След речта си Рейгън заема същата позиция за „Иран-контри“, каквато заема след „Уотъргейт“ – време е страната да продължи напред. Но скандалът, който е водеща тема в продължение на няколко месеца от президентството му, нанася тежки щети. Както пише той, след като напуска поста: „За пръв път в живота ми хората не ми вярваха“. От октомври 1986 г. до март 1987 г. рейтингът на одобрение на Рейгън пада с 20 пункта до 43 процента, какъвто не е бил от най-тежкия период на рецесия през 1981/82 г. Нанси обвинява Дон Риган, който според нея не е успял да защити президента, както го прави тройката. След като казва на съпруга си, че началникът на канцеларията ѝ е затръш-нал телефона, тя получава своето. Преди Рейгън да уреди на Риган достойно оттегляне, офисът на първата дама издава, че бившият лидер на мнозинството в Сената Хауърд Бейкър ще го замени. Това е подъл начин да се отнесеш с човек след шест години вярна служба.
Отслабената позиция на президента се вижда през октомври 1987 г., когато Сенатът отхвърля номинацията на Робърт Борк да замени Люис Пауъл във Върховния съд. Същия месец се сриват фондовите борси. Индексът „Дау Джоунс“ се понижава с 22,6 процента само за ден. Периодът е изключително труден и в лично отношение за Рейгън. След като е диагностицирана с рак на гърдата, Нанси е подложена на двойна мастектомия. По време на операцията Рейгън се разплаква в чакалнята.
Рейгън, чието управление става все по-хаотично, прави втори опит с номинация за Върховния съд. Той избира Дъглас Гинсбърг, съдия от федерален апелативен съд, който скоро оттегля кандидатурата си, след като се появяват медийни информации, че е пушил марихуана като студент и като млад преподавател по право. Това може би не би имало значение, ако Нанси Рейгън не бе направила своя любима кауза кампанията „Просто кажи не“ на наркотиците, а проповядващият морал министър на образованието Уилям Бенет не бе оказал натиск върху Гинсбърг да се оттегли. След тези две несполуки Рейгън най-сетне успява да прокара номинацията на Антъни Кенеди, чиито възгледи са по-умерени от това, които биха искали последователите на консервативната доктрина. Кенеди и О’Конър по-късно признават аборта за конституционно право в делото от 1992 г. „Планирано майчинство срещу Кейси“. От трите назначения на Рейгън във Върховния съд само Антонин Скалия задоволява неизменно очакванията на консерваторите.
След „Иран-контри“ се изпарява целият остатъчен политически дневен ред на администрацията. Тъй като длъжностните лица в нея започват да се готвят за живота след Белия дом, преобладаващият манталитет в правителството е „всеки за себе си“. Тъй като Рейгън не изпитва подозрения и стои далеч от детайлите на управлението, се създава атмосфера, в която етичните граници са неясно очертани и често пъти биват пресичани. Бившият му помощник Майкъл Дийвър става високоплатен лобист и по-късно е обвинен от федерален съдебен състав, че е излъгал комисия на долната камара. Признат е за виновен по три обвинения и е осъден на пробация, общественополезен труд и солена глоба.
Друг бивш съветник на име Лин Нофзигър е преследван за подобни нарушения и през 1988 г. е осъден по три обвинения на 90 дни затвор заради лобиране пред Едуин Мийз от името на „Уедтек“ и други клиенти. Апелативен съд след това отменя присъдата на Нофзигър по технически причини.
Друг специален прокурор е назначен да разследва самия Мийз за нарушаване на правилата за конфликт на интереси по казуса „Уедтек“. Мийз помага на „Уедтек“ да сключи договори за услуги в сферата на отбраната на стойност 250 милиона долара без обществена поръчка, въз основа на измамния ѝ статут на компания, притежавана от представител на малцинствата. Вместо да повдигне обвинения на Мийз, специалният прокурор пише доклад, в който критикува етиката му. Мийз постъпва по същия начин, както Рейгън с „Иран-контри“ – твърди, че няма спомен. Той обаче е застрашен от още едно разследване, на Службата за професионална отговорност към министерството на правосъдието, и подава оставка през юли 1988 г.
Привърженик на морала в други области, Рейгън не изпраща на служителите си никакви сигнали относно почтеността при вземането на решения. Неговата враждебност към Вашингтон в комбинация с възхвалата на предприемачеството правят приемливо използването на длъжности в публичния сектор в изгода на частници. Хора, които са търпели заплати в публичния сектор, за да се борят срещу бюрокрацията, в крайна сметка започват да я манипулират в полза на платежоспособни клиенти, за да си уредят бъдещето след края на мандата си в администрацията. В същия дух нещата във Вашингтон през 80-те се въртят около преследването на богатство по начин, какъвто не е виждан през много от предишните десетилетия. От потайна работа с лоша слава лобизмът се превръща в професия, с която хората се хвалят.