Узнав об этих планах, Алексей Комнин выступил из Константинополя в направлении Фессалоники. В начале октября 1106 г. флот Боэмунда, в состав которого входило большое количество транспортных кораблей, пересек Адриатическое море и в порту Авлон высадил крестоносцев на побережье Эллады. Боэмунд захватил города адриатического побережья и осадил г. Диррахий, который считался ключом к Балканскому полуострову. Ввиду явного военного превосходства крестоносцев Алексей Комнин решил не вступать в открытое противоборство. Вместо этого он блокировал Диррахий с моря и на значительном удалении окружил осаждавшие город войска Боэмунда на суше. Защитники Диррахия упорно обороняли город, и осада затянулась. Крестоносцы начали испытывать недостатки в продовольствии и фураже. Когда рыцари стали гибнуть от голода и болезней, Боэмунд был вынужден направить к византийскому императору послов с предложением мира. Договор был заключен в Авлоне в декабре 1108 г. Анна Комнина полностью приводит его содержание[467]. Согласно договору, Боэмунд снова признал себя вассалом и слугой императора Алексея Комнина и его сына Иоанна, отказался от всех своих владений на византийских землях, более того, брал на себя обязательства «вести непримиримую борьбу» со своим племянником Танкредом, если он не освободит города Византийской империи. взимен Боэмунд просил Алексея Комнина выделить ему землю «в восточных областях». В договоре говорилось, что после смерти Боэмунда пожалованные ему владения снова переходят под власть империи.
Юридически авлонский договор зафиксировал поражение Боэмунда. Однако ни одно положение выполнено не было. Через полгода после подписания договора Боэмунд умер, а его племянник Танкред отказался признать условия договора.
В это время в империи Великих Сельджуков недавно взошедший на престол М. Тапар пытался стабилизировать внутриполитическую обстановку и укрепить свою власть. Воспользовавшись ситуацией, Кылыч Арслан в марте 1107 г. вторгся в пределы империи и занял Мосул. Он сменил администрацию города и сделал правителем Мосула своего сына Месуда (Шахиншаха). Пятничную молитву в мечетях Мосула было приказано читать с именем Кылыч Арслана.
В ответ на это Мехмед Тапар направил к Мосулу войска. Когда солдаты Тапара прибыли к городу, беи восточной Анатолии, недавно ставшие вассалами Кылыч Арслана, предали его и со своими войсками перешли на сторону противника. 14 июня 1107 г. произошло сражение, в котором армия Кылыч Арслана была наголову разгромлена, а сам он погиб. Власть султана Великих Сельджуков была восстановлена, сын Кылыч Арслана арестован и отправлен ко двору султана Мехмеда Тапара.
В результате поражения и гибели Кылыч Арслана I тюркское сельджукское государство в Малой Азии вновь распалось. Этим воспользовались византийцы, которые заняли территории, принадлежавшие сельджукам на Западе, и крестоносцы, захватившие византийские земли до реки Джейхан на юго-востоке.
В 1110 г. сыну Кылыч Арслана I Шахиншаху удалось бежать из плена и вернуться в Конью. Шахиншах I (1110—1116 гг.) занял трон своего отца и стал третьим по счету султаном сельджукского государства в Малой Азии. О периоде его правления до нас дошло мало достоверных сведений. Известно, только, что ему практически непрерывно приходилось вести оборонительные боевые действия против византийской армии. В 1116 г. император Алексей Комнин разгромил войска Шахиншаха и заставил его подписать мирный договор, по которому сельджуки должны были покинуть Малую Азию. Анна Комнина пишет, что после сражения император встретился с султаном, предложил ему стать вассалом Византийской империи и, в частности, сказал, что тюркам-сельджукам следует жить там, где обитали раньше, до того, как Роман Диоген взял в свои руки бразды правления и потерпел то страшное поражение под Малазгиртом[468].