Правительство Голландии бежит в Англию. 14 мая 1940 года немцы оккупируют Голландию.
Себальд и Барта покидают Амстердам и поселяются в небольшом местечке Блариком. Они живут здесь легально. В занятой немцами Голландии еще существует Общество друзей Советского Союза, и в течение двух месяцев продолжает выходить его орган журнал «Советский Союз». Себальд может вести свою политико-литературную деятельность. И письменная связь Себальда и Барты с их детьми в Москве не прерывается.
Сразу после оккупации продовольственное положение Голландии резко ухудшилось. Немцы грабят маленькую богатую прежде страну.
Первые мероприятия фашистов: запрет коммунистической партии и объявление евреев вне закона. Голландское население прячет своих сограждан евреев в погребах и на чердаках. Где-то в замученном, но сохраняющем достоинство Амстердаме, в крохотной мансарде средневекового дома Анна Франк пишет свой дневник.
25 февраля 1941 года в Амстердаме вспыхивает стихийная забастовка в знак протеста против преследования евреев. Забастовка перекидывается в другие города. Верфи безмолвны, в гаванях тишина, фабрики, военные и авиационные заводы не работают, транспорт в городе парализован.
В июне 1941 года Германия нападает на Советский Союз. Себальд и Барта уезжают из Бларикома на север Голландии, туда, где их не знают.
С самого начала оккупации Себальд связан с движением Сопротивления, которое охватило все слои населения. Его возраст, его внешность, его занятия ученого ставят его вне подозрений фашистов. Он именно то лицо, которое Коммунистическая партия Голландии может сделать связующим звеном между руководителями Сопротивления и активистами. Себальд и Барта часто переезжают с места на место. В 1944 году они живут в маленьком местечке Еелде, на севере Голландии.
В оккупированной Голландии свирепствует террор. Аресты. Люди исчезают. Больше половины кадров компартии погибло. Одной из многочисленных жертв стал Антон Струйк. Но вера в будущее освобождение непоколебима. Саботаж на предприятиях не прекращается, отправка людей на принудительные работы в Германию задерживается.
Фашистские власти бессильны захватить разветвленную сеть организации. Случаи предательства редки. Нестойких людей и перебежчиков быстро разоблачают. При малейшем сомнении в ком-нибудь из членов организации ее ячейки немедленно перестраиваются.
Уже давно разрушен миф о непобедимости фашистской армии. Русские наносят немцам поражение за поражением, выгнали их за пределы Советской страны и теперь воюют на немецкой земле. Союзники открыли второй фронт. И чем безнадежнее становится положение фашистов, тем чудовищней террор, тем безудержнее ярость, тем сильнее дьявольское желание превратить свою гибель в гибель всех.
Зимой 1944 года продуктовая норма в Голландии — 600 граммов хлеба и три килограмма картофеля на неделю. Продовольственные пакеты, которые сбрасывают английские самолеты, отдают наиболее слабым. Народ голодает. Смертность среди детей и взрослых огромна.
Одного из участников Сопротивления, владельца кирпичного завода, с которым Себальд был связан, схватила полиция. Он держался стойко и умер под пытками в застенках гестапо. При домашнем обыске у него нашли материал, возбудивший подозрение в отношении инженера Рутгерса. 9 сентября 1944 года Себальда и Барту арестовали и отвезли в тюрьму в Гронинген. Они предвидели возможность ареста и заранее договорились о том, что во время допросов будут насколько возможно придерживаться истины, отрицая все, что касается политики. В тюрьме их разлучили и допрашивали каждого в отдельности. Себальду предъявили серьезные обвинения: организация саботажа, тайное снабжение оружием борцов Сопротивления, участие в разработке планов затопления ряда районов, укрывательство английских парашютистов… Подтверждение любого из этих обвинений грозит смертью, но Себальд быстро понял, что в руках гестапо нет никаких прямых доказательств. При допросе, который вел один из высших чиновников, Себальд твердо придерживается своей роли: он занимается экономическими исследованиями, особенно имея в виду скорое окончание войны. Тогда проблемы восстановления хозяйства будут иметь большое значение. Он инженер и экономист и не интересуется политикой. По его мнению, после войны Германия добьется больших успехов в западноевропейских странах, если будет вести себя более демократично. Авторитарный режим, который существует в Германии, имеет, конечно, свои преимущества, но после победы немцев он должен быть заменен в Западной Европе системой, обеспечивающей контроль снизу. Это поможет избежать деморализации масс в побежденных странах и добиться честного сотрудничества народов с немцами.