В 1820 году возникла проблема между Военным ведомством и митрополией, связанная с крыльцами зданий Гауптвахты и церкви Успения Божией Матери. В письме военного генерал-губернатора Санкт-Петербурга графа М. А. Милорадовича говорится, что «в Санкт-Петербурге на Сенной площади в симметрии церкви Спаса построен Караульный дом по Высочайше апробованному плану. Вход к этому дому был назначен круглый, такой, как и в церкви». Впоследствии оказалось, что это не давало возможности «разместить караул перед ним на предполагаемом для него фронте» в соответствии с новыми правилами развода. Изменение проекта было утверждено императором 24 сентября 1820 года, и вход в Гауптвахту переделали уже по завершении ее строительства. Разумеется, требовалась симметричная перестройка церковного входа и ограды, чтобы «фронт располагался сообразно Высочайше утвержденным чертежам».
27 октября 1820 года М.А. Милорадович обратился с просьбой о реконструкции входа в церковь к министру духовных дел и народного просвещения А. Н. Голицыну и получил разрешение. Переписка же с митрополитом затянулась до 1825 года, но завершилась в конце концов положительно, и крыльцо, или паперть, перестроили.
На Сенной площади проводились телесные наказания воров и мошенников, так называемые «торговые казни», означавшие применение кнута к обманщикам в местах скопления народа. Осуществлялись они неподалеку от Гауптвахты.
В 1882 году вокруг здания возвели каменную ограду, в 1884 к нему пристроили общественную уборную, а еще через два года постройку капитально отремонтировали.
Во время строительства рынка на Сенной площади в 1880-х годах Городская дума поставила вопрос об устройстве в нем санитарной или аналитической станции для контроля качества продуктов, привозимых на рынок. Однако строительство и содержание таких станций относилось к ведению государства или, как сказали бы сейчас, федеральных органов власти, поэтому город не мог выделять средства на их устройство. Но «с передачей городу больниц и вообще дела охранения народного здравия на открытие упомянутой станции правительством едва ли можно рассчитывать. Поэтому в данном случае единственным исходом представляется устройство городской станции». Поэтому в 1887 году Дума внесла в свой бюджет соответствующие расходы. Место для станции по-прежнему выделялось на самом рынке, но позже было принято решение использовать для нее здание бывшей Гауптвахты, утратившей к этому времени свое значение караульного дома.
В 1889 году санитарная комиссия представила проект приспособления кордегардии под аналитическую станцию. Он не затрагивал фасадов здания и практически не изменял его планировку. Тем не менее, техническая комиссия сочла, что проект дорог, и потребовала ликвидировать портик на колоннах и террасу, а на ее месте устроить плитный тротуар. На заседании Городской думы 3 октября 1890 года техническая комиссия (без каких-либо экспертиз!) получила указание на то, что при устройстве аналитической станции в здании бывшей Гауптвахты на Сенной площади «не следует уничтожать портика как принадлежности здания, имеющего историческое значение».
Станция была открыта 17 ноября 1891 года. «Нижний этаж занят под лабораторию, верхний – квартирою старшего лаборанта. Лаборатория состоит из прихожей, довольно обширной рабочей залы для весовых и микроскопических исследований и небольшой так называемой сероводородной комнаты». При этом внешний вид здания остался без изменений.
В 1898 году под квартиры для работников аналитической станции перестроили помещения важни.
В 1890-х годах на пятиугольном участке в углу Сенной площади у Спасского переулка кроме здания бывшей кордегардии, а теперь аналитической станции, находились «одноэтажный каменный ретирадник (туалет. – Прим. авт.), бетонный, крытый землей ледник, деревянный сарай для дров для отопления ретирадника».
В 1910 году В. Курбатов писал: «Городской Думе принадлежит неплохая постройка – бывшая Гауптвахта на Сенной площади. Здание не первоклассное, но приятное по стилю. В то время как церковь, стоящая по другую сторону улицы, убрала тамбур, портивший фасад, лаборатория обезобразила свой фасад колоссальной и совершенно ненужной вывеской, закрывшей фасад с метопами триглифами» (декоративные архитектурные детали греческого происхождения, характерные для стиля классицизм, располагаются под карнизом здания. Триглиф – прямоугольная накладная каменная пластина, разделенная тремя вертикальными прорезями. Метопа – пространство между триглифами, заполненное скульптурными изображениями. – Прим. авт.). Ситуация узнаваемая – время проходит, а люди не меняются.