28 июля под стенами крепости были взорваны два фугаса, в образовавшийся пролом в 40 саженей (85 м) хлынула русская пехота. В ходе штурма русские потеряли убитыми и ранеными 11 офицеров и 164 нижних чина, а кокандский гарнизон был почти полностью уничтожен. В плен попали только 74 человека, 35 из которых были ранены.
5 августа основные силы графа Перовского ушли, а в Ак-Мечети (позже переименованной в форт Перовский) остались две роты пехоты и две с половиной сотни казаков при семнадцати орудиях и нескольких ракетных станках.
Форт Перовский стал главным опорным пунктом новоучрежденной оборонительной Сыр-Дарьинской линии, которая стала как бы авангардом Оренбургской линии и связывалась с ней кордоном укреплений от Аральского моря до нижнего течения Урала (защищавшим киргизскую степь от туркмен пустыни Усть-Урт).
В 1856 г. основной задачей русского правительства стало соединение Сыр-Дарьинской и Сибирской линий. На одном из этих направлений имелись одиннадцать оренбургских линейных батальонов, уральских и оренбургских казаков, а на другом — двенадцать западносибирских линейных батальонов и казаков Сибирского войска. Эти небольшие силы были разбросаны на двух громадных фронтах, общим протяжением свыше 3,5 тыс. верст.
В конце лета 1860 г. кокандский хан собрал 22-тысячное войско для того, чтобы уничтожить город Верный, поднять на русских киргизскую степь и разгромить все русские поселки Семиречья. Положение для русских сложилось угрожающее. Подполковник Колпаковский двинулся из Верного навстречу хану с тысячей человек, имея восемь орудий. В трехдневном сражении на реке Кара-Костек (Узун-Агач) кокандцы были наголову разбиты. Одновременно отряд полковника Циммермана разорил кокандские крепости Такмак и Пишпек. В 1862 г. Колпаковский взял крепость Мерке и утвердился в Пишпеке. Россия стала твердой ногой в Семиречье.
Александр II в 1863 г. приказал завершить соединение Сибирской и Сыр-Дарьинской оборонительных линий. Весной 1864 г. навстречу друг другу выступили два отряда: от Верного — полковник Черняев с полуторатысячным отрядом и четырьмя орудиями, а от Перовска — полковник Веревкин с отрядом в 1200 человек и десятью орудиями.
Пройдя Пишпек, Черняев 4 июня взял штурмом крепость Аулие-Ата. В июле его отряд подошел к Чимкенту, где 22 июля вступил в бой с 25 тыс. кокандцев и разбил их. А Веревкин тем временем 12 июля занял крепость Туркестан и выслал летучий отряд для связи с Черняевым, который считал свои силы недостаточными (7 рот, 6 сотен и 4 пушки) для штурма сильно укрепленного Чимкента. Черняев отступил в крепость Туркестан, где соединился с Веревкиным. Оба отряда поступили под общее командование только что произведенного в генералы Черняева и, отдохнув, в середине сентября направились к Чимкенту.
22 сентября 1864 г. русский отряд численностью в тысячу человек, имея девять орудий, штурмом овладел Чимкентом и обратил в бегство десятитысячную кокандскую армию. Черняев овладел крепостью, переведя свои роты через ров поодиночке по водопроводной трубе. В ходе штурма русские потеряли убитыми и ранеными 47 человек. В крепости русский отряд захватил трофеи: 4 знамени, 31 орудие, много другого оружия и разных военных принадлежностей.
Кокандское войско бежало в Ташкент. Генерал Черняев решил немедленно использовать свое моральное преимущество после чимкентской победы и двинуться на Ташкент. 27 сентября русский отряд подошел к сильно укрепленному Ташкенту и 1 октября штурмовал его, но был отбит и отступил в Туркестанский лагерь. Кокандцы решили взять реванш и, собрав около 12 тыс. «халатников», в декабре 1864 г. предприняли попытку напасть на крепость Туркестан. Но в трехдневном бою (с 4 по 6 декабря) у Икан кокандское воинство было остановлено сотней 2-го Уральского полка есаула Серова.
Весной 1865 г. по Высочайшему повелению была учреждена Туркестанская область, а генерал Черняев назначен ее военным губернатором. С отрядом в 1800 человек и двенадцатью орудиями он выступил под Ташкент и 9 мая под его стенами разбил кокандское войско. Жители Ташкента отдались под власть бухарского эмира, выславшего туда свои войска. Решив опередить бухарцев, Черняев поспешил со штурмом и на рассвете 17 июля овладел Ташкентом. В Ташкенте, защищаемом тридцатитысячным войском, русские взяли 16 знамен и 63 орудия, потеряв 123 человека. Занятие Ташкента окончательно упрочило положение России в Средней Азии.
Англия всегда крайне болезненно воспринимала любое продвижение русских на юг, в Среднюю Азию. Поэтому, чтобы успокоить европейские правительства, и в первую очередь британское, 21 ноября 1864 г. князь Горчаков разослал по европейским столицам специальный циркуляр, объясняющий среднеазиатскую политику России.
Горчаков писал: «Положение России в Средней Азии одинаково с положением всех образованных государств, которые приходят в соприкосновение с народами полудикими, бродячими, без твердой общественной организации. В подобном случае интересы безопасности границ и торговых сношений всегда требуют, чтобы более образованное государство имело известную власть над соседями, которых дикие и буйные нравы делают весьма неудобными. Оно начинает прежде всего с обуздания набегов и грабительств. Дабы положить им предел, оно бывает вынуждено привести соседние народцы к более или менее близкому подчинению. По достижении этого результата эти последние приобретают более спокойные привычки, но, в свою очередь, они подвергаются нападениям более отдаленных племен. Государство обязано защищать их от этих грабительств и наказывать тех, кто их совершает. Отсюда необходимость далеких, продолжительнейших, периодических экспедиций против врага, которого общественное устройство делает неуловимым. Если государство ограничится наказанием хищников и потом удалится, то урок скоро забудется; удаление будет приписано слабости: азиатские народы, по преимуществу, уважают только видимую и осязательную силу; нравственная сила ума и интересов образования еще нисколько не действует на них. Поэтому работа должна начинаться постоянно снова. Чтобы быстро прекратить эти беспрестанные беспорядки, устраивают среди враждебного населения несколько укрепленных пунктов; над ним проявляют власть, которая, мало-помалу приводит его к более или менее насильственному подчинению. Но за этою второю миссиею другие, еще более отдаленные народы скоро начинают представлять такие же опасности и вызывать те же меры обуздания. Таким образом, государство должно решиться на что-нибудь одно: или отказаться от этой непрерывной работы и обречь свои границы на постоянные неурядицы, делающие невозможным здесь благосостояние, безопасность и просвещение, или же все более и более подвигаться в глубь диких стран, где расстояния с каждым сделанным шагом увеличивают затруднения и тягости, которым оно подвергается. Такова была участь всех государств, поставленных в те же условия. Соединенные Штаты в Америке, Франция в Африке, Голландия в своих колониях, Англия в Ост-Индии — все неизбежно увлекались на путь движения вперед, в котором менее честолюбия, чем крайней необходимости, и где величайшая трудность состоит в умении остановиться» (56. Кн. вторая. С. 109–110).
Далее в циркуляре говорилось, что решено устройство кордонной линии, связывающей Оренбургскую линию с Сибирской, и притом так, чтобы она была расположена в местности довольно плодородной, чтобы не только обеспечить ее продовольствием, но и обеспечить ее заселение и, наконец, «определить эту линию окончательным образом, чтобы избежать опасных и почти неизбежных увлечений, которые могли бы, от возмездия к возмездию, привести к безграничному расширению» (56. Кн. вторая. С. 110).
Циркуляр заканчивался уверениями, что Россия не намерена переступать за Чимкент, которому надлежит стать военным и административным центром Зачуйского края.
Заметим, что Горчаков писал о Чимкенте, зная, что М. Г. Черняев уже в Ташкенте. Справедливости ради скажу, что русские власти пытались кое-как соблюсти «невинность». В сентябре 1865 г. в Ташкент прибыл оренбургский генерал-губернатор Н. А. Крыжановский. Его встретила толпа жителей, просившая принять Ташкент в подданство русского царя. Однако Крыжановский объявил, что желание их не может быть исполнено, и что город должен образовать отдельное владение под покровительством России, для чего он предложил жителям избрать себе хана. Но предложение это осталось без последствий.