Смерть Захарии
Захария умер после продолжавшейся несколько месяцев болезни, в июле 12 года н. э., вскоре после того как Иоанну исполнилось восемнадцать лет. Это событие привело Иоанна в сильное смятение, ибо обет назорея запрещал прикасаться к покойнику даже в своей собственной семье. Хотя Иоанн решил подчиниться ограничениям данного им обета и не осквернять себя покойником, он не был уверен в том, что выполнил все требования назореев. Поэтому после похорон своего отца он отправился в Иерусалим, где в отведенном для назореев углу женского двора принес жертвы, требуемые для очищения.
В сентябре этого года Елисавета и Иоанн совершили поездку в Назарет, чтобы навестить Марию и Иисуса. Иоанн почти уже решил приступить к делу своей жизни, однако не только слова Иисуса, но и его пример убедили его вернуться домой, чтобы заботиться о матери и «дожидаться, когда пробьет час для дела Отца». Иоанн, получивший большое удовольствие от этой поездки, распрощался с Иисусом и Марией. В следующий раз он встретился с Иисусом только при его крещении в Иордане.
Иоанн и Елисавета вернулись домой и начали составлять планы на будущее. Ввиду того, что Иоанн отказался от пособия для священнослужителей, которое причиталось ему из средств храма, к концу второго года, фактически потеряв свой дом, они решили отправиться на юг вместе с отарой овец. Поэтому летом того года, когда Иоанну было двадцать лет, они переехали в Хеврон. В так называемой «пустыне Иудейской» Иоанн пас своих овец у ручья, питавшего более крупный водный поток, который впадал в Мертвое Море у Ен-Геди. Местная колония объединяла не только назореев пожизненного и временного посвящения, но и многих других пастухов-аскетов, собиравшихся в этих местах со своими отарами и общавшихся с назорейским братством. Они кормились выращиванием овец и подарками богатых евреев.
Со временем Иоанн стал реже возвращаться в Хеврон и всё чаще посещал Ен-Геди. Он настолько отличался от большинства назореев, что ему было трудно по-настоящему сдружиться с членами братства. Однако он очень полюбил Абнера — признанного вождя и главу колонии в Ен-Геди.
Жизнь пастуха
В долине, через которую протекал небольшой ручей, Иоанн построил не менее дюжины каменных укрытий и ночных загонов, устроенных из наваленных друг на друга камней, в которых он мог стеречь и охранять свои отары овец и коз. Жизнь пастуха оставляла Иоанну много свободного времени для размышлений. Он подолгу разговаривал с Ездой — осиротевшим мальчиком из Беф-цура, которого он в некотором роде усыновил и который присматривал за отарами, когда Иоанн отправлялся в Хеврон, чтобы навестить мать и продать овец, или посещал Ен-Геди для участия в субботних богослужениях. Иоанн и мальчик жили очень простой жизнью, питаясь бараниной, козьим молоком, диким медом и местными съедобными акридами. Этот обычный рацион дополняли продукты, которые время от времени доставлялись из Хеврона и Ен-Геди.
Елисавета держала Иоанна в курсе дел в Палестине и в мире, и в нем всё больше крепло убеждение в быстром приближении конца старого мира, а также в том, что ему предстояло стать глашатаем приближения новой эры — «царства небесного». Этот суровый пастух был особенно неравнодушен к писаниям пророка Даниила. Сотни раз перечитывал он описание возвышенного видения Даниила, которое, как говорил ему Захария, отражало историю великих царств мира, — Вавилона, Персии, Греции и вплоть до Рима. Иоанн видел, что языковое и расовое многообразие Рима уже никогда не позволило бы ему превратиться в действительно прочную и нерушимую империю. Он полагал, что Рим уже разделился на Сирию, Египет, Палестину и другие провинции; он читал далее, что «в правление этих царей Бог небесный установит царство, которое никогда не будет разрушено. Царство это не будет передано другому народу, но сокрушит все эти царства и приведет их к концу, а само будет стоять вечно». «И дана ему была власть и слава и царство, чтобы все народы, племена и языки служили ему. Владычество его вечно, оно не прейдет, и царство его будет нерушимым». «Царство же и власть, и величие царственное по всей поднебесной дано будет народу святых Всевышнего, чье царство вечно, и все властители будут служить и повиноваться ему».