В эти же годы царь перестает жаловать боярские чины и практически прекращается деятельность Боярской думы, на смену которой приходит Консилия министров, первоначально возникшая как боярская комиссия, которой царь поручал управление страной на время своего отсутствия в столице.
Постепенно, однако, компетенция Консилии министров расширялась, распространяясь на всю территорию страны, а в ее состав стали входить, прежде всего, руководители важнейших приказов. Петр со своей стороны, не превращая Консилию министров в формальное учреждение, а значит, не придавая ей определенный статус в системе политической власти, стремился упорядочить и бюрократизировать ее деятельность, в частности, повышая персональную и коллективную ответственность ее членов, заставляя их лично подписывать протоколы заседаний, «ибо сим всякого дурость явлена будет».
В первые же годы Северной войны достаточно быстро обнаружилась и неэффективность системы управления территориями по долгое время существовавшей схеме приказ — уезд. Уже в 1701 г. был создан особый административный округ вокруг имевших стратегическое значение Азова и Воронежа. В 1702–1703 гг. по мере завоевания Прибалтики в качестве самостоятельной административной единицы выделилась Ингерманландия, образованная на территории отвоеванной шведской Ингрии и части земель, ранее находившихся в ведении Новгородского приказа. Возглавивший управление Ингерманландией любимец и ближайший сподвижник царя А. Д. Меншиков стал именоваться губернатором. Ингерманландия изначально не подчинялась ни одному из центральных приказов, имела собственный бюджет и судебную систему. Все эти нововведения были, по сути, апробацией новых методов управления и форм взаимоотношений центра и регионов, реализуемых в ходе областной (иначе ее называют губернской) реформы 1707–1709 гг.
Реформа началась с декабрьского 1707 г. указа царя Ближней канцелярии расписать города страны по пяти центрам — Киеву, Смоленску, Казани, Азову и Архангельску. Города, находившиеся в 100 верстах от Москвы, соответственно приписывались к ней. Работа над уточнением росписи с участием самого Петра I и назначенных им губернаторов, объезжавших вверенные им территории, продолжалась на протяжении всего 1708 г. В ходе этой работы появилась и еще одна губерния — Сибирская. Наконец, в феврале 1709 г. был издан именной указ об образовании 8 губерний; немного позднее их число возросло до 10: из Казанской губернии выделились Нижегородская и Астраханская.
Создание губерний означало кардинальное изменение всей структуры управления страной. Губернаторы, назначавшиеся из числа приближенных к царю наиболее видных сановников, сосредоточили в своих руках всю административную, финансовую, судебную и военную власть над огромными территориями. В помощь им в губернских центрах создавался разветвленный бюрократический аппарат. Помимо вице-губернатора, при губернаторе были обер-комендант, ведавший военным делом, обер-комиссар, отвечавший за сбор налогов с населения, а также ландрихтер, надзиравший за отправлением правосудия. В уездных городах располагались воеводские канцелярии во главе с уездными комендантами.
Вскоре обнаружилось, что и этого недостаточно и управлять столь огромными территориями с опорой лишь на уездных комендантов весьма сложно, в результате чего к 1715 г. в губерниях Европейской России, Сибири и Урала возникают так называемые доли во главе с ландратами и соответствующими канцеляриями при них. Деление на доли было осуществлено, исходя из определенного (около 5,5 тыс.) числа дворов, являвшихся на тот момент основной единицей налогового обложения. Ландраты в первую очередь отвечали за сбор налогов. На смену долям в 1719 г. пришли провинции во главе с провинциальными воеводами и провинциальными канцеляриями. Трехчленная система управления (губерния — провинция — уезд) закрепилась в России вплоть до новой губернской реформы 1775 г. Еще один штрих в новую систему местного управления был внесен Петром I в 1711 г., когда за губерниями были закреплены определенные армейские полки, за содержание и обеспечение которых им теперь предстояло отвечать.