Между тем в Орде наступает период великой замятни, когда ханы резали друг друга каждые несколько месяцев. В 1359 году после убийства хана Бердибека пресекается род Менгу-Тимура, и к власти приходят ханы из рода Толуя (Туши). Вместе с ними с 1359 года на княжение в Москве садятся младшие братья и сыновья новых золотоордынских ханов, получившие в русских летописях одинаковые имена Дмитриев.
Вследствие усобицы Золотая Орда значительно слабеет, и этим решает воспользоваться очередной московский князь, известный нам под именем Дмитрия Донского, который вознамерился получить полную независимость от Орды. Следствием этого становится сражение, произошедшее в 1380 году и известное нам как Куликовская битва. Войска Донского разгромили ордынские силы под командованием темника Мамая, однако на обратном пути русско-татарские войска Донского были настигнуты литовско-татарским войском, союзником ордынцев, и были разбиты, а сам Дмитрий убит. Московским князем становится литовский наместник князь Остей.
Тем временем хан Тохтамыш, потомок Батыя и соперник Мамая, разгромив последнего, утверждается в Золотой Орде. В 1382 Тохтамыш захватывает Москву, убивает Остея и назначает новым русским князем своего сына.
Однако вскоре и Тохтамыш был разбит Тимуром. Новым ханом Орды стал ставленник Тимура Тимур-Кутлуй. Тохтамыш же уходит в Литву. Начинается долгое противостояние Орды и Литвы. Русь оказывается зажатой в этих тисках, и, как следствие этого, на Руси меняются князья в зависимости от того, на чью сторону склоняются чаши весов в схватке между Ордой и Литвой.
Наступает 1425 год, год, с которого, пожалуй, следует начинать отсчет Смутного времени на Руси. Умирает московский князь Василий Дмитриевич, потомок Тохтамыша, оставив по завещанию Москву с землями своему брату Юрию. Единственный потомок князя Василия — внук Дмитрий Красный претендовать на власть не мог, ему было всего 9 лет.
Юрий Дмитриевич был московским князем с 1425 по 1432 год. В 1432 году ордынский хан Кичим-Ахмет отдает Московское княжество, вассальное от Орды, в качестве удела своему брату Махмету, проигнорировав княжившего тут Юрия Дмитриевича. Последний был попросту убит. Но в борьбу с Махметом вступают два местных Дмитрия — Шемяка, сын Юрия Дмитриевича, и двоюродный племянник Шемяки повзрослевший Дмитрий Красный. Основными центрами борьбы за власть становятся Москва и особенно Ярославль, несколько раз эти города переходят из рук в руки.
В 1437 году Шемяка ослепляет Махмета. Тем не менее после многолетней упорной борьбы победа достается последнему, а после его смерти в 1448 году его сыновья Касим и Ягуп укрепляются на Руси. Дмитрий Шемяка был отравлен в 1453 году, а Дмитрий Красный — в 1440-м.
Новый виток смуты наступает в 1462 году после смерти Касима, когда начинается длительная и кровавая схватка за власть между Ягупом=Юрием, которого поддерживают его братья Борис и Андрей Большой, и его племянниками, сыновьями Касима — Андреем Меньшим=Данияром и Василием. Племянники контролируют свою столицу — Ярославль и окрестные города. Но большая часть страны находится в руках Юрия, чья столица — Москва.
Противостояние между соперниками достигло апогея в 1471 году. Ярославль был взят и опустошен, а князь Андрей=Данияр бежал в Орду к хану Ахмету. Получив от ордынцев войска, Андрей=Данияр разбивает войска Юрия=Ягупа, последний гибнет, а Москва переходит к победителю. Однако север и северо-восток страны с городами Ярославлем и Переславлем остаются под контролем братьев Юрия — Андрея Большого и Бориса и их племянника Федора Юрьевича, сына погибшего Юрия. В 1478 году Андрей Меньший=Данияр захватывает Ярославль, а его противники бегут в Литву.
Ярославль (Великий Новгород), самый крупный русский город, был полностью разграблен и разрушен. Вскоре в опустевший после резни город стали переселяться жители Московии и татары. А память о нем была вычеркнута из русской истории.
В 1480 году крымско-литовское войско во главе с крымчаками Нордоулатом и Айдаром, а также Борисом и Андреем Большим вторглось на земли Московского княжества. В районе реки Угры происходит решающее сражение. Соединенное ордынско-московское войско было разбито, а сам хан Ахмат вскоре зарезан в Орде. Через несколько месяцев погибает и Андрей Меньший=Данияр.
В 1481 году в Московском княжестве власть перешла к крымской династии во главе с Нордоулатом, старшим братом крымского хана Менгли-Гирея. Вместе с новыми правителями из Крыма на Русь пришел иудаизм караимского толка. В 1490 году Нордоулат был отравлен своим сыном Салтаганом, и на Руси начинаются серьезные религиозные столкновения между сторонниками православия и иудаизма.
В 1493 году и Салтаган был убит, а к власти приходит племянник Нордоулата Магмет-Аминь. Однако смута на Руси продолжается, и в 1499 году великое княжение захватывает брат Нордоулата Айдар. Но и он, однако, долго не удерживается на престоле. В 1502 году на московское княжение сажаются племянники ордынского хана Исуп и Шигавлияр. К этому времени страна приходит в полный упадок, и, как следствие этого, реальная власть начинает концентрироваться в руках бояр, а назначенный ими в 1505 году великий князь Куйдакул, правнук хана Махмета, уже мало что решает.
В 1521 году хан Магмет-Гирей во главе крымских и казанских войск захватывает Москву, Куйдакул убит. На московское княжение Крым сажает неродовитого Хабара Симского. Однако вскоре в Крыму начинается собственная междоусобица. Магмет-Гирей был убит, а позиции его ставленника Симского на Руси становятся непрочными. Во время переворота в 1525 году Симский был смещен, а великим князем избирается Шиг-Алей, сын Шигавлияра.
В 1533 году крупное и удачное вторжение крымцев принудило боярскую верхушку свергнуть Шиг-Алея и избрать царем трехлетнего Ивана Глинского, потомка темника Мамая.
В Москве нарастает чехарда переворотов, к власти попеременно приходят Шуйские, Иван Бельский — сын Айдара, вновь Глинский и вновь Шиг-Алей, а затем сыновья Шиг-Алея, Симеона и Дмитрия Бельских. Наконец, в 1571 году царем избирают касимовского царя Саин-Булата, вскоре крестившегося как Симеон Бекбулатович.
Однако слабый и нерешительный Симеон Бекбулатович в 1582 году низложен, ослеплен и пострижен в монахи. Царем становится Федор Бельский, сын царя Ивана Бельского, убитого при крымском нашествии 1571 года, а в наследники ему определяют сына Симеона Бекбулатовича — царевича Дмитрия, еще младенца, отправленного с родственниками в Углич.
Вокруг слабоумного царя Федора Ивановича начинается смертельная схватка за влияние на царя. Вперед выдвигается родственник Глинских и царевича Дмитрия Федор Мстиславский, оттесняя шурина царя — Бориса Годунова.
Расчищая путь к престолу, Мстиславский в 1591 году отдает приказ убить в Угличе царевича Дмитрия. Однако мальчик в последний момент был подменен и спрятан в монастыре.
В 1598 году умирает царь Федор Иванович. Для избрания нового царя созывается Великий Собор. Главный претендент, конечно же, Федор Мстиславский, близкий родственник «погибшего» царевича Дмитрия и главная фигура в боярской Думе. Однако на соборе неожиданно появляется «воскресший» Дмитрий. Годунов, используя свой шанс, бежит на юг и, заручившись поддержкой хана, ведет крымские войска на Москву. В этой обстановке 1 сентября он становится царем.
Царевич Дмитрий при этом успевает уйти в Литву, откуда в 1604 году с набранным войском вступает в Россию, имея уже не только законное право на престол, но и силу. Население западных земель начинает переходить на сторону Дмитрия. Годунову в такой ситуации ничего не остается, как объявить царевича самозванцем. Военные действия приносят успех Годунову, но в апреле 1605 года он умирает, царем становится его юный сын Федор, но ненадолго. Войска переходят на сторону Дмитрия, который уже как новый царь въезжает в столицу, а Федор Годунов с матерью были убиты.
Дмитрий, воцарившийся в Москве, дает высокие звания многим, кто попал в опалу в предыдущие царствования: своим родственникам Нагим, Романовым и другим своим сторонникам. В Москву с почетом возвращается его отец ослепленный Симеон Бекбулатович. А в опалу попадают Шуйские, старший из них был казнен, другие сосланы. В опале оказался и казанский митрополит Ермоген (Александр Шуйский). Через полгода Шуйские были помилованы. И, как оказалось, напрасно: в 1606 году в Москве происходит переворот, Шуйские приходят к власти, а успевший скрыться Дмитрий был объявлен ими убитым.