Primo de Rivera forma un directorio militar. Nombra a Martínez Anido subsecretario de Gobernación y Arlegui accede a la dirección general de Orden Público. Zubía, indiscutido, continúa. El flamante dictador reorganiza el estado de arriba abajo. Disuelve los ayuntamientos y diputaciones. También la Mancomunidad de Cataluña, el organismo semiautonómico que venía funcionando desde 1914 (y que tuvo como primer presidente a Prat de la Riba). No se privó de prohibir el uso público del catalán (hasta en las iglesias), la senyera y la sardana, lo que hizo que Cambó, que había apoyado el golpe con la promesa de Primo de que reconocería las instituciones regionales, se retirase de la vida pública. Además, el general golpista nombra militares como delegados gubernativos. Reorganiza la Hacienda y los cuerpos de Seguridad y Vigilancia. Lo único de lo que no toca nada es la Guardia Civil. Según Aguado Sánchez, porque a la sazón esta vivía ya una época de oro. Quizá la declaración sea hiperbólica, visto como estaba el país. Pero lo indudable es que, bajo la dirección de Zubía, la Benemérita había logrado sustraerse a la catástrofe circundante.
Zubía pasó a la reserva en marzo de 1925, lo que llevó a su sustitución por el
teniente general Ricardo Burguete Lana, que prosiguió la labor de su antecesor de
consolidación del cuerpo. En el plano Ricardo Burguete orgánico introdujo una nueva distribución territorial en cuatro Zonas (noroeste, nordeste, centro y sur), cada una con un general de brigada al frente. Creó un nuevo tercio en Madrid, el 27°, que junto al famoso 14° se instaló en el nuevo acuartelamiento de la calle Guzmán el Bueno (luego sede de la Dirección General), y otro en Marruecos, el 28°, con cabecera en Ceuta. Se unificaba así la gestión de la Guardia Civil del protectorado, que a partir de 1926, tras la derrota de Abd el-Krim por la coalición de fuerzas francesas y españolas, ejercería sus funciones en un territorio pacificado. Mejoró también ligeramente Burguete las retribuciones, y en cuanto a la formación, bajo su mandato se puso en marcha la Academia Especial de la Guardia Civil, que abrió sus puertas en febrero de 1927, aunque ya estaba prevista en una norma de 1907, para sustituir a la fallida escuela de Getafe en la formación de oficiales. La Academia Especial se nutrió de sargentos y suboficiales propios, lo que mejoró la cualificación de la oficialidad, hasta entonces seleccionada entre la de infantería y caballería del ejército y entre los sargentos del cuerpo por antigüedad y previo un examen.
El crimen más sonado de los años de Primo de Rivera fue sin duda el del expreso de Andalucía, un doble asesinato cometido en dicho tren en la noche del 10 de abril de 1924, en las personas de dos funcionarios de correos a los que eliminaron para robar las sacas que custodiaban. La conspiración criminal la formaban cinco personas. Su cerebro era José María Sánchez Navarrete, funcionario de Correos como los asesinados, homosexual e hijo de un teniente coronel de la Guardia Civil, además de caprichoso y bastante manirroto, según las malas lenguas. Aunque la Guardia civil localizó en seguida al taxista que recogió a los asesinos en la estación de Alcázar de San Juan, donde se bajaron del tren después de cometer el crimen, la investigación quedó estancada hasta que el día 22 apareció en una pensión del número 105 de la calle Toledo el cadáver de Antonio Teruel. De profesión croupier (en paro, tras prohibir el juego la dictadura) y con malos antecedentes, Teruel acababa de suicidarse con un revólver. El registro permitió encontrar varias pruebas de que había participado en el asalto. El interrogatorio de su mujer condujo a sus cómplices. Navarrete cayó en seguida, pero los otros tres, el receptador Honorio Sánchez, José Donday (pareja de Navarrete y encargado de alquilar el taxi) y Francisco Piqueras, más conocido como Paco el Fonda, se habían evaporado.
A Sánchez y a Piqueras los localizó la Guardia Civil al poco de su identificación como autores del crimen. Al último lo cazó el guardia Manuel Ardilla, por muy poco, en el tren en el que ya escapaba a Portugal con una documentación falsa que no engañó al avispado benemérito. Según cuentan las crónicas del cuerpo, Paco el Fonda se admiró de lo «activos y astutos» que eran los guardias, les reconoció su valía y declaró que sin ellos España sería una jaula «de locos sueltos y desgraciados» como él. El texto de la anécdota parece algo decorado por quienes la contaron, pero su sustancia bien podría ser verdadera. El quinto miembro de la banda, Donday, se entregó voluntariamente en la embajada de España en París. Fue el único que se libró de la pena de muerte, que se ejecutó por fusilamiento el 10 de mayo.
La dictadura de Primo de Rivera supuso, además del enterramiento de las responsabilidades del desastre de Annual (más que oportuna, por cuanto se aproximaban peligrosamente a palacio) y la liquidación de la guerra de Marruecos (con un ingente esfuerzo militar, todo hay que decirlo), una pacificación interior, mezcla de intimidación y negociación. Escondidos o en el extranjero los anarquistas, el régimen se aproximó a los socialistas, con los que estableció fructíferos contactos. A cambio de su colaboración, Largo Caballero, jefe de la UGT, tomó posesión como miembro del Consejo de Estado, lo que acarreó la dimisión en el PSOE de Indalecio Prieto, que tanto se había distinguido en el Congreso exigiendo las responsabilidades por el desastre de 1921, sobreseídas para siempre por indulgencia de la dictadura.
Pero no dejó de haber intentonas anarquistas, como la que se produjo por el paso a través de la frontera francesa en Bera de Bidasoa (Navarra) de unos 50 activistas, con la cooperación de un contrabandista apodado el Señorito. Los atacantes, que desarmaron a los carabineros que protegían los puestos fronterizos, se toparon con la resistencia denodada del cabo comandante del puesto de Bera, Julio de la Fuente, y de su auxiliar, el guardia José Aureliano Ortiz. El cabo murió al comienzo del desigual tiroteo que se entabló entre guardias y anarquistas, pero el guardia resistió hasta agotar su munición. Al final los atacantes lo mataron a cuchilladas y arrojaron su cuerpo al Bidasoa. La movilización del ejército obligó a la partida a regresar a Francia. Seis activistas cayeron prisioneros, según el atestado, con «panfletos suscritos por Miguel de Unamuno, Blasco Ibáñez, José Ortega y Gasset y Rodrigo Soriano». Tras un accidentado consejo de guerra, primero absolutorio, y revisado luego, tres de ellos murieron ajusticiados a garrote vil.
Otro frente para el dictador fueron sus propios compañeros del ejército, en el que no se habían apagado las disensiones entre junteros y africanistas. El detonante fue el nuevo sistema de ascenso por méritos de guerra, que favorecía a los oficiales de infantería en detrimento de los artilleros (quienes por tradición ascendían solo por antigüedad por considerarse, decían, «todos igualmente valientes»). Publicado el decreto correspondiente, el 17 de julio de 1926, las unidades de Artillería se encierran en sus cuarteles y Primo, tras reducir su rebelión enviando tropas de infantería, disuelve el arma. Luego forma un directorio civil, aunque con numerosos militares en las distintas carteras, como Martínez Anido en Gobernación. En Hacienda nombra al joven jurista José Calvo Sotelo. Mientras tanto, los militares descontentos preparan otra intentona. Es su cerebro el coronel Segundo García, y entre sus socios están los generales Weyler, Aguilera y Batet y el luego célebre capitán de infantería, veterano de la Legión, Fermín Galán Rodríguez. Tras la conjura hay también políticos de diversas tendencias, entre los que destaca el conde de Romanones, e intelectuales como Machado, Ortega y Gasset, Blasco lbáñez y Gregorio Marañón. También se espera poder contar con parte de la Guardia Civil de Madrid.