одно из семи чудес света. После почти сокрушительного для войск Цезаря морского сражения, которое вызвало смятение и панику и едва не привело к потоплению флота, Цезарь сумел вновь овладеть ситуацией, его армия получила подкрепление от царя Пергама Митридата, который сухопутным путем прошел из Малой Азии в Египет. В следующем бою Птолемей бежал, но утонул, когда лодка, несущая его к спасению, перевернулась. Цезарь вернулся освобождать Александрию.
Это единственное изображение маяка на Фаросе из Александрии - одного из семи чудес света. Согласно арабскому путешественнику Абу-Хаггаг Аль Андалусси, который посетил маяк в 1166 г., он достигал высоты 117м, полая внутренняя часть его использовалась как шахта для подъема топлива, необходимого для поддержания огня. Наверху помещалось огромное зеркало, отражавшее солнечный свет в дневное время. Ночью огнем пользовались как предупредительным световым сигналом.
Война в Египте была окончена, но в течение более полугода Цезарь оставался без связи с остальным миром. Выжившие сторонники Помпея имели время, чтобы перегруппироваться, и гражданская война грозила затянуться. Цезарь остался в Египте на два месяца, как утверждают, пируя с Клеопатрой. В какой-то период царица, видимо, взяла его в роскошное путешествие по Нилу. С военной и политической точки зрения бездействие Цезаря в течение длительного времени было бессмысленным. Может быть, у него никогда не было ясного плана относительно того, что он должен сделать, выиграв гражданскую войну, а может быть, он устал и не мог отказать себе в отдыхе в очаровательной компании.
Veni, vidi, vici - Зельская кампания
Хотя Клеопатра славится как самая прекрасная женщина мира, вероятно, это преувеличено. Плутарх говорил следующее: Сама по себе ее истинная красота не была так замечательна. Неотразимо было воздействие ее духа. В привлекательности ее личности, соединенной с очарованием беседы и характерными особенностями всего, что она говорила или делала, было что-то околдовывающее. Было наслаждением просто слышать звук ее голоса.
В конце мая или начале июня 47 г. до н.э. Цезарь наконец-то собрался двинуться в поход. Из Сирии пришли дурные новости, и он морем отправился туда с VI легионом, оставив остальную армию в Египте. Цезарь выступил против Фарнака, сына царя Митридата, возглавившего мятеж против отца и ставшего причиной его самоубийства. Понимая, что в империи царит хаос, вызванный гражданской войной, Фарнак решил вторгнуться в самый центр Понта, на территорию, «потерянную» для Рима. Цезарь встретился с Фарнаком при Зеле и выиграл ожесточенную битву, которая решила исход войны в самом начале кампании. Известно, что Цезарь высказался по поводу удачливости Помпея, за воевавшего свою славу полководца, имея дело с такими противниками. Позже, когда он праздновал триумф над Понтом, лозунгом процессии были всего три латинских слова: Veni, vidi, vici - «Пришел, увидел, победил».
Хотя вопрос с Восточным Средиземноморьем был теперь решен, в других местах в отсутствие Цезаря образовалось множество проблем. Поведение Кассия в Испании спровоцировало бунт, в Африке Сципион, Афраний, Лабиен, Катон и многие несгибаемые сенаторы набрали огромную армию, поддержанную царем Юбой. В Италии тоже были трудности, которые усложнялись отсутствием сообщений от Цезаря, пока он был в Египте. Бунтовали также ветераны Цезаря, новости были тем горше, что зачинщики на этот раз происходили из любимого Цезарем X легиона. Самые старшие из солдат хотели уйти в отставку, другие жаловались, что не получили наград, обещанных им за их ратный труд по окончании кампании. Они публично выражали недовольство, но эту вспышку во многом могла спровоцировать и скука, потому что, как говорит история, армии наиболее склонны к мятежу тогда, когда они неактивны. Цезарь вернулся в Италию как раз тогда, когда мятежники намеревались отправиться походом на Рим. Его поведение поразило их, когда он верхом прискакал в лагерь, обратился к ним и спросил, чего они хотят. Уже потрясенные, ветераны пришли в ужас, когда он, не назвав их соратниками, обратился к ним как к квиритам - гражданскому населению, а не солдатам. Это была невероятная демонстрация харизмы Цезаря и его самоуверенности, потому что вскоре легионеры, и особенно X легион, начали просить наказать их, казнив каждого десятого, и взять обратно на службу.