Родиной великого старца был древний город Курск. Родился он в семье богатого и именитого купца Исидора Мошнина, имевшего кирпичные заводы и бравшего подряды на постройку каменных зданий, церквей и домов.
Главное его сооружение в Курске — воздвигнутый по плану знаменитого архитектора Растрелли храм во имя преподобного Сергия Радонежского. В 1762 году нижняя церковь с престолом была довершена, и в тот же год Исидор Мошнин скончался, передав все свои дела умной, распорядительной жене Агафье. Особенная черта ее, которая впоследствии отличала и великого сына, — милосердие. Она любила раздавать щедрую милостыню, особенно же по сердцу ей было заниматься судьбой девочек-сирот. Она готовила им приданое и выдавала замуж. Еще лет пятнадцать после смерти мужа Агафья вела строительство Сергиевой церкви и довела дело до конца. Все было исполнено так добросовестно, что и спустя сто лет позолота сохраняла первозданную свою свежесть. Семейство Мошниных приобрело особое уважение у жителей Курска.
Отец Серафим родился 19 июля 1759 года. Он был вторым сыном у Агафьи и Исидора и назван Прохором в честь апостола Прохора (день памяти которого 28 июля). Когда умер отец, Прохору было три года, поэтому несомненно, что своим воспитанием он целиком обязан матери. Она учила его более всего примером своей жизни, проходившей в молитве, посещении храмов и помощи бедным.
Однажды, когда Прохору было семь лет, Агафья взяла его с собой осматривать строительство церкви. Незаметно дошли до самого верха незаконченной в ту пору колокольни. Отойдя от матери, быстрый мальчик неосторожно перевесился за перила и упал на землю. Мать в ужасе сбежала вниз, но, к несказанной радости и великому своему удивлению, она увидела сына веселым, стоящим на ногах как ни в чем не бывало. Отслужили благодарственный молебен. Многим после этого случая запало в душу, что Прохор Мошнин охраняется особым Промыслом Божиим.
Прохор отличался крепким телосложением, острым умом, прекрасной памятью и в то же время был кротким и послушным. Когда его начали учить грамоте, он принялся за дело с большой охотой, стал быстро успевать в учении, как вдруг его сразил тяжелый недуг. Домашние уже не надеялись на выздоровление. Помощь пришла неожиданно. Прохору явилась во сне Богородица и обещала исцелить его.
Вскоре из Знаменского монастыря в Коренную пустынь был крестный ход с чудотворной Курской-Коренной иконой Знамения (вспомните знаменитую картину И. Репина «Крестный ход в Курской губернии»). Шествие, застигнутое сильным ливнем, свернуло во двор Мошниных. Агафья воспользовалась этим и поднесла больного Прохора к иконе. Заметили, что с того случая Прохор стал быстро поправляться и вскоре выздоровел совсем.
По воспоминаниям, это произошло, когда Прохору было около десяти лет. В таком случае, следуя уже официальным документам, можно точно назвать дату этого крестного хода и привести в дополнение к чуду исцеления новую подробность.
Интересующий нас крестный ход состоялся в десятую пятницу после Пасхи 1767 года. Именно тогда в Коренной пустыни произошла публичная ссора представителей Знаменского и Коренного монастырей, связанная, как утверждают документы, с вопросом о доходах крестного хода. Дело быстро дошло до правительства. Обер-прокурором Синода тогда был протестант И. Мелиссино (1763–1768), не скрывавший своей враждебности к православию.
Злополучная ссора стала удобным предлогом, чтобы добиться «высочайшего» запрещения крестных ходов с Курской-Коренной иконой. С того времени крестные ходы прекратились до 1791 года, когда вновь были разрешены по ходатайству жителей Курска. Так что Прохор, как оказалось, получил исцеление при последнем крестном ходе с Курской-Коренной иконой перед самым запрещением ходов почти на четверть века.
Мальчик рос отнюдь не замкнутым, у него было много друзей. Прохор любил читать сверстникам вслух духовные книги и вести с ними беседы религиозного характера.
Старший брат Прохора, Алексей, занимался торговлей разным деревенским товаром: ремнями, дегтем, бечевками, дугами, шлеями, лаптями, железом. У него была своя лавка в Курске, и Прохора приучали торговать в этой лавке. Но к торговле не лежало его сердце. До этого он ежедневно ходил и к обедне, и к вечерне. Из-за работы в лавке приходилось по необходимости пропускать службы, и Прохор поднимался до света, чтобы отстоять заутреню. Он воодушевил «монашеским» настроением нескольких своих товарищей, и они сговорились вместе отправиться к киевским святыням, а потом принять постриг.
В то время в Курске жил Христа ради юродивый, имя которого теперь забыто, но тогда все его чтили. Прохор всем сердцем привязался к юродивому прозорливцу. Тот в свою очередь полюбил отрока и своим влиянием еще более расположил его душу к благочестию и уединенной жизни.