При преемниках Мухаммеда Али Египет продолжал привлекать иммигрантов не только тем, что статус экстерриториальности давал освобождение от местных налогов, но и подъемом экономики, вызванным внешними факторами: в 1850-е гг. это была Крымская война, открывшая широкую перспективу вывоза из Египта сельскохозяйственных культур, в 1860-е гг. – гражданская война в США, вследствие которой цена на хлопок в Европе выросла в 4 раза. Предприимчивые греки быстро воспользовались этой ситуацией к своей выгоде. Они за короткое время сколотили огромные состояния. К числу этих выросших на торговле хлопком и других прибыльных предприятиях в Египте принадлежали такие крупные представители греческой бизнес-, а затем и политической элиты, как Михаил Тосицас, Стефанос Зизиниас, Георгий Авероф, Эммануил Бенакис. Большинство из них действовало не в одиночку, а целыми семьями, создавая таким образом особые сетевые структуры, обеспечивавшие успех общего бизнеса. Например, один из братьев Зизиниаса был греческим консулом в Марселе, другой – греческим консулом в Одессе. Они также увеличивали свои капиталы за счет матримониальных связей. Так, М. Тосицас и С. Зизиниас сообща владели ¾ земли в Александрии.
К середине столетия усилиями преуспевающих бизнесменов у греков были созданы общественные организации – общины и благотворительные учреждения. Эти общины были совершенно новым явлением в общественной жизни крупных городов, где на протяжении столетий единственной легитимной общественной организацией православного населения была Александрийская Церковь. Патриархия, хотя и очень бедная по причине малочисленности своей паствы, старалась выполнять не только чисто церковные, но и социальные функции, например, поддерживать бедных. С появлением общин, которыми руководили энергичные и социально активные люди, эта традиционная монополия Церкви была оспорена. Трения между Патриархией и общинами начались из-за соперничества за руководство благотворительными учреждениями. Затем общины стали претендовать и на участие в делах самой Патриархии.
Приехав в Египет, Лекс обнаружил этот конфликт в полном разгаре и сам стал одним из его активных участников. В начале 1866 г. в Египет прибыл новый Александрийский Патриарх Никанор, избранный на престол при поддержке русской дипломатии.
Это был важный шаг на пути к реальной, а не номинальной самостоятельности Александрийской Церкви. Много столетий она находилась под властью мусульманских правителей, ее паства сократилась до того, что в какой-то момент единственным архиереем этой Церкви остался Патриарх. В это время Александрийская Патриархия фактически потеряла свою самостоятельность, попав в зависимость от Константинопольского Патриарха. Престол Св. Марка почти не имел собственных доходов, Патриархи назначались в Константинополе и рассматривали Патриаршество в Александрии как ступеньку к Патриаршему Престолу в Константинополе. Поскольку большую часть православных в Египте составляли греки, то и духовенство Александрийской Церкви было исключительно греческим.
В связи с быстрым ростом числа православных прихожан начиная с эпохи Мухаммеда Али, это положение становилось все менее терпимым. Стремление египетской Церкви к самостоятельности поощряла Россия, заинтересованная в ослаблении влияния Константинопольского Патриархата, который в это время все более становился выразителем греческих узконациональных, а не вселенских православных интересов.
До своего Патриаршества Никанор в качестве представителя Александрийского Престола много лет провел в России, где зарекомендовал себя как способный администратор. Он много сделал для организации Александрийского подворья в Москве, успешно собирал пожертвования в пользу Патриархии. Предполагалось, что он сумеет также успешно руководить и всей Александрийской Церковью. Но прибыв в Египет, Никанор столкнулся с очень сложной ситуацией. С одной стороны, на Патриархию оказывал давление Константинополь, с другой – греческие общины Египта. Вместо того, чтобы стать союзниками Патриарха в борьбе за реальную независимость Церкви, они преследовали свои собственные интересы, внося в Церковь раздор и нестроения. Этим положением к своей выгоде пытались воспользоваться некоторые представители греческого духовенства, мечтавшие о Патриаршем Престоле. Вскоре Никанор перенес инсульт, последствия которого ставили под вопрос его способность далее управлять Церковью. Никанор назначил местоблюстителя Патриаршего Престола, который должен был затем его занять, а противники Патриарха тут же пустили слух о его слабоумии.