В 1804 году Николай Гончаров был зачислен в Коллегию иностранных дел и переехал в Петербург.
Прекрасно образованному и одаренному умом и талантами молодому Гончарову были открыты двери всех великосветских гостиных. Там он встретился с красавицей-фрейлиной Натальей Ивановной Загряжской, без памяти влюбился и 27 января 1807 года обвенчался с ней в Петербурге в придворной церкви.
Наталья Ивановна Гончарова (1785–1848) происходила из старинного дворянского рода Загряжских. Отец ее, Иван Александрович Загряжский (ум. в 1807 г.), богатый помещик, служил в Петербурге в гвардии; он был женат на А. С. Алексеевой, от которой имел троих детей. По семейным преданиям, когда однажды полк его стоял в Дерпте, он там влюбился в дочь барона Липгардта, при живой жене обвенчался с ней и привез уже с ребенком к первой жене в свое поместье! Вряд ли это достоверно, но, так или иначе, от этого брака или связи родилась Наталья Ивановна, будущая мать Н. Н. Пушкиной12. Молодая баронесса вскоре умерла, а жена Загряжского приняла девочку в свою семью, ничем не отличала от своих детей и впоследствии наравне с остальными оставила ей наследство.
Вскоре после женитьбы Н. А. Гончаров оставляет Петербург и переводится на службу в Москву. Вероятно, это было вызвано необходимостью быть поближе к Полотняному Заводу.
К тому времени давно начавшийся разлад между родителями Николая Афанасьевича достиг решающей фазы: они разъехались. Хотя дела Афанасия Николаевича уже сильно пришли в упадок, однако он не оставлял своих привычек и продолжал вести расточительную жизнь. Надежда Платоновна долго сдерживала сумасбродства своего супруга, но, в конце концов, не выдержала и в 1808 году уехала с Полотняного Завода и поселилась в собственном доме в Москве. Впоследствии Афанасий Николаевич выделил ей отдельный капитал в 200 тысяч рублей и таким образом навсегда отделался от мешавшей ему жены.
Расставшись с женой, Афанасий Николаевич уехал надолго за границу, и молодой Николай Афанасьевич за несколько лет сумел значительно поправить расстроенные отцом дела. В 1812 году, когда началась Отечественная война, Николай Афанасьевич отвез свою семью к родственникам жены в Тамбовскую губернию, подальше от Калуги, к которой приближался неприятель.
Афанасий Николаевич поспешил вернуться на родину.
Война почти вплотную подошла к гончаровским владениям. На Полотняном Заводе некоторое время стоял сам фельдмаршал Кутузов с войском. Комнаты, в которых он жил, потом получили название «кутузовских». Неприятель до Полотняного Завода не дошел: под Малоярославцем французы были разбиты наголову, и началось паническое бегство наполеоновских войск из России.
По-видимому, летом 1813 года семья Николая Афанасьевича возвратилась на Полотняный Завод. Вскоре Афанасий Николаевич отстранил сына от управления предприятиями. Старик привез из-за границы любовницу-француженку, и ему нужно было бесконтрольно распоряжаться деньгами. Он требовал от семьи всяческих знаков внимания к своей любовнице. Атмосфера в доме сложилась нетерпимая, и Николай Афанасьевич уехал в Москву, оставив временно семью на Полотняном Заводе. Как долго оставались они там – точно неизвестно. Во всяком случае, в начале 1814 года они были еще на Заводе – об этом свидетельствует письмо Николая Афанасьевича к отцу и жене от 20 февраля 1814 года3. Интересно отметить, что в этом письме он передает приветы различным гувернерам и гувернанткам – англичанкам, французам и немцам, которых, очевидно, Афанасий Николаевич нанял для воспитания и обучения своих внуков.
С 1814 года начали проявляться у Николая Афанасьевича первые признаки душевной болезни. Трудно сказать, чем была вызвана эта болезнь; семья приписывала это его падению с лошади. Возможно, какая-то предрасположенность к ней была им унаследована от матери, и толчком к ее проявлению послужило отстранение от управления предприятиями. Ряд писем Николая Афанасьевича к отцу свидетельствуют о том, как тяжело переживал он свой уход от дел. Так, письмо от 5 мая 1817 года он заканчивает следующими словами: «Покорный ваш сын, уничтоженная тварь Николай Г-ров». Иногда он подписывается «nihil» – «уничтоженный».