После выхода в отставку занимался преподавательской деятельностью. Снял несколько документальных фильмов, рассказывающих, в частности, о загадках, связанных с убийством Джона Кеннеди, а также о секретных разработках в США необычных летательных аппаратов. Но мировую известность получил, когда начал вести часовую авторскую программу (она выходила с понедельника по четверг с 10 до И часов вечера) на международной радиостанции «WBCQ The Planet», вещавшей на коротковолновой частоте 7,415 МГц.
19 апреля 1995 года произошёл крупнейший в истории США (до событий И сентября 2001 года) террористический акт в Оклахома-Сити, в результате которого погибло 168 человек и получили ранения более 680 человек. Мощный взрыв был произведён в федеральном здании имени Альфреда Марра: в результате было повреждено 324 здания в радиусе 16 ближайших кварталов, уничтожено 86 автомобилей и выбиты стёкла домов в радиусе без малого 5 километров.
Одним из непосредственных организаторов и исполнителей теракта был Тимоти Джеймс Маквей (Timothy James McVeigh; 13.04.1968—11.06.2001), резервист армии США, ветеран войны в Персидском заливе. В июне 1997 года Маквей был приговорён к смертной казни путём введения смертельной инъекции. Приговор был приведён в действие ровно за 3 месяца до событий 11 сентября 2001 года.
В своих радиопередачах, посвящённых этому теракту, Уильям Купер излагал, мягко говоря, альтернативную версию произошедшего события, в которой говорил о причастности к нему спецслужб США. После чего в одном из заявлений Белого дома для прессы был назван «самым опасным радиоведущим в США». Уильям Купер такой отзыв от Президента Билла Клинтона воспринял как самый большой комплимент, которого он когда-либо удостаивался.
Ещё в конце 1980-х годов Купер начал публиковать материалы, посвящённые «Операция «Маджорити»». Одна из редакций краткого пресс-релиза на эту тему была им озвучена (а впоследствии размещена в сети Интернет) 1 октября 1989 года. В Рунете с ней достаточно легко ознакомиться, набрав в любой из поисковых систем два слова: «Операция «Маджорити»».
В 1991 году, в продолжение заявленной темы, выпустил книгу «Вот он, Конь Бледный!» («Behold a Pale Horse»), которая, как свидетельствуют некоторые из его биографов, стала самой продаваемой по неофициальным каналам книгой. В 1980—1990-х годах, на протяжении десяти лет, в разных странах выступал с чтением лекций. И был единственным, кто (не являясь поп-звездой, римским папой и т. п.) выступил с лекцией на лондонском стадионе «Уэмбли».
Вместе со своим коллегой по расследовательской деятельности Уэйном Бентсоном (Wayne Bentson) в журнале «Veritas» (№ 6, сентябрь 1995 г.) опубликовал статью, в которой были изложены данные, позволявшие говорить о масштабных нарушениях законодательства США со стороны Федерального агентства по контролю за продажей алкоголя, табака и огнестрельного оружия (Bureau of Alcohol, Tobacco and Firearms; BATF), налогового ведомства США (Internal Revenue Service) и Министерства финансов США (Department of the Treasury). В статье, в частности, утверждалось, что в строгом соответствии с идеями Карла Маркса и Фридриха Энгельса, изложенными ими в «Коммунистическом манифесте» ещё в XIX веке, правительственные структуры США с помощью прогрессивного подоходного налога фактически ведут дело к уничтожению среднего класса, при этом поощряя деятельность экономических аферистов и мошенников.
Публикация вызвала скандал, который даже называли «Файлгейт». В сообщениях на англоязычных сайтах, посвящённых этому эпизоду, приводились данные о том, что Президент Билл Клинтон отдал негласное указание начать собирать на Купера любой доступный компромат, с тем чтобы в ходе последующего судебного преследования надёжно закрыть правдоруба, как говорится, в местах не столь отдалённых.
Результат не заставил себя ждать. В июне 1998 года Купер был обвинён в уклонении от уплаты налогов за период 1992–1994 годов, а также в мошенничестве при получении банковских кредитов. Так как Купер не явился по повестке в федеральный суд, 1 июля 1998 года был выдан ордер на его арест.
Уильям Купер в ответ на своём веб-сайте заявил, что в той части штата Аризона, где он проживает, федеральное законодательство — в рамках разграничений полномочий между федеральным правительством и местным самоуправлением штата Аризона — не действует, а поэтому все повестки и ордеры на арест, выдаваемые федеральными структурами, являются юридически ничтожными. А в случае, если его всё-таки попытаются арестовать, он пойдёт на применение огнестрельного оружия.
Сложно сказать, что больше возымело действие: угроза применения оружия в случае насильственного ареста или апелляция к действующему законодательству. Но федералы отступили, заявив, что они не могут допустить кровопролития.
Купер, тем не менее, на некоторое время был вынужден покинуть Соединённые Штаты. Но в начале 2000-х годов он вернулся. И в радиоэфире, который состоялся 28 июня 2001 года, заявил, что руководство США готовит крупномасштабный террористический акт, вина за осуществление которого будет возложена на Усаму бен Ладена.
Это было уже слишком! И тогда федералы решили зайти с другой стороны. В июле и сентябре 2001 года против Уильяма Купера было подано два заявления на имя шерифа графства Апачи (штат Аризона), в которых говорилось, что Купер, проживая в своём доме в городке Игар (Eagar), угрожал проходившим мимо гражданам применением огнестрельного оружия. Так как Купер на повестки и прочие приглашения не реагировал, было принято решение о его аресте и принудительном приводе в правоохранительные органы. Операцию по задержанию, как и полагается, назначили на тёмное время суток: она началась 6 ноября 2001 года в 11 часов 40 минут по местному времени.
Несколько кварталов, прилегающих к дому Уильяма Купера, были оцеплены милицией графства, которые получили предупреждение о том, что Купер вооружён и очень опасен. Из заметки, которая на следующий день, 7 ноября 2001 года, была опубликована в газете «Los Angeles Times» («Arizona Militia Figure Is Shot to Death»; дословно можно перевести так: «Милиция Аризоны стреляет на поражение») невозможно понять, как именно развивались события. А из интернет-публикаций картина складывалась такая.
Сотрудники милиции графства окружили дом Купера и потребовали, чтобы тот сдался. Сложно сказать, кто именно открыл стрельбу, но в завязавшейся перестрелке был ранен один из заместителей шерифа. Купер в своём автомобиле попытался скрыться, но на одной из автомобильных трасс ему преградил путь автомобиль с сотрудниками милиции, которые потребовали, чтобы тот сдался. Купер резко развернул автомобиль и помчался обратно к своему дому. Около дома он наткнулся на отряд представителей закона. Те в очередной раз предложили ему сдаться, но Купер приказу не подчинился. В ходе завязавшейся перестрелки Уильям Купер был убит.
В рапорте шерифа о финале событий той ночи сказано: «Отказавшись выполнять приказ сотрудников милиции, Купер выскочил из автомобиля и побежал в сторону своего дома, открыв на 6eiy стрельбу в сторону сотрудников правоохранительных органов». Правда, как замечают биографы Купера, в рапорте шерифа почему-то не упомянуто о том, что бегать Купер не мог — ещё во время службы в армии в ходе боевых действий он потерял правую ногу и носил протез.
Вернёмся к разоблачениям Уильяма Купера. В своём манифесте «Operation «Majority»» он утверждал, что изложенную в нём информацию он получил в то время, когда служил в разведывательных структурах ВМФ США, находясь в звании младшего офицера. Как объяснял сам Купер, источником информации для него послужили документы и реальные события того времени, когда он с 1972 года служил при главкоме Тихоокеанского флота США.
В тот период военно-морская контрразведка «ONI» («Office of Naval Intelligence») по заказу ВМФ проводила оперативные мероприятия относительно управляющей «Operation «Majority»» группы «MJ-12» с целью выяснить, что же это за проект и чем он на самом деле занимается. В результате противодействия спецслужб, как говорил Уильям Купер, военно-морское ведомство США потерпело поражение: его штат был существенно сокращён, и, кроме того, ВМФ США потерял контроль над рядом проектов, осуществлением которых он до этого занимался.