В секретный протокол был включен пункт о выплате Турцией России контрибуции в 4,5 миллиона рублей. Этот пункт носил скорее престижный характер, а контрибуция была символической. Только за один 1771 год Россия потратила на войну 25 миллионов рублей. Между прочим, в 1773 г. посол Обресков требовал у турок контрибуцию в 40 миллионов рублей.
Понятно, что наиболее важным моментом во взаимоотношениях с Турцией были свобода торгового мореплавания и возможность держать военные суда в Черном и Средиземном морях.
В 11-й статье трактата о мире было записано: «Для выгодности и пользы обеих империй имеет быть вольное и беспрепятственное плавание купеческим кораблям, принадлежащим двум контрактующим державам, во всех морях, их земли омывающих, и Блистательная Порта позволяет таковым точно купеческим российским кораблям, каковы другие государства в торгах в ее гаванях и везде употребляют, свободный проход из Черного моря в Белое, а из Белого в Черное, так, как и приставать ко всем гаваням и пристаням на берегах морей и в проездах, или каналах, оные моря соединяющих, находящимся».
Русские купцы Англии и Франции, «в наибольшей дружбе с нею пребывающие»: «привозить и отвозить всякие товары и приставать ко всем пристаням и гаваням как на Черном, так и на других морях лежащим, включительно и Константинопольские».
В договоре не было ни слова о праве России держать военный флот на Черном море. Но не было и запрета строить военные корабли. Вместе с тем текст договора давал определенные основания строить и держать их, хотя бы для конвоирования купеческих судов. Договор распространял на Россию права Франции и Англии, «и капитуляции [соглашения] сих двух наций и прочих, яко бы слово до слова здесь внесены были, должны служить во всем и для всего правилом, равно как для коммерции, так и для купцов Российских…».
Между тем эти «капитуляции» предусматривали легкое артиллерийское вооружение самих купеческих кораблей (4—6 пушек) и конвой военных судов среднего класса.
Этот пункт договора юридически давал право русским военным судам свободно плавать по всему Средиземному морю, и плавать куда угодно, хоть к Константинополю, так как суда Англии и Франции имели такое право. Однако русские военные суда не могли пройти южным, Дарданелльским проливом и пристать у Константинополя.
Ряд отечественных историков, в том числе В. Шеремет, трактуют Кайнарджийский договор как «самый обширный и детализированный из всех русско-турецких договоров», и т.п.
Автор же склонен считать этот договор наспех состряпанным перемирием. Договор не только не решал ни одного вопроса. Состояние отношений между Турцией и Россией оставалось нетастабильным, то есть любая мелочь могла вызвать лавину взаимных претензий и соответственно войну.
Выполнение многих артикулов договора было нереальным. России не запрещалось иметь флот, но ему негде было базироваться (из-за мелководья большие суда не могли базироваться в Азове и Таганроге).
Строгое и точное выполнение обеими сторонами артикула 3 по Крыму неизбежно вызвало бы возвращение Крыма под влияние Порты, то есть к довоенной ситуации.
Заключение Кючук-Кайнарджийского мира принесло не облегчение, а тревогу и беспокойство русскому флоту в Архипелаге — всем, от вице-адмирала Елманова до простых матросов.
Подписавший договор фельдмаршал Румянцев хотя и считался великим полководцем, ни уха ни рыла не смыслил в морских делах и согласился с турецким требованием, чтобы русский флот ушел из Архипелага в течение трех месяцев, что было абсолютно нереально.
Начнем с того, что не менее 40% русских судов нуждались в ремонте. Ведь турки не разрешили русскому флоту идти на родину самым коротким путем — через проливы в Черноморские порты. По условиям мирного договора все военные суда должны были идти обратно на Балтику вокруг Европы. А такое плавание не сравнить с крейсерством в Эгейском море в 200—300 км от главной базы. Большинство судов подлежало ремонту, а многие вообще не могли идти.
Но это полбеды. Главное — надо было эвакуировать целую «губернию» с администрацией, Адмиралтейством, госпиталями и другими казенными учреждениями, сухопутные войска и т.д. Жители более двадцати греческих островов приняли русское подданство, на стороне России воевали многие тысячи греков, албанцев, славонцев и других народов. Как быть с ними? В первые два-три года войны Екатерина ставила перед дипломатами цель: добиться на мирных переговорах закрепления «губернии» за Россией. И это греки хорошо знали. А вот теперь их предали.