Адвокаты коммунистических чиновников ссылались на то, что сотни тысяч политических противников режима были судимы по законам ГДР. Конечно, эти законы были написаны с целью подавления политического инакомыслия и во многом игнорировали основные права человека и демократические нормы, но тем не менее это были законы суверенного государства. Как же можно судить отдельных офицеров Штази, прокуроров и судей, если они просто выполняли свои обязанности, выявляя и наказывая нарушителей закона?
По вопросу о том, следует ли, и если следует, то как, судить сотрудников Штази и других государственных офицеров, ответственных за преступления, которые покрывались государством, существовал широкий разброс мнений. Можно ли применять на востоке законы ГДР в том виде, в каком они существовали до объединения? Или же надлежащим орудием правосудия в объединенной Германии должен стать уголовный кодекс западной части страны? Однако эта дискуссия оказалась бесцельной. Как указал Руперт Шольц, профессор права Мюнхенского университета и депутат бундестага от Христианско-Социального Союза, договор об объединении предусматривает, что к преступлениям, совершенным в Восточной Германии, применяется уголовный кодекс ГДР, а не ФРГ. Точку зрения Шольца поддержал и верховный суд. Большинство преступлений, совершенных партийными функционерами и офицерами Штази — убийства, похищения людей, пытки, незаконное подслушивание телефонных разговоров, изъятие почты и прочее — в объединенной Германии должны были рассматриваться по уголовному кодексу ГДР. Но это не могло удовлетворить десятки тысяч граждан, которые были посажены в тюрьмы по восточно-германским законам за деяния, за которые по западногерманским законам никакого наказания не полагается.
Тем не менее, сказал Шольц, это ни в коем случае не значит, что у судебных властей связаны руки. Ведь исходя из международного права, существовала ситуация, когда Западная Германия не признавала восточно-германского государства.
«Мы всегда заявляли, что мы — единая нация и что раскол Германии не привел ни к полному признанию по международному праву ГДР, ни к признанию ее правовой системы». Соответственно западногерманские суды всегда стояли на той точке зрения, что закон ФРГ защищает в равной степени всех немцев, где бы они ни проживали, то есть и граждан ГДР. Следовательно, не имеет значения, где были совершены преступления — на востоке или на западе. Все немцы всегда были подсудны законам ФРГ. По этой логике получается, что восточно-германские пограничники, убившие или ранившие людей, пытавшихся сбежать на Запад, подпадали под юрисдикцию Западной Германии.
Верховный суд Германии не поддержал принцип «единой нации». Однако генерал-полковник Маркус Вольф, начальник главного управления «А» МГБ ГДР, и некоторые его подчиненные, которые лично курировали агентов из Восточного Берлина, были осуждены за измену еще до этого решения. Вольфа приговорили к шести годам тюремного заключения. Этот приговор, а также те, что были вынесены соратникам Вольфа, постановлением верховного суда были отменены. Верховный суд отказался учесть то обстоятельство, что эти люди добыли самые ценные сведения, составлявшие государственную военную тайну ФРГ, и передали их КГБ. Максимальное наказание за государственную измену — пожизненное заключение. Отменяя приговор Вольфу, суд заявил, что генерала нельзя судить, поскольку он действовал только с территории Восточной Германии и в рамках восточно-германских законов.
Однако Вольфа снова предали суду по обвинению в похищении людей и причинении ущерба их здоровью. На этот раз следствие действовало на основании законов ГДР. 24 мая 1955 года Вольф письменно одобрил план похищения сотрудницы американской миссии в Западном Берлине. Эта женщина давала агенту Штази уроки английского, не подозревая, естественно, о том, кем в действительности является ее ученик. Агент Штази обманом заманил эту женщину и ее мать в свой автомобиль и отвез их в советский сектор Берлина, где они были арестованы. Сотрудницу миссии подвергли серьезному психологическому воздействию. Ей угрожали тюремным заключением, если она откажется подписать обязательство работать на Штази, и она согласилась. Однако вернувшись в американский сектор, она рассказала обо всем сотрудникам контрразведки. Таким образом, Вольф совершил преступление, наказуемое по законам ФРГ тюремным заключением на срок до 15 лет. В марте 1997 года он был признан виновным и приговорен к двум годам условно.
Те, кто оспаривал применение срока давности к коммунистическим преступлениям, особенно к казням граждан, бежавших на Запад, проводили параллели с печально известными приказами Адольфа Гитлера. Фюрер приказал расстреливать на месте взятых в плен политработников Красной Армии и начать массовое уничтожение евреев. Вскоре после войны суд постановил, что эти приказы имели силу закона. Когда этот закон был объявлен преступным и бундестаг ФРГ задним числом отменил его, течение срока давности было приостановлено, что, впрочем, не имело значения, так как многие из тех, кто был судим за выполнение приказов фюрера, уже были казнены союзниками. Верховный суд относительно приказа стрелять по лицам, пытавшимся перебежать в Западную Германию, вынес такое же решение, как и бундестаг, то есть о неприменении к таким делам срока давности. Это решение позволило привлечь к суду членов Совета национальной обороны, ответственных за формулировку или введение в действие этого приказа. Был предан суду ряд пограничников, застреливших граждан ГДР при попытке нелегально пересечь границу.
Главный прокурор Хайнер Зауэр, ранее возглавлявший западногерманское Бюро регистрации политических преступлений, особое внимание уделял пограничным инцидентам. Это учреждение, расположенное в Зальцгиттере, ФРГ, было создано после того, как 13 августа 1961 года была воздвигнута Берлинская стена. Вилли Брандт, бывший в то время мэром Западного Берлина, решил, что необходимо регистрировать все преступления, совершенные восточно-германскими пограничниками. По его приказу была учреждена центральная регистратура для регистрации всех случаев, когда пограничники ГДР открывали стрельбу по безоружным беглецам, а также других серьезных инцидентов. С 13 августа 1961 года и до открытия границы 9 ноября 1989 года было зарегистрировано 186 убийств на границе. Однако когда были открыты архивы Штази, следователи обнаружили, что за попытку перебежать на Запад своими жизнями заплатили по меньшей мере 825 человек. Эту цифру и передали в суд, судивший бывших членов Совета национальной обороны. Помимо этих пограничных инцидентов регистратура учитывала также подобные преступления, совершавшиеся внутри ГДР. К осени 1991 года ведомство Зауэра зарегистрировало 4444 случая убийств или покушений на убийство и около 40 000 приговоров, которые суды ГДР вынесли за «политические преступления».
В первые годы работы учреждения Зауэра подробности политических преследований становились известными только после того, как жертвы выкупались Западной Германией или высылались. С 1963 по 1989 годы за освобождение 34 тысяч политзаключенных ФРГ заплатила коммунистическому режиму 5 миллиардов марок, т. е. почти 3 миллиарда долларов. Цена за голову назначалась разная, в зависимости от значения того или иного заключенного или продолжительности срока. В некоторых случаях выкуп достигал до 56 000 долларов. Самая большая сумма, когда-либо выплаченная властям ГДР, составила 450 000 марок, или 264 705 долларов (по курсу 1,70 DM за 1$). Объектом выкупа в этом случае был граф Бенедикт фон Хоэнсброэх. Студент, которому едва перевалило за двадцать, он в то время, когда была возведена Берлинская стена, посещал университет в Западном Берлине. Штази арестовало его при попытке помочь людям бежать из ГДР. Он получил десять лет исправительно-трудовых работ. Этот случай получил широкую международную огласку, потому что семья Хоэнсброэха находилась в родственных отношениях с бельгийской королевой Фабиолой, которая обратилась к властям ГДР с соответствующим ходатайством. Почуяв запах больших денег, те сперва потребовали от отца молодого графа свыше 1 миллиона долларов. Начался торг, и в конце концов обе стороны сошлись на сумме 450 000 марок, из которых правительство ФРГ заплатило 40 000 марок, или 23 529 долларов. Операции, связанные с выкупом, полностью находились в ведении Штази.