Когда в послевоенные годы в Восточной Сибири началось развертывание Четвертой военно-промышленной базы, опытного партийного руководителя направляют вторым секретарем Красноярского крайкома партии. Он был одним из организаторов формирования на базе эвакуированных предприятий целого ряда новых отраслей оборонной промышленности.
В конце 1946 года ЦК ВКП(б) переводит И. С. Кузнецова на партийную работу во вновь формируемые области Верхневолжья, которые он хорошо знает. По представлению Орготдела Центрального Комитета партии объединенный пленум Костромского обкома и горкома ВКП(б) 27 декабря 1946 года избирает его первым секретарем областного и городского комитетов. На этом посту он продолжил работу, начатую А. А. Кондаковым.
Сложнейший комплекс партийно-политических, социально-экономических вопросов пришлось решать И. С. Кузнецову в послевоенной Костромской области. Опыт партийного руководителя, профессиональные знания и образование, полученное к этому времени в Московском плановом институте, помогли лучше оценить реальную картину одного из наиболее слаборазвитых в социально-экономическом отношении регионов центра России. При поддержке ЦК партии была оперативно разработана комплексная программа развития Костромской области.
В 1948 году ЦК ВКП(б) принял развернутое постановление «О работе Костромского обкома ВКП(б)». В нем было отмечено, что за четыре года, прошедшие после создания Костромской области, численность областной партийной организации выросла вдвое, в ней стало много молодых коммунистов, которые играют активную общественно-организаторскую роль. Выдвигалась задача усиления идейно-воспитательной работы с молодыми членами партии, повышения их роли на селе, возрастания их числа среди руководителей среднего колхозного звена.
Опираясь на организационную поддержку ЦК ВКП(б) и материально- техническую помощь правительства, секретарь обкома и горкома партии взял курс на поддержку и развитие современных технологий в промышленности и сельском хозяйстве, повышение производительности труда. Большая ставка делалась при этом на вузовскую и отраслевую науку, на работу обкома партии со специалистами различных отраслей народного хозяйства. Только 1947 году более ста человек из них были выдвинуты на руководящую партийную, советскую и хозяйственную работу.
За годы четвертой пятилетки была проведена коренная реконструкция четырех костромских заводов, выпускавших в годы войны военную продукцию: «Рабочий металлист», Судомеханического, «Красная маевка», им, Красина; вступила в строй первая очередь Шарьинского домостроительного комбината. И. С. Кузнецов активно поддерживал процесс развития крупного молочного племенного животноводства. При его содействии труженикам племсовхоза «Караваево», колхозов «XII Октябрь» и «Дружба» в помощь по выведению новой костромской породы крупного рогатого скота были привлечены ведущие ученые страны из ВАСХНИЛ, Тимирязевской академии, руководители Министерства сельского хозяйства СССР. Опыт костромичей в короткие сроки был распространен по всей стране и за рубежом (в Голландии, Польше, Чехословакии). Доярки, пастухи, зоотехники из костромских колхозов и совхозов оказались в центре общественного внимания. Многие из них получили высокие правительственные награды: ордена Ленина, Трудового Красного Знамени, золотые звезды Героев Социалистического Труда. Воодушевленные этим признанием, животноводы быстро освоили механическую дойку коров, реконструировали коровники.
И. С. Кузнецов постоянно держал в центре внимания вопросы социального развития области, начиная от трудоустройства возвращающихся фронтовиков и кончая борьбой с последствиями засухи. В послевоенные годы в области более чем на четверть увеличилось число сельских врачебных участков, был завершен переход на всеобщее обязательное семилетнее образование, открыто 176 семилетних и средних школ. Интенсивно развивалась радиофикация. К 1950 году было оборудовано 24 узла прямого и устойчивого радиовещания, установлено 12,5 тысяч радиоточек, заработали 220 киноустановок.
Областной комитет партии изыскивал различные возможности для мобилизации усилий трудящихся на оказание помощи освобожденным районам страны. В Эстонию и Краснодарский край были направлены группы специалистов сельского хозяйства, в Калининградскую область — ряд семей- переселенцев. Практически с каждым из отъезжавших в освобожденные районы страны лично встречался секретарь обкома И. С. Кузнецов, давал советы, как лучше организовать работу на новом месте. Устроившись, костромичи не порывали связи с родной землей. Они активно переписывались с партийными работниками, редакциями областных и районных газет.