30 апреля 1820 года М. Рафаилов выехал из Семипалатинска со своим караваном. Его вел опытный караван-баши ташкентец Мулла-Мансур Мамасеитов, а до ближайшего пограничного поста Бадельдован караван сопровождал отряд из ста казаков под командой хорунжего Мокина. На пути они подверглись нападению кочевников-киргизов, отогнавших 500 лошадей, принадлежавших каравану и отряду. Казаки сумели отбить и возвратить 436 из них. Мы не знаем подробностей этой стычки: подобное никем не описывалось и было вполне обыкновенным, недостойным особого внимания делом. Но часто в результате оказывались убитые и раненые. Путников поджидали и другие тяжелые испытания — непогода, болезни. И сама смерть на караванной дороге была частым встречным, и ее появление было, конечно, страшно, но неудивительно. Мы говорим об этом потому, что данное путешествие и для М. Рафаилова тоже оказалось последним…
Но пока он и его спутники — приказчики Муса-Хан и Мухамед Зугур Зарипов (Мамзур) — более или менее благополучно прибыли в город Турфан в Восточном Туркестане, где, пробыв 20 дней, приехали затем через Аксу (где с частью товаров остался Муса-Хан) в Яркенд. Здесь М. Рафаилов в течение двух с половиной месяцев вел успешную торговлю, а потом с оставшимся товаром на 18 верховых и вьючных лошадях двинулся в Тибет.
Двадцать дней путешествие протекало нормально. Но за шесть дней до цели М. Рафаилов неожиданно заболел. Болезнь длилась три дня, и от «опухоли всего тела» он умер. Его похоронили здесь же, у дороги, которою он столько раз когда-то ездил со своими тюками. У. Муркрофт сообщает с чужих слов, что все это случилось в местечке, называемом Кара-Корум.
Имущество и товары М. Рафаилова не были разграблены, все они поступили в распоряжение его спутника Мухамеда Зугура Зарипова. Он и «товарищи его, два татарина и бухарец, достигли Тибета», где с товаров была взята пошлина, а «по объявлении ими о смерти Рафаилова начальство отобрало от них его (личное) имущество» в казну «по обычаю». Среди прочего в этом «имуществе» находились и письма российского Министерства иностранных дел.
Мухамед Зугур отправился затем в Кашмир, где вел успешную торговлю в течение десяти месяцев и разменял все товары М. Рафаилова на шали. А о возвращении его вещей из Тибета хлопотал находившийся в Яркенде кокандский посланник, который знал, по словам Ч. Ч. Валиханова, «связь Коканда с Россией и требовал от тибетского владетеля выдачи имущества Рафаилова», чтобы «незамедлительно представить» его своему хану, а уже тот передал бы его в Россию.
Вскоре же после смерти М. Рафаилова письмо из его «имущества» к Ранджит-Сингху оказалось вдруг у англичанина У. Муркрофта. По его словам, он «не испытывал больших угрызений совести», что читал это письмо, ибо о нем и его содержании знали вообще «очень многие». С самого начала путешествия М. Рафаилова Муркрофт следил за ним: наводил справки, посылал своих агентов, которые интересовались личностью российского купца и его не просто купеческой миссией.
И такое внимание именно англичан к этому, и то, что именно англичанину в итоге досталось в руки письмо, которое вез российский посланник, было неслучайно и даже естественно.
Англичанин сообщает далее, что намеревался встретиться с М. Рафаиловым и кое-что узнать у него лично и волновался при этом, так как знал, что тот не просто купец, но «занимается политикой». И лишь из-за внезапной смерти Рафаилова эта встреча не состоялась.
Можно догадаться, что офицер Ост-Индской компании не очень жалел об этом: во-первых, планы русских, то есть противников Англии, в отношении установления контактов с североиндийским государством рушатся; во-вторых, можно попытаться завладеть и самими письмами, какие российский посланец вез (что и удалось). Правительство России, в свою очередь, знало о «происках» англичан в этом районе. Во многих документах российского МИДа, например, У. Муркрофт и его коллега Д. Требек называются «фискалами», то есть шпионами, а также сообщается, что они подкупами добивались расположения начальников в Кашмире и в Тибете и т. п.
Российское правительство знало об этом и иногда пыталось предпринимать какие-либо ответные меры.
В конце 1820-х годов очевидной стала бесперспективность развития непосредственно русско-индийской сухопутной торговли. Царское правительство и торгово-промышленные круги все большее внимание уделяли Средней Азии как рынку сбыта и потенциальному источнику сырья для текстильной промышленности. Дальнейшие территориальные захваты, продолжающаяся экономическая колонизация Индии Англией, активизация ее борьбы за овладение и среднеазиатским рынком подталкивали российское правительство к более решительным действиям в Средней Азии. Хотя русско-индийская торговля полностью не прекратилась, но все более приобретала случайный характер, а ее масштабы были весьма скромны.