В 1229 г. к активным действиям на территории Восточной Анатолии перешел сам хорезмшах Джеляльэддин. В августе 1229 г. он осадил г. Ахлат. Незадолго до этого его кавалерия совершала набеги на провинции Эрзерум и Муш. В этой ситуации правитель Эрзерума Джиханшах, нарушив свою клятву в преданности Алаэдцину Кейкубаду, объявил себя подданным хорезмшаха. Он направил к Ахлату свои войска, обозы с продовольствием и фуражом, а также осадные орудия.
Алаэддин Кейкубад, понимая, что действия хорезмшаха представляют для него серьезную опасность, особенно на фоне вероятного вторжения монголов, направил в район Ахлата послов. Султан пытался убедить хорезмшаха снять осаду Ахлата, увести свои войска в Азербайдажан и Эрран, не вносить раздор в мусульманский мир, а, напротив, объединить усилия для борьбы с монгольским нашествием. С послом был отправлен караван с подарками хорезмшаху, количество и ценность которых, по словам Ибн Биби, изумила эмиров хорезмшаха[542]. Однако, ни слова султана, ни его дары не смогли повлиять на хорезмшаха. Он продолжил осаду Ахлата и вскоре овладел им. В фетихнаме, написанном в связи с взятием Ахлата, хорезмшах заявил о своем намерении в кратчайшие сроки завоевать Сирию и Рум (Анатолию)[543].
Узнав об этом, Алаэддин Кейкубад немедленно направил 12 тысяч гвардейской кавалерии в район Эрзинджана и приступил к мобилизации армии. Затем он обратился с просьбой об оказании военной помощи к правителю Сирии Эшрефу, на сестре которого был женат. Мелик Эшреф выделил в распоряжение сельджукского султана 10 тысяч кавалерии. Соединившись в Сивасе, сельджукские и сирийские войска (всего 30 тысяч человек) двинулись к Эрзинджану, где передовой отряд сельджукской кавалерии уже отражал атаки авангарда войск хорезмшаха и правителя Эрзерума. Общая численность этой объединенной армии, по оценке Ибн Биби, составляла 100 тысяч человек[544].
Генеральное сражение между Алаэддином Кейкубадом и хорезмшахом Джеляльэддином произошло 10 августа 1230 г. у населенного пункта Яссычемен (в провинции Эрзинджан). Итогом сражения был разгром войск хорезмшаха. Большая часть его солдат погибла на поле боя. Джеляльэддину с немногочисленным отрядом войск удалось бежать в Харпут, затем через Ахлат в Азербайджан. Во время сражения был взят в плен союзник хорезмшаха правитель Эрзерума Джиханшах. Алаэддин Кейкубад без боя занял Эрзерум и ликвидировал этот бейлик, существовавший 28 лет.
В 1231 г. свой первый набег в Восточную Анатолию совершили монголы. Они разрушили и разграбили города Ахлат, Битлис, Амид (Диярбакыр), Сиирт, Мардин, Харпут и другие. Население этих городов было вырезано или угнано в плен. В 1232 г. монгольская кавалерия, стремительно продвигаясь по территории сельджукского государства, дошла до стен Сиваса[545]. Алаэддин Кейкубад приказал своему главнокомандующему Кемаледдину Камьяру остановить монгольские войска. Однако монголы ушли столь же стремительно, как и появились. Преследуя их, сельджукские войска под командованием Камьяра и командующего войсками сельджуков в провинции Эрзерум — Чавлы совершили поход в Грузию и заняли здесь ряд приграничных крепостей.
В 1232—1233 гг. Алаэддин Кейкубад заново построил г. Ахлат и ряд других населенных пунктов, наиболее серьезно пострадавших в результате монгольских набегов. Были восстановлены разрушенные оборонительные сооружения.
В 1234 г. с юга на территорию Восточной Анатолии вторглись объединенные вооруженные силы Сирии и Египта. Правитель эюбидов султан Египта поставил перед собой задачу завоевать государство Сельджуков и присоединить Анатолию к подвластным ему территориям[546]. Войска эюбидов двигались из Халеба в направлении Кайсери. Однако западнее Малатьи арабов встретили сельджукские войска под командованием Кемаледдина Камьяра и заставили их отступить на линию Бесни — Адыяман — Сиверек. Понеся потери, эюбиды изменили направление наступления и с указанного рубежа двинулись в Центральную Анатолию через Харпут. Однако здесь их встретила сельджукская армия, которой командовал сам Алаэддин Кейкубад. В происшедшем сражении египетско-сирийские войска были разгромлены и изгнаны за пределы сельджукского государства. Султан взял г. Харпут и ликвидировал правившую здесь ветвь артукидов, которые вместе с эюбидами сражались против сельджуков. Затем Алаэддин Кейкубад вытеснил эюбидов из районов Сиверек, Урфа, Харран и, завоевав почти всю Восточную Анатолию, значительно укрепил положение сельджукского государства.