Коммунистические власти с самого начала насторожились и с опаской отнеслись к бурной активности ученого, за что он уже в 1920 году был в первый раз арестован ВЧК по обвинению в создании контрреволюционной организации «Национальный центр». Вскоре обвиняемым по этому делу, и Кольцову в их числе, вынесли приговор – вполне в духе времени – расстрел, который так же быстро и без особой волокиты и разбирательства был отменен, а все фигуранты освобождены без каких-либо последствий. Пока.
Будучи неистребимым энтузиастом и романтиком от науки, Н. К. Кольцов, едва покинув застенки Лубянской тюрьмы, тут же организовал при своем институте Евгенический отдел, а уже в октябре того же года вместе с другими сотрудниками создал Русское Евгеническое общество, которое и возглавил в качестве председателя. 2 октября 1921 года Н. К. Кольцов был избран официальным представителем Общества в Постоянной международной евгенической комиссии. Устав Русского Евгенического общества был им предусмотрительно утвержден в НКВД 6 ноября 1923 года. Основной задачей общества была объявлена работа в области евгеники и расовой гигиены, что у комиссаров вначале не вызывало никакого интернационально-идеологического отторжения. Был учрежден и главный печатный орган – «Русский евгенический журнал», выходивший с 1922 по 1929 годы. Позже он был закрыт властями, а Кольцов в 1930 году с началом репрессий был вынужден вторично оставить Московский Университет, из-за нездорового морального климата, царившего здесь уже по воле не царских чиновников, а большевиков. Незадолго до смерти Кольцов был выдвинут в академики, но в условиях травли и разгула «лысенковщины» его кандидатура была отклонена. Сохранилось письмо Николая Константиновича к Сталину, отправленное ему за три дня до смерти. В нем ученый откровенно недоумевал, почему его записали в разряд «фашистских евгеников», ведь данной тематикой он начал заниматься по прямому указанию Луначарского.
Основные идеи по рассматриваемой теме изложены Кольцовым в первом номере «Русского Евгенического журнала» в его программной работе «Улучшение человеческой породы». Это не скучная статья по сиюминутным вопросам прикладной биологии, а актуальный и сегодня мировоззренческий манифест, написанный ярким образным языком.
С самого начала автор дает аргументированную отповедь либеральным пропагандистам так называемой «теории среды». «И до сих пор еще многие социологи наивно – с точки зрения биолога – полагают, что всякое улучшение в благосостоянии тех или иных групп населения, всякое повышение культурного уровня их должно неизбежно отразиться соответствующим улучшением в их потомстве, и что именно это воздействие на среду и повышение культуры и является лучшими способами для облагораживания человеческого рода. Современная биология этот путь отвергает». Согласно мнению Кольцова, главный гуманистический идеал наивысшего счастья наибольшего числа людей «именно в силу биологических законов не может быть положен в основу евгеники как науки». Мало того, он утверждает: «Для дальнейшей эволюции человеческого типа может быть поставлен идеал такого приспособления к социальному устройству, которое осуществлено у муравьев или термитов. При этом уже существующее разнообразие генетических типов должно упрочиться. Должны быть развиты до совершенства типы физических работников, ученых, деятелей искусства и т. д., и все в равной мере должны обладать социальным инстинктам, заставляющим их свои способности применять для общей пользы всего социального организма». Кольцов сознательно оправдывает действие эволюционных законов отбора наиболее приспособленных в деле построения общественного порядка. Это уже даже не принципы социального дарвинизма, против которых так активно выступала советская идеология, а открытая пропаганда идеала сверхчеловека в духе Ницше. «Конечно, будущий человек не должен быть развит слишком односторонне. Он должен также быть снабжен и здоровыми инстинктами, сильной волей, врожденным стремлением жить, любить и работать, должен быть физически здоров и гармонично наделен всем тем, что делает его организм жизнеспособным. Это новый человек – сверхчеловек, «homo creator» – должен действительно стать царем природы и подчинить ее себе силою своего разума и своей воли».
Итак, по аналогии с ульем или муравейником обосновывается иерархическая структура, где на одном полюсе находится дисциплинированный работник с чувством социальной ответственности, а на другом – сверхчеловек, покоряющий мир силой воли и разума.