Пустыня просветлела святою жизнью отшельника, и уже безбоязненно все более и более начали приходить в нее люди, не только чтобы назидаться словом и делом преподобного, но многие и для водворения вместе с Мартирием и для восприятия отшельнического жительства. Умножившееся братство учеников преподобного побудило его приступить к построению первой для служения малой церкви во имя Живоначальной Троицы. В убогую церковь, украшенную иконами из часовни, были перенесены на время и две иконы Пресвятой Богородицы: Тихвинская, принесенная самим Мартирием, и другая — Живоначальной Троицы, принесенная учеником его Гурием. Инок этот по выходе из храма увидел на небе крест, сиявший над крестом церковным, во свидетельство благодати Божией к месту сему и храму.
Скоро стало весьма многим известно население пустыни иноками, так что именитые люди новгородские и бояре начали присылать приношения сюда на храм и на братию. В числе их известный своей ревностью к церкви Христовой, богатый новгородец Феодор Сырков, построивший несколько храмов своей казной, даровал обильные средства для сооружения в Зеленой пустыне каменной теплой церкви Благовещения Пресвятой Богородицы. Этот благодетель Зеленецкой пустыни, называемый то царевым мужем, то новгородским посадником, подпал вместе с другими новгородскими жителями под опалу царя Грозного в последнее пришествие его в Новгород в 1570 г. и был замучен.