Кроме того, в подчинении Абвер II находились: диверсионная школа в Квенцзее и полк (затем — дивизия) «Бранденбург», лаборатория по изготовлению взрывчатых веществ «Лаботегель», офицеры связи авиации и ВМФ и секретариат.
Диверсионная школа в Квенцзее располагалась в отдельных домах бывшей усадьбы в 5 км западнее города Бранденбург. В ней обучались небольшими группами (по 10–20 человек) солдаты и офицеры. Лаборатория по изготовлению взрывчатых веществ и приборов для диверсий располагалась в пригороде Берлина — Тегель. Начальником школы и одновременно лаборатории был полковник Ганс Маргер (позже лабораторию возглавляли полковник Маурициус и майор Эрман Куно), заместителем — майор Познер.
3-й Отдел Абвера (Абвер-III): Контрразведка
Абвер III отвечал за контрразведывательное обеспечение вооруженных сил нацистской Германии, военно-административных и военно-хозяйственных учреждений и на объектах оборонного значения. Руководителями военной контрразведки в разное время были подполковник Рудольф Бамлер (с 24 мая1938 по 1 марта 1939); полковник Хейнрих (август 1943 — сентябрь 1943); полковник (затем генерал-майор) Франц Эккард фон Бентевиньи (с 1 марта 1943 по 14 февраля 1944).
Третий отдел (контрразведка) Абвера был разделён на три группы, главной из которых была группа III F (3 F), которая занималась общей контрразведкой. В её задачи входило устанавливать органы иностранных разведок ведущих разведывательную деятельность против Германии, выявлять их место расположения, личность сотрудников и техническое оснащение, в виде средств связи и мест их расположения, пункты снабжения, лаборатории, мастерские, транспортные средства и их опознавательные знаки, взаимодействие иностранных разведок с другими ведомствами и службами на их территории.
До 1939 года реферат III F состоял из двух отделений: «Восток» (Балканские страны, Латвия, Литва, Польша, Румыния, СССР, Чехословакия) и «Запад» (Великобритания, Бельгия, Голландия, Франция и Швейцария), затем в период Второй Мировой войны количество отделений возросло до шести.
Кроме чисто контрразведывательных функций Третий отдел Абвера, занимался так же и тем что сейчас именуется внешней контрразведкой, то есть ведение разведки против иностранных разведок и других спецслужб, устанавливая место расположения тех их органов что ведут разведку в отношении Германии или заняты контрразведкой в отношении германских разведывательных служб, выявляя личности их сотрудников, методы и цели их деятельности, проведение мероприятий по их дезинформации.
На территории Германии, а начиная и с 1938 года на территориях европейских стран присоединённых к Германии 3-й отдел Абвера и его местные органы должны были тесно взаимодействовать как с центральным аппаратом гестапо, так и с его местными органами, поскольку только они имели право ареста гражданских лиц обвинённых в шпионаже. (Хайнц Фельфи «Мемуары разведчика»… — с. 42.)
4-й Отдел Абвера (отдел Абвер — «Заграница» (Abteilung Ausland)): руководство системой военных атташе в германских посольствах. В его состав входили:
Группа I Внешняя и военная политика; военно-политическая информация для начальника ОКВ
Группа II Связи с вооруженными силами иностранных государств; общая регистратура; дипломатическая служба вермахта
Группа III Вооруженные силы иностранных государств; сбор донесений для ОКВ; информация военного характера для начальника отдела «Абвер-заграница» и офицера связи при штабе оперативного руководства вооруженных сил
Группа IV Военно-морской флот
Группа V Зарубежная пресса
Группа VI Военно-исследовательская работа по международному праву
Группа VII Вопросы колониальной политики
Группа VII Обработка развединформации военного характера и другой информации на основании трофейных документов
Помимо четырех основных номерных отделов имелся так же «отдел Z» — отдел картотек, кадров, финансов. Этот отдел делился на следующие группы:
Группа ZF — Финансы
Группа ZR — Правовые вопросы
Группа ZKV — Центральная картотека агентуры
Группа ZO — Офицерский состав
Группа Z — Архив
Группа ZK — Центральная картотека
Группа Z Reg — Регистратура, управление материально-технического обеспечения