Вместе с тем Муравьев был против административных притеснений профсоюзов. На V губернской партийной конференции он заявил в отношении профсоюзов: «При методе принуждения надо будет поставить к каждому станку красноармейца со штыком… Это никак не может привести к наибольшей производительности… Коммунизм строится из остатков капиталистического общества, и здесь… надо применять только метод убеждения. Школа коммунизма, по-нашему, является школой реальной, где рабочий должен научиться и в производстве, и в управлении. На этом долго и останавливаться не стоит». Плохая налаженность хозяйственных органов объясняется не кризисом профсоюзов, а их ростом, который связан с приобретением необходимого организационного навыка.
Проведение в жизнь НЭПа вызывало осложнения в деятельности правящей партии большевиков. Приходилось учитывать также и информацию иного рода. Помимо всего прочего, отмечал Муравьев, НЭП, «ослабив вожжи, дал возможность контрреволюции поднять голову». Активизировалась деятельность и «развились гнезда» меньшевиков, эсеров, кадетов и анархистов. В Макарьевском уезде группа анархистов под руководством Бармана приобрела большое влияние в Центросоюзе. В Парфеньевском районе «результатом деятельности» эсеров стал выполненный, но только на 40 % продналог. В Ветлужском уезде и Галиче действовали группы кадетов и эсеров, в Шарье — меньшевиков. В Чухломском уезде эсеры и меньшевики «пролезли» в кооперативные органы и занимались дезорганизацией кампании. Все эти факты в немалой степени послужили основой для нового подведения итогов и определения перспектив, которые были изложены в докладе ответственного секретаря губкома «О партии в условиях НЭПа».
Характеризуя состояние губернской организации РКП(б), Муравьев подчеркивал многочисленные отрицательные явления: «В рядах нашей партии замечается… усталость, болезни, и на почве усталости развиваются среди коммунистов пренебрежительное отношение к партийным обязанностям, стремление оторваться от руководящего органа партии…». Докладчик констатировал, что «масса рабочих и крестьян относиться враждебно; и это враждебное отношение углубляется… Замечается очень часто со стороны ответственных работников формальное отношение к тем мелочам, за разрешением которых к ним часто обращаются рабочие и крестьяне. Это также отталкивает массу от нас». Докладчик призвал устранить возникшие недостатки, путем глубочайшей заинтересованности всем, чем живут массы. Влияние на крестьян может оказывать кооперация, но хорошо налаженная и правильно работающая. В данный момент, отмечал А. И. Муравьев, «кооперация не находиться под партийным влиянием. На губернском кооперативном съезде был организован бойкот против коммунистов». В этой ситуации «выход партийных ответственных работников из рядов партии в такой сложный момент времени из-за личных счетов является преступлением перед партией и советской властью. Необходимо этих товарищей пригвоздить к позорному столбу, заклеймить, дать почувствовать, что с партией не шутят. Мы должны поставить такой вопрос, если ты уходишь из партии, ты враг ей и Советской России».
С целью выполнения постановлений XI съезда РКП(б), на котором делегатом с решающим голосом был А. И. Муравьев, для разграничения взаимоотношений и работы партийных и советских органов при губкомпарте была образована комиссия в составе: Муравьева, Голощекина, Карпова. Введение первого в эту комиссию весьма примечательно, если учесть одновременное исполнение им обязанностей ответственного секретаря губернского комитета партии и председателя губернского исполнительного комитета. Партийные и государственные органы нередко занимались решением одних задач, и функции их смешивались, тем более что руководство осуществлялось одними и теми же людьми. Но в случае с А. И. Муравьевым следует заметить, что партийная линия в его деятельности чаще всего была ведущей.
В мае 1922 года Муравьев уехал из Костромы для работы в ЦК РКП(б). В период с 1922 по 1931 год А. И. Муравьев занимал различные должности в партийном аппарате губерний, краев и областей в Астрахани, Тифлисе, Ленинграде, Махачкале. Избирался и в члены губкомов, райкомов и крайкомов соответствующих областей. В июле 1931 года он выехал в Берлин, где секретарем землячества оставался вплоть до марта 1933 года. По возвращении в Ленинград назначен заместителем заведующего орготдела, позднее занимал и ряд других постов. В октябре 1941 года Муравьев был арестован органами государственной безопасности и по постановлению особого совещания при НКВД заключен в ИТЛ сроком на 10 лет. В 1949 году (по другим данным 10 августа 1944 года), находясь в заключении, А. И. Муравьев умер. Дело по обвинению Муравьева было пересмотрено в 1956 году, и установлено, что он был осужден необоснованно. Судебная коллегия по уголовным делам Верховного суда СССР своим определением от 31 марта 1956 года А. И. Муравьева реабилитировала.