Большое значение имело и создание специального судебного ведомства — Юстиц-коллегии, заменившей сразу несколько судных приказов и отобравшей судебные функции у приказов иного профиля. В подчинении Юстиц-коллегии находились основанные в 1719 г. надворные суды в двенадцати городах (Воронеж, Енисейск, Казань, Киев, Курск, Москва, Нижний Новгород, Петербург, Рига, Смоленск, Тобольск и Ярославль) — центрах судебных округов, на которые была разделена страна (они не совпадали с границами губерний). Надворным судам подчинялись провинциальные суды, которые располагались в центрах провинций, отдаленных от места расположения надворных судов, и меньшие нижние суды в уездных городах. Создание этих учреждений по существу означало судебную реформу, которая некоторыми исследователями трактуется как первая попытка разделения властей в виде создания самостоятельной судебной власти. Однако само право еще не существовало в России как самостоятельная сфера общественной деятельности, и в стране не было профессиональных юристов. Штаты новых судебных органов комплектовались такими же обычными чиновниками, как и все другие учреждения, а их внутренняя организация и порядок вынесения решений ничем не отличались от иных органов государственной власти. Да и сама идея разделения властей Петру I была неизвестна.
Принципиальное значение имело и образование специальных ведомств по контролю над торговлей и промышленностью — Коммерц - и Берг-мануфактур-коллегий. Это свидетельствовало об осознании государством значения этой сферы общественной жизни, о стремлении, с одной стороны, способствовать ее развитию, а с другой — строго контролировать. Дальнейшая судьба Берг - и Мануфактур-коллегий на протяжении XVIII в. менялась в зависимости от изменения политики государства в сфере экономики.
В течение столетия неоднократно претерпевал изменения и состав коллегий. Еще при жизни Петpa в 1721 г. число коллегией пополнилось особой, Духовной коллегией — Святейшим Синодом. В следующем году самостоятельность получила Мануфактур-коллегия, выделившаяся из Берг-мануфактур-коллегии. Также статус коллегии обрела существовавшая первоначально при Юстиц-коллегии Вотчинная контора, ведавшая учетом и оформлением прав на земельные владения, включая населенные крепостными крестьянами имения.
При жизни Петра возникли и еще два центральных ведомства. Во-первых, Главный магистрат, образованный в 1720 г. для управления городами страны. Одновременно в самих городах были созданы городовые магистраты (в центрах уездов, провинций и губерний) и ратуши (в остальных городах и в слободах), заменившие земские избы. В ведении городовых магистратов и ратуш оказалось все посадское население городов, различные категории которого в ходе шедшей в то время податной реформы, независимо от рода конкретных занятий, были объединены под общим названием купечества. Структура и Главного магистрата, и любого городового магистрата соответствовала коллежской: в каждом из них было присутствие и канцелярия. Присутствие городового магистрата состояло из выбираемых местным купечеством бургомистра и нескольких ратманов. Магистрат отвечал за сбор с городского населения всех видов налогов, поставку рекрутов, исполнение постойной и всех иных повинностей, починку дорог и мостов, контроль за соблюдением в городе порядка и чистоты. Также магистраты осуществляли следствие и суд по мелким уголовным делам, имущественным спорам и межличностным конфликтам. Таким образом, хотя это и были выборные органы, сфера их деятельности была строго регламентирована и в основном была связана с надзором за соблюдением горожанами их повинностей по отношению к государству, почему их лишь с большой натяжкой можно считать подлинными органами самоуправления. Лишь узкий круг вопросов: кого именно отдать в рекруты, как распределить между более состоятельными жителями налоги беднейших, определение очередности в исполнении постойной повинности и т. п., решались купеческим миром.
Другой коллегией, созданной в 1722 г., была Малороссийская, т. е. ведомство, управлявшее Украиной. Сам факт возникновения наряду с отраслевыми коллегиями центрального ведомства территориального характера указывает на то, что проведение губернской реформы еще отнюдь не означало распространения принципов единообразия управления на всю страну. Вошедшая в состав Русского государства в середине XVII в. Левобережная Украина сохраняла еще многие признаки автономии. Она по-прежнему управлялась выборным гетманом и в административном отношении делилась на полки во главе с казацкой старшиной. Одновременно с этим уже с конца XVII в. и в первые годы правления Петра власть все более стремилась распространить на Украину принципы «регулярства», стараясь максимально использовать этот регион в своих целях, тем более что в годы Северной войны именно он превратился в театр военных действий. По сути, это и стало одной из причин измены в 1709 г. гетмана И. С. Мазепы, испытывавшего давление как со стороны центральной власти, так и со стороны казацкой старшины, требовавшей от гетмана защитить ее интересы. Петр сознавал это и после случившегося давление на Украину было ослаблено. Однако после смерти в 1722 г. очередного гетмана нового было решено не выбирать, что и стало причиной создания Малороссийской коллегии, заменившей ранее состоявшего при гетмане русского воеводу и Малороссийский приказ в Москве.