Начало недолгой (1861–1867) профессорской карьеры Чичерина совпало с так называемой «студенческой историей», разыгравшейся в столичных университетах осенью 1861 года. Не одобряя «мелочно-стеснительных» мер правительства в отношении прав студентов, Чичерин в то же время выступил против попыток студенчества играть какую-либо общественную роль, считая возможным для поддержания порядка в университете лишь «разбудить немного дремлющую власть». Являясь сторонником самой широкой свободы и автономии для университетов, он в то же время полагал, что государство не должно допустить превращения этих учебных заведений в «центры и орудия разрушительной пропаганды…».
Но, уже имея в оппозиционных кругах репутацию «охранителя», Борис Николаевич не сумел достигнуть взаимопонимания и с правительством. Сначала недоразумения возникли вследствие бестактного стремления Министерства народного просвещения поддержать консервативные призывы Чичерина административными средствами. Вступительная лекция, прочитанная Борисом Николаевичем перед началом курса в Московском университете и появившаяся в печати, настолько понравилась властям, что цензорам было дано указание не пропускать полемические выпады против лекции профессора, ценимого правительством. В ответ на такое неуклюжее обхождение Чичерин, справедливо полагая, что он вовсе не обыкновенный чиновник, исполняющий приказания начальства и нуждающийся в его защите, обратился к министру с просьбой снять с него «клеймо», оскорбительное для чести независимого автора.
Через несколько лет после студенческих волнений внутри коллегии московских профессоров вспыхнул конфликт, осложненный вмешательством министерской власти, не посчитавшейся с решением ученого совета и, по убеждению Чичерина, нарушившей установленный законом порядок. «Где есть беззаконие, там должен быть и протест. Он может быть практически бесполезен, но он всегда нравственно необходим. Это не только право, но и обязанность каждого члена коллегии, обязанность, от исполнения которой зависит прочное утверждение законного порядка в русском обществе» – так Борис Николаевич объяснил мотивы своего участия в этом переросшем свои первоначальные рамки конфликте. Единственным выходом из этой скользкой ситуации для Чичерина было уйти в отставку. Покидая университет навсегда, он решает перебраться в деревню. Там, в спокойной, несуетной обстановке провинциального поместного быта, он продолжает много и увлеченно размышлять о ходе внутренних и международных событий, создавать научные трактаты, пробовать свои силы в политической публицистике, участвовать в земской деятельности, мечтать о новой политической роли.
Уже к исходу первого пореформенного двадцатилетия в традиционных размышлениях Чичерина о соотношении идеального и осуществимого на практике в той или иной стране возникает новый мотив. Необходимо все-таки постепенно приобщать и приучать общество к участию в государственных делах. Отсюда и желательность представительства законосовещательного типа как подготовительной меры. Меры, против которой Чичерин решительно возражал еще в 1866 году, считая ее бесполезной и даже вредной, поскольку, дескать, выйдет одно «собрание обличителей», не обремененных никакой ответственностью. Теперь же Чичерин рассуждает иначе, подчеркивая и обратное воздействие представительного учреждения на формирование основ гражданского общества. «Парламент, – пишет он, – нужен еще более для политического воспитания народа, нежели для государственного управления».