Расположенная на Крымском полуострове база занимала господствующее положение на Черноморском театре, обеспечивая маневр силами флота в любом направлении и досягаемость румынских нефтепромыслов в Плоешти и нефтехранилищ в Констанце.
В связи с этим обстоятельством в Севастополе базировались основные силы Черноморского флота — эскадра, отряд легких сил, бригады крейсеров, подводных лодок, торпедных катеров и других кораблей. Так, корабли эскадры стояли на якорях в Северной и Южной бухтах Севастополя.
Оборона военно-морской базы осуществлялась силами охраны водного района (командир — контр-адмирал В.Г. Фадеев, военком — полковой комиссар Б.В. Сучков, начальник штаба — капитан 2 ранга В.И. Морозов), в которые входили два дивизиона тральщиков, дивизион сторожевых катеров, охрана рейдов, береговая база и судоремонтная мастерская. Подходы к Северной бухте со стороны моря были прикрыты минными заграждениями, тремя рядами бонов и противолодочными сетями.
В районе базы была установлена круглосуточная позиция дальнего дозора, расположенная за внешней кромкой минного заграждения, а за его внутренней кромкой находились четыре круглосуточные позиции ближнего противолодочного дозора, который несли эсминцы, тральщики, морские охотники.
Противокатерная оборона осуществлялась силами охраны водного района во взаимодействии с другими силами и дозорной службой, для чего в оперативном подчинении командира ОВР находился противокатерный дивизион береговой обороны (4 батареи 45-мм орудий).
Для своевременного обнаружения подхода подводных лодок и торпедных катеров противника к зонам бонового заграждения в распоряжении командира охраны рейдов находились гидроакустическая станция и два сигнально-наблюдательных поста. Для огневого воздействия по противнику на Константиновском равелине, рядом с зенитной батареей, располагались пулеметные расчеты.
На начало войны все корабли охраны водного района главной базы флота находились в Стрелецкой бухте, за исключением одного дивизиона базовых тральщиков, который после окончания флотского учения зашел для заправки топливом в Одесский порт.
Сухопутную оборону Крыма и Севастополя обеспечивали части 9-го стрелкового корпуса Одесского военного округа и взаимодействующие с ним береговая оборона, корабли и авиация флота. Для улучшения организации противовоздушной и противодесантной обороны главной военно-морской базы в мае 1941 года вся территория, начиная от центра Севастополя, была разделена на три сектора, Севастопольский и Балаклавский боевые участки, подчиненные коменданту береговой обороны. Для занятия обороны на этих участках были привлечены все части Севастопольского гарнизона, включая и Военно-морское училище.
Большую силу представляла собой береговая оборона главной военно-морской базы (начальник артиллерии — полковник Б.Э. Файн), где было сосредоточено около половины всей береговой артиллерии Черноморского флота. Три отдельных артиллерийских дивизиона (10 береговых батарей), расположенных по побережью от Николаевки до Балаклавы, обеспечивали надежное прикрытие базы от нападения противника с морского направления.
Летом 1941 года для обеспечения обороны Крымского полуострова с суши был сформирован Каркинитский сектор береговой обороны, в который вошли 120-й отдельный артиллерийский дивизион и несколько отдельных батарей (всего 8 стационарных и 2 подвижные батареи). На Арабатской стрелке, в 8 км от Геническа, была также установлена батарея (4 орудия 127-мм калибра).
2, Стационарная …… 100 … 4 … Константиновский мыс … Ст. лейтенант Дзампаев С.З.
8, Стационарная …… 45 … 4 … Южная сторона … Данные не установлены.
10, Стационарная …… 203 … 4 … Р-н Мамашай … Капитан Матушенко М.В.
13, Стационарная …… 120 … 4 … Южная сторона … Данные не установлены.
14, Стационарная …… 152 … 4 … Стрелецкая бухта … Ст. лейтенант Халиф Г.И.
18, Стационарная …… 152 … 4 … Мыс Феолент … Лейтенат Дмитриев Н.И.
19, Стационарная …… 152 … 4 … X. Максимовичи … Капитан Драпушко М.С.
30, Башенная …… 305 … 4 … Д. Любимовка … Капитан Александер Г.А.