После 1934 года уже генерал Комацубара, пользующийся абсолютным доверием Генерального штаба и Военного министерства Великой Японии, принял под командование 1-ю бригаду императорской гвардии, дислоцированную в Токио. 7 июля 1938 года он совершил последнее знаковое перемещение в своей служебной карьере, приняв в Маньчжурии 23-ю дивизию Квантунской армии. Это то самое соединение японских войск, на которое пришлась основная тяжесть боев у реки Халхин-Гол (Номонхан — в японских источниках) с конца весны по осень 1939 года. X. Куромия называет действия Комацубара при Халхин-Голе «одинаково сомнительными и безответственными»[261]. Это выразилось в постоянных спорах с собственным начальником штаба Оути, пытавшимся локализовать конфликт, и раздувании пограничной стычки в полноценную боевую операцию. По мнению даже японских военных, Комацубара, возможно, бывший неплохим разведчиком (они не знали об операции «Генерал»!), оказался бессильным военачальником на оперативно-тактическом уровне. Но и с точки зрения разведки Квантунская армия даже не представляла, какие силы советских войск могут ей противостоять. Дезинформационная операция, начатая 12 лет назад группой Кима и уже два года как завершившаяся, продолжала приносить плоды: японцы просто не понимали истинного масштаба сражения при Халхин-Голе и реагировали на происходящие события хаотично. Прибывший же в Монголию Г. К. Жуков быстро и жестко навязал им свою волю на театре военных действий.
Начальник штаба 23-й дивизии полковник Оути вскоре погиб загадочным образом — по официальному заключению, застрелился. После этого командование безальтернативно перешло в руки Комацубара, и, по выражению, полковника Суми, он настолько проявил себя как робкий, нервный, подверженный панике человек, что возникал вопрос: действительно ли у него есть военное образование? Результатом такого поведения стал не только разгром частей Квантунской армии, но и катастрофические потери 23-й дивизии, которой командовал Комацубара: около 80 процентов личного состава. Тем не менее еще в ходе сражения Комацубара пытался переложить вину за надвигающуюся катастрофу на других офицеров. Он вынудил совершить самоубийство начальника разведки дивизии подполковника Иоки и потом долго отказывался рассказать об этом его вдове и сыну, всячески выгораживая себя. Как часто бывает в армии любой страны, его двуличная позиция вынудила применить к нему неоднозначную меру: 6 ноября 1939 года он был отстранен от командования дивизией и… переведен сначала в Штаб Квантунской армии, а затем в Генеральный штаб, в Токио. Формально — с повышением, а по сути его просто отстранили от командования до завершения разбирательства.
Ровно через 11 месяцев, 6 октября 1940 года, генерал Комацубара внезапно скончался в госпитале то ли от рака желудка, то ли от язвы, то ли вовсе — совершив харакири. Существует версия, что в тот день в его палату заходил один из офицеров Квантунской армии 23-й дивизии с пистолетом в руке, но, как пишет X. Куромия, даже дознание по этому факту не проводилось. Профессор Куромия приводит в своей статье, правда, без ссылки на источник, и любопытный разговор, который якобы состоялся в начале 1941 года между Сталиным и Жуковым. Советский лидер спросил тогда триумфатора Халхин-Гола: «Почему вы, товарищ Жуков, убили генерала Комацубара? Он ведь знал тринадцать языков!» Жуков на это ответил, что если бы он знал, что Комацубара владеет тринадцатью языками, то непременно попытался бы спасти его. Правдив этот анекдот или нет, но особая сталинская ирония передана в нем очень точно. А если Комацубара действительно был агентом О ГПУ — НКВД, то сдерживаемая радость обоих персонажей понятна: со смертью японского генерала в могилу ушла одна из самых больших тайн первой половины XX века, и победа досталась не только советскому солдату, который, безусловно, вынес на своих плечах всю основную тяжесть «монгольской войны», но и триумфаторам в штабах.