Афанасий был буквально поражён и очарован Индией. Об этой стране он оставил много подробных записей в своём путевом дневнике, описав внешний вид и обычаи местных жителей: «И люди ходят нагие, а голова не покрыта, а волосы в одну косу заплетены ‹…› А у слуг княжеских и боярских одна фата на бёдрах обёрнута, да щит, да меч в руках, иные с дротиками, другие с кинжалами, а иные с саблями, а другие с луками и стрелами; да все наги, да босы, да крепки, а волосы не бреют». Таким образом, Афанасий Никитин стал первым в истории русским и европейским исследователем-этнографом, побывавшим в тех краях.
Впрочем, внешний вид Афанасия также вызвал живой интерес у местных: они никогда не видели белого человека. Куда бы ни шёл Афанасий, его всегда сопровождали толпы народа.
Никитин отправился в глубь Индии. Путь его лежал через вечнозелёные и непроходимые джунгли. Здесь Афанасий увидел море растительности, удивительные деревья, которые в таком количестве больше нигде не растут. Пальмовые леса (в Индии произрастает около двадцати видов пальм), заросли бамбука, толстые, как канаты, лианы, прочие экзотические деревья и цветы поразили его воображение.
Через несколько дней путники добрались до гор. Дорога проходила по глубокому ущелью, пройдя которое Афанасий Никитин вышел к городу Джуннару. «Джуннар-град стоит на скале каменной, не укреплён ничем, Богом ограждён. И пути на ту гору день, ходят по одному человеку: дорога узка, двоим пройти нельзя», – так описал он город и ущелье.
В Джуннар путешественник прибыл в начале июня 1471 года. Как раз в это время в Индии начался сезон дождей, ошибочно принятый Афанасием за зиму. Четыре месяца бушевали грозы и ливни. Дороги стали непроходимыми: «Каждый день и ночь – целых четыре месяца – всюду вода да грязь». Ни о каком продолжении путешествия нельзя было и думать. Афанасий коротал время за изучением местного языка и обычаев. В этот период в его книге появились новые подробные записи: «Правит тут (в Джуннаре) индийский хан – Асад-хан, а служит он меликат-туджару (великому визирю, то есть главному министру). Войска ему дано, говорят, семьдесят тысяч. А у мелик-ат-туджара под началом двести тысяч войска, и воюет он с кафирами (немусульманами) двадцать лет: и они его не раз побеждали, и он их много раз побеждал. Ездит же Асад-хан на людях (то есть на носилках, которые несут слуги). А слонов у него много, и коней у него много добрых, и воинов у него много. А коней привозят из Хорасанской земли (то есть из Персии), иных из Арабской земли, иных из Туркменской земли, а привозят их всё морем в тавах – индийских кораблях». По прибытии в Индию Афанасий столкнулся ещё с одной проблемой – коня, которого он собирался продать, нужно было приучить к местной пище. На это ушло несколько месяцев. «Коней тут кормят горохом, да варят кхичри (шарики из риса) с сахаром да с маслом, да кормят ими коней, а с утра дают шешни (листья местного растения)», – писал Афанасий.
В Джуннаре у Никитина случился большой конфликт с местным правителем. Асад-хан узнал, что Афанасий никакой не басурманин, а русин, христианской веры. Слуги Асад-хана забрали у Афанасия коня, а его самого привели к своему хозяину.
– Я верну тебе твоего скакуна и самого отпущу на все четыре стороны, – грозно сказал Асад-хан, – если ты отречёшься от своей веры и примешь ислам. А если откажешься, то и жеребца лишишься, и сам будешь сидеть в моей темнице, пока за тебя не заплатят выкуп – тысячу золотых монет.
Опечалился Афанасий, так как знал, что никто не будет платить выкуп за него в далёкой индийской стране. На размышления Асадхан дал четыре дня. И неизвестно, как бы эта история для Афанасия закончилась, но на его счастье как раз на четвёртый день приехал в Джуннар казначей великого визиря (главы правительства). Бил ему челом Афанасий, рассказал о своей беде. Подробности их встречи неизвестны, но казначей похлопотал за Афанасия. Асад-хан вернул жеребца и в мусульманскую веру обещал насильно не обращать.
Пробыв в Джуннаре два месяца, Афанасий, воспользовавшись тем, что дожди поутихли, направился в Бидар – столицу Бахманидского султаната. Он присоединился к индийскому каравану, подобного которому не видел раньше: в повозки запрягли не лошадей или верблюдов, а быков. Целый месяц шли они через джунгли, горы и равнины к столице. Афанасий удивлялся большому количеству городов, встречавшихся им на пути. «Всякий день проходили по три города, а иной день по четыре города», – записал он. Встречались ему и разные удивительные животные, невиданные на Руси. Тут и там целыми стаями бродили обезьяны. Местные жители не прогоняли их, а, наоборот, позволяли хозяйничать в своих полях и садах. «Если кто обезьян обидит, – записал Афанасий, – они жалуются своему князю, и он посылает на обидчика свою рать, и они, к городу придя, дома разрушают и людей убивают. А рать обезьянья, сказывают, очень велика, и язык у них свой… Иные гундустанцы (индийцы) подбирают их (детёнышей обезьян) да учат всяким ремёслам, а иных учат людей забавлять». Упоминание Афанасием индийского «царя обезьян» и его армии позволяет сделать вывод, что купец во время путешествия познакомился с индийским эпосом «Рамаяна», скорее всего, в устном изложении.