В целом оборот западной торговли в городе направлялся скорее иностранцами, зато в торговле восточной новгородцы полностью доминировали. Новгородские купцы постоянно бывали не только в Европе, но и в Киеве, в Поволжье, проникали на арабский Восток.
Внешняя угроза над республикой нависала неоднократно, однако новгородцы с ней каждый раз справлялись. В1240 году шведы, оспаривавшие у новгородцев обладание Финляндией и побуждаемые папской буллой к крестовому походу на православный Новгород, вторглись на его земли под предводительством (по одной из версий) зятя шведского короля Биргера, но были полностью разбиты русскими на берегах Невы. Князь Александр, командовавший войсками, получил в благодарность от земляков прозвище Невского.
Затем попытку подчинить Новгород предприняли немцы — рыцари ордена Меченосцев, незадолго перед этим объединившиеся с Тевтонским орденом. Но и они потерпели поражение от русских, возглавляемых все тем же Александром Невским, на льду Чудского озера. Оба этих сражения, оставившие яркий след в памяти народа, на самом деле были далеко не единственными столкновениями новгородцев с крестоносцами. Как свидетельствуют летописи, русские не раз успешно били крестоносцев как до, так и после описанных событий.
Новгородская республика погибла, потому что этого захотела окрепшая Москва, да и вся остальная Русь, уже давно настороженно наблюдавшая за новгородскими «западниками», их непривычным опытом народовластия и тесными контактами с католиками.
Определенные основания для подозрений у москвичей имелись. В конце существования республики и в канун разгрома города великим князем Иваном III новгородцы разделились на два лагеря. Недовольные своими боярами городские низы ориентировались на москвичей, а значительная часть боярства вступила в тесные контакты с литовским королем Казимиром и всерьез рассматривала возможность перехода на его сторону.
В июне 1471 года новгородские бояре даже составили проект договора с литовцами, главный пункт которого гласил, что король выступит со своим войском, чтобы защитить Новгород от Москвы. Казимир в свою очередь направил посла к татарам, чтобы подтолкнуть их к новому набегу на Русь, однако быстрое наступление московских войск помешало заключению договора, и Литва решила на этот раз уклониться от столкновения.
Авторы многих русских летописей смотрят на новгородцев как на крамольников и вероотступников. По мнению одного из летописцев, новгородцы даже хуже неверных:
Неверные искони не знали Бога; эти же новгородцы так долго были в христианах, а под конец начали отступать к латинству; великий князь Иван пошел на них не как на христиан, а как на иноплеменников и вероотступников.
Такое мнение о Новгороде было в те времена весьма распространенным. Другая летопись сообщает:
...Сам народ добровольно собирался большими толпами и ходил на новгородскую землю за добычей, так что весь край был опустошен...
Разбив новгородцев и захватив Новгород в 1478 году, Москва, провозгласившая своими лозунгами самодержавие и православие, прежде всего уничтожила две самые ненавистные ей новгородские «выдумки». Вечевой колокол, созывавший когда-то всех здешних республиканцев на общее собрание, власть «арестовала», а единственную на всю Русь католическую церковь разрушила.
В летописях уничтожение храма объяснялось «благочестивым сознанием русских», приписывалось «чудесному действию в наказание за то, что он [католический храм] мешал православной церкви Святого Иоанна Предтечи и что на внешней стороне храма были с целью отвращения русских написаны образа Спасителя и некоторых святых».
По тем временам эта туманная аргументация для большинства населения выглядела убедительной. Разгром «прозападного» Новгорода с его республиканским менталитетом, деловой хваткой и подозрительной веротерпимостью был воспринят остальными русскими как должное.
Новгородский опыт стал своеобразным «побегом» в будущее. Беглецов настигли и жестоко наказали. Вольному Новгороду было приказано впредь шагать в ногу с остальными, не выбиваясь из строя и не проявляя излишней инициативы.
После разгрома Новгородской республики налаженные связи с Западом оказались надолго прерванными: Москва насильно выселила из Новгорода практически всех местных бояр и купцов, а на их места поселила московских дворян и торговых людей. Дабы неповадно было заглядываться на католический Запад, в Новгороде начали ускоренно возводить православные церкви и вообще перестраивать все, начиная с улиц и кончая рыночными лабазами, на московский «единственно правильный» лад.