Назначение некоторых кнопок панели инструментов.
1) Три кнопки с буквами: синяя с буквой D (Description), оранжевая с B (Body) и зеленая с S (Source) — для перехода к описанию документа (страница информации о книге), к тексту книги («телу») и к коду fb2.
2) Три кнопки с изображениями скрепки и картин: скрепка («Прикрепить бинарный файл») — для добавления в книгу иллюстраций; большая картина («Вставить изображение») — для вставки иллюстрации в текст; маленькая подчеркнутая картина («Вставить изображение в текст») — для вставки иллюстрации, обтекаемой текстом.
3) Две кнопки с картинками луп («Найти» и «Найти далее») — для поиска символов/группы символов в тексте.
4) Шесть кнопок с буквами b, i… — выделив часть текста и нажав одну из этих кнопок, вы сделаете текст жирным, наклонным, подпрыгнувшим, упавшим, кодовым. А если вы эстет, то можете нажать и пять кнопок!
5) Три кнопки с картинками двустрелки, звездочек и человека-юзера: двустрелка («Обычный текст») — выделив текст подзаголовка и нажав эту кнопку, вы уберете подзаголовок и получите строку обычного текста; три звездочки («Подзаголовок») — выделив текст и нажав эту кнопку, вы сделаете из текста подзаголовок; человек-юзер («Автор текста») — чтоб отметить автора цитаты или эпиграфа, выделите текст в конце цитаты или эпиграфа и нажмите эту кнопку.
Для начала хватит, остальное прояснится далее. Возможно. 
Вернемся к нашему сборнику, к нашей ун компилятьён, значицца.
V. Ошибки склеивания
Не говорите так!
Предположим, что нам не повезло и ошибки есть. Что ж, будем исправлять.
1. Ошибки из-за файлов, созданных BookDesigner-ом
Обычно в таких файлах в конце сгенерированный программой текст — «This file was created with BookDesigner program…» И зачастую ссылки в таких файлах невалидные, тексты ссылок расположены в конце текстов, а не в специальной секции, как должно быть.
Для примера рассказ Краули «Пропали».
(http://www.flibusta.is/b/107130)
Если такой файл (файлы) есть среди склеиваемых, то после склейки, при открытии output файла в FBE, вы получите сообщение об ошибке, вроде такого:
Что делать? 
Закрыть FBE с таким испорченным output файлом и открыв в FBE файл рассказа, сделать правильную сноску (или сноски, если несколько).
Жмем на панели инструментов кнопку «Найти» и ищем в тексте левую или правую квадратную скобку.
Находя эти «букдизайнерские» сноски, удаляем обе квадратные скобки и номер между ними.
Не меняя позиции курсора, добавляем правильную сноску — Скрипты — Добавление примечания — Добавление сноски.
В панели «Структура документа» появилась секция «notes» (Примечания), а в ней секция «1», пока еще пустая. Вырезаем текст сноски, расположенный в конце текста рассказа и вставляем в эту секцию. Правильная сноска готова:
Повторяем, если надо сделать несколько сносок.
После исправления надо снова запустить склеивание.
2. Нет содержания
Программа mergeFB2 создает содержание в области, предназначенной для аннотации — список всех произведений в данной сборке. Если вам этот список-содержание не нужен, не стоит и беспокоиться.
Если же список нужен, а его нет, то придется поискать файл/файлы, из-за которого/которых не создается этот список.
Обычно это литресовские файлы. Найдите их и удалите в этих файлах адреса из Source URLs.
а) С помощью FBE.
Откройте файл, перейдите на страницу информации о книге (синяя кнопка), выделите адрес и Delete.
б) Или с помощью любого текст-редактора.
FB2 файл можно открыть любым текст-редактором, например Akelpad-ом (но виндовый Блокнот все же лучше не использовать