Величайший культурный авторитет Египта в древнем мире придал этим книгам и самой герметической традиции репутацию глубокой мудрости, благодаря чему им заинтересовались представители и других духовных учений. Правда, среди платоников и неоплатоников всегда существовали те, кто отвергал герметизм за его чрезмерно магические представления о мире, но были и те, кто считал их ценным источником знаний. Последний подход стал преобладающим с распространением христианства и по мере того, как приверженцы языческих традиций, ранее много спорившие между собой, стали искать точки соприкосновения, чтобы сплотиться перед лицом общей угрозы. Герметическая магия стала одним из основных элементом системы Ямвлиха из Халкиды, который стремился сформулировать универсальное языческое учение в противовес к набиравшему влияние христианству.
Но и сами христиане оказались не такими уж неприступными к воздействию ореола мудрости, окружавшего «египетские мистерии». Некоторые из Отцов Церкви сделали всё возможное, чтобы обратить герметическую традицию на службу христианству, вплоть до составления «пророчеств Гермеса», предрекавших приход Иисуса Христа. Все это имело довольно неожиданный результат. Поскольку Гермес Трисмегист получил наспех придуманный статус пророка, герметические трактаты, которые в противном случае были бы обречены на уничтожение, на протяжении Средних веков сохранялись и копировались. Многое из герметической традиции сохранилось под личиной христианства и послужило истоком христианского оккультизма. См. Христианский оккультизм.
Арабские нашествия в VIII веке н. э. привели к тому, что, как в Египте, так и в большой части Средиземноморья, одна догматическая религия сменилась другой. Однако мусульманские завоеватели переняли многие из культурных традиций завоеванных ими народностей, так что многое из герметизма усвоили мистически настроенные мусульмане и арабские маги. В самом Коране, священной книге мусульман, содержится лазейка, оказавшаяся полезной для последователей герметизма, а именно упоминание неких «сабиев» среди народов Книги, которым правоверные мусульмане должны позволять совершать свои религиозные обряды. Точное значение слова «сабии» оставалось предметом дискуссий на протяжении столетий, но в эпоху, последовавшую за арабскими завоеваниями, оно широко интерпретировалось как «герметисты». Город Харран, например, воспользовался этим толкованием, чтобы сохранить свои религиозные традиции, представлявшие собой смесь языческих верований с большой долей герметизма и неоплатонизма.
Герметические духовные и практические традиции были, таким образом, частью более широких арабских представлений о магии, которые стали проникать в Европу в начале XII века н. э. Более теоретический аспект герметизма также сохранялся в некоторых трактатах, самым известным из которых на Западе был «Асклепий» в латинском переводе. В Византийской империи сохранялось собрание герметических текстов, позже получивших название «Герметический корпус» (Corpus Hermeticum), хотя, по всей видимости, тогда оно еще не имело широкого хождения. См. «Герметический корпус».
Гермесу приписывалось также некоторое количество астрологических и магических трактатов вроде арабского «Пикатрикса», где также излагались некоторые положения герметической философии. Были и чисто магические тексты с упоминанием имени Гермеса, такие как «Книга Гермеса о пятнадцати звездах» (Liber Hermetis de quindecim stellis) — справочник по магии талисманов, широко копируемый в Средние века и эпоху Возрождения. Несмотря на настороженное отношение к ним со стороны церкви, интерес к герметическим сочинениям сохранялся в образованных кругах на протяжении всего Средневековья. Известные платоники, такие как Бернард Сильвестр (XII век), использовали их как источники своих знаний, хотя и редко упоминали их названия. См. Платонизм.
Широкий общественный интерес к герметическому корпусу в очередной раз возник после того, как Козимо Медичи из Флоренции примерно в 1460 году приобрел греческую рукопись «Герметического корпуса», которую в 1463 году Марсилио Фичино перевел на латинский язык. Сам Фичино, его ученик Джованни Пико делла Мирандола и ряд более поздних ученых и магов использовали герметические сочинения как основу для своих попыток создать новый христианский оккультизм, заимствуя не только описания магических ритуалов, но и различные рассуждения о духовном развитии. Своего пика это направление, пожалуй, достигло в 1591 году, когда хорватский герметист Франческо Патрици (Франьо Петрич, 1529–1597) формально предложил заменить философией Гермеса философию Аристотеля и Фомы Аквинского, служившую идеологической основой католической теологии. Его предложение было отвергнуто, но только после основательных споров, и сам факт таких дискуссий свидетельствует о том, насколько глубоко идеи герметизма проникли в интеллектуальную жизнь эпохи Возрождения.