В 1934 году А. А. Кондаков уже в должности секретаря партийной организации крупнейшего в Верхнем Поволжье судостроительного завода в Гороховце, С мая 1935 года в аппарате Ивановского обкома ВКП(б). Через год новое назначение — на должность инструктора оргбюро ЦК ВКП(б) по Ярославской области. В июне 1937 года А. А. Кондаков был избран в состав Ярославского обкома ВКП(б) и утвержден заведующим промышленно-транспортным отделом. В том же году назначен секретарем Ярославского горкома ВКП(б).
В конце 1937 года был утвержден председателем облисполкома. В 1938 году ЦК ВКП(б) и Ярославский обком партии удовлетворили просьбу А. А. Кондакова о переводе его на практическую хозяйственную работу в качестве заместителя директора фабрики «Красные ткачи».
В 1940 году А. А. Кондаков на руководящих должностях в Управлении строительством стратегически важных объектов, автодорог Ярославль — Рыбинск и Ярославль — Кострома; строительство последней было закончено в период битвы под Москвой, в ноябре 1941 года.
В 1942–1943 годах А. А. Кондаков на партийной работе в Ярославле, вначале в должности первого секретаря райкома ВКП(б), затем — секретаря Ярославского обкома ВКП(б) по машиностроению и промышленности. В условиях непрекращающихся налетов гитлеровской авиации на военные и промышленные объекты Ярославля и области руководство делало все необходимое для снабжения фронта ярославскими шинами и моторами для ремонта танков и самолетов, бесперебойного функционирования Северной железной дороги.
С 1943 года А. А. Кондаков — первый секретарь Костромского горкома ВКП(б). В год коренного перелома было особенно важно, чтобы опытный партийный работник координировал выполнение костромскими предприятиями важнейших военных заказов по выпуску самоходных артиллерийских установок, бронекатеров, корпусов мин, обеспечивал создание надлежащих условий для формировавшихся в Костроме артиллерийских и авиационных полков, военных учебных заведений, в том числе таких, как Военно-транспортная академия, Третье Ленинградское артиллерийское училище, Ленинградское военно-инженерное училище, Высшая офицерская школа технических войск. В 1944 году по решению ВКП(б) А. А. Кондаков был вновь переведен на партийную работу в Ярославль.
Воссоздание в соответствии с Указом Президиума Верховного Совета СССР от 13 августа 1944 года Костромской области потребовало привлечения опытных кадров. 16 августа 1944 года решением ЦК ВКП(б) А. А. Кондаков, как партийный работник, хорошо знающий социально- экономический потенциал региона, был утвержден в должности первого секретаря Костромского горкома и обкома ВКП(б). Несмотря на то что в годы Великой Отечественной войны область не стала полем битв, не испытала на себе ужасов фашистской оккупации, последствия войны были тяжелы: огромны людские потери; сократилась численность рабочих на предприятиях; не хватало специалистов и квалифицированных рабочих; оборудование нуждалось в обновлении и ремонте. Сельское хозяйство испытывало аналогичные проблемы. Актуален был вопрос о перестройке работы промышленных и сельскохозяйственных предприятий с режима военного времени на мирный лад.
В этих трудных условиях важнейших задачей в области сельского хозяйства первый секретарь обкома ВКП(б) обозначил повышение культуры агропроизводства, преодоление социальных причин низкой урожайности, полагал необходимым повышение роли агронома, который «должен стать первым советником и помощником секретаря райкома партии и предрайисполкома».
Обком партии много работал с народом, поддерживал трудовые инициативы специалистов различных отраслей народного хозяйства. Так, в ноябре 1944 и январе 1945 года было поддержано начинание рабочих и механиков Судиславской МТС по развертыванию социалистического соревнования за своевременное и качественное проведение ремонта тракторов и сельскохозяйственных машин, обращение лесорубов, возчиков, инженерно-технических работников Мантуровского района с призывом ко всем работникам лесной отрасли выполнить государственный план по рубке леса.
Организационные усилия А. А. Кондакова по развитию сельского хозяйства наглядно проявились во внимании к развитию молочно-товарного животноводства. На страницах областной газеты «Северная правда» — органа Костромского обкома, горкома ВКП(б) и областного Совета депутатов трудящихся, в ряде центральных изданий, таких, как газеты «Правда» и «Известия», регулярно публиковались материалы о достижениях животноводов, создавших новую продуктивную породу крупного рогатого скота, которая получила название костромской. Академик Е. Ф. Лискун, многократно посещавший племсовхоз «Караваево», колхоз «XII Октябрь», в статье «Новая порода крупного рогатого скота» (1945) писал: «За очень длительный период времени впервые довольно крупный массив прекрасного рогатого скота признан самостоятельной породой». Он отметил особенно большой вклад в это важнейшее государственное дело директора племсовхоза «Караваево» В. А. Шаумяна, старшего зоотехника С. И. Штеймана, директора Костромского государственного племенного рассадника Н. А. Горского, селекционера племсовхоза «Караваево» А. Д. Митропольской и заведующей молочнотоварной фермой колхоза «XII Октябрь» П. А. Малининой.