Почему же государство отважилось на столь крайние меры? Эту акцию следует рассматривать в контексте общей балканской политики России. После решений Лондонской конференции для русской стороны протекторат над Афоном виделся уже делом решенным. Озабоченные стихийным имяславческим движением, российские власти, вероятно, желали продемонстрировать Европе, что имеют право и возможность регулировать положение на Святой Горе. Милитаризованные действия были спровоцированы и упорными слухами, что греки, которых, кстати, имяславческое движение не коснулось, под предлогом искоренения «ереси» сами расправятся с русскими обителями. Внешний порядок на Афоне восстановился, однако с его территории была удалена пятая часть российского иночества…
В устранении конфликта участвовали и российские дипломаты, организовавшие проверку паспортов монахов и выявившие нарушения правил, касавшихся проживания российских подданных за границей. Об этом, как еще об одном основании строгих мер, было объявлено, что породило среди греков слухи о «преступниках в рясах».
Следующий год, 1914-й, принес новые беды. В результате Первой мировой войны Афон оказался полностью отрезанным от России. Прекратилась финансовая помощь от правительства в лице Св. Синода и частные пожертвования, пресекся обильный поток пилигримов, стало невозможным посылать на родину монахов за покупкой продовольствия, собственность обителей на турецкой территории (крупные подворья в Стамбуле) была конфискована, а сами подворские монахи арестованы.
Изображение больницы при Пантелеимоновом монастыре на открытке начала XX века
Кроме того, русское правительство в 1914–1915 годах мобилизовало на фронт часть русских насельников, преимущественно из числа послушников. Это, кстати, сформировало среди греков мнение, что Россия посылала на Афон для его русификации солдат, переодетых в монахов.
Война наложила отпечаток и на внутреннюю афонскую историю: в 1914 году тут произошли стычки между насельниками русского и болгарского монастырей (Россия и Болгария оказались в разных военных лагерях), в то время как некоторые греческие монахи помогали немцам, в частности экипажам подводных лодок.
В обителях начался голод. Отчаянные попытки добыть продовольствие успехом не увенчались. К числу драматических эпизодов следует отнести гибель в октябре 1917 года так называемого александрийского груза. Он состоял в основном из зерна, купленного в складчину в Египте русскими обителями. Знаменательно, что гибель продовольствия, утонувшего в Эгейском море на глазах у монахов, тут расценили как Божие наказание за проведенные в Пантелеимоновом монастыре молебствия о даровании победы Временному правительству.
В России шла Гражданская война, но афонское иночество, порицая, естественно, большевизм, от каких-либо политических выступлений воздерживалось. Так, в 1919 году на письмо преосвященного Анастасия (Грибановского) с призывом «подать свой голос в защиту угнетенного большевизмом народа» настоятели трех крупнейших обителей ответили, что «едва ли в данном случае найдемся в состоянии произнести влиятельное слово к вразумлению наших соотечественников».
Между тем в России утвердилась новая власть, враждебная к Церкви и монашеству. Рассчитывать на какую-нибудь помощь с родины уже не приходилось. Были национализированы вклады в банках, с которых на Афон поступали проценты, закрыты российские подворья, оказывавшие материальную поддержку, напрочь оборвалось паломничество. Погибла и идея общеправославного протектората над Святой Горой: советское правительство (на первых порах) Афоном не интересовалось. Положение о греческом суверенитете Афона было утверждено Севрским договором 1920 года, а в 1923 году ратифицировано договором Лозаннским – при полнейшем отсутствии какой-либо русской позиции.
До 1924 года делами афонцев номинально занималось прежнее Генеральное консульство России в Салониках. К тому моменту реальной силы оно уже не представляло, а с признанием Советского Союза Грецией было вовсе закрыто. В новых внешнеполитических условиях греческая сторона взяла курс на полную эллинизацию Афона. Строгость такой политики отчасти была обусловлена российским проектом его отделения от королевства.
В начале 1920-х годов группа афонцев-греков занялась разработкой юридического статуса полуострова.