Манихеи впервые создали в Южной Сибири разветвленную сеть религиозных библиотек при храмах, монастырях, миссионерских пунктах и отшельнических пустошах. В них собирались и хранились не только новые произведения манихейской литературы, написанные по-тюркски, но восстанавливались и переписывались произведения прошлого (несомненно, канонизированные труды самого Мани и его старших учеников), созданные на других языках (прежде всего, на среднеперсидских) и при помощи манихейской письменности. Переписка священных и иных, научных, книг почиталась за благой подвиг.
Значение манихейских библиотек наиболее ощутимо при изучении их остатков, обнаруженных в Восточном Туркестане и Дунхуане. Пользование такими библиотеками и содержащимися в книгах языковыми знаниями привело к появлению в енисейских рунических надписях Южной Сибири заимствованной лексики: сирийской (мар “вероучитель”), иранской и согдийской (баг “удел”, азун “земная жизнь”, абад “благоустроенность”, аз “алчность”), санскритской (барм “совершенный”, асур “асурий, злой дух”, арзы “святой, отшельник”) и даже арабской (эмин “надежный”). В собственные мужские имена аристократов наравне с традиционными вошли и такие слова, как йюкюнч “совершение молитвы” (Оттук-Даш II, Е 64), йевиг “качества бодисатвы, необходимые для просветления” (Адыр-Кая).
Образование, полученное в манихейских школах, обнаруживает себя в выявленном недавно использовании особой полногласной рунической орфографии (восходящей к среднеперсидскому правописанию VIII - IX вв. и самому принципу манихейского письма, полностью обозначавшему гласные). Такое правописание стало особо характерным для поздних рунических текстов XIII - XV вв. Этим обозначился второй этап развития енисейского рунического письма40. Под влиянием первичных знаний каких-то западноазиатских письменностей и языков появилось, весьма вероятно, и другое отклонение от собственно рунического правописания - так называемая псевдоруническая орфография.
Отразилось в енисейских памятниках и манихейское мировоззрение. Так, в тексте стелы из Эль-Бажи в Туве (Е68/1, строка 16) рядом с обычными восхвалениями умершего витязя уже употребляется и манихейская формула покаяния: “…я следовал ошибкам точно ценностям”. Тоже отмечается в тексте горно-алтайской стелы Бар-Бургазы I, где с прежде не свойственной эпитафиям укоризной сказано, что героя “греховная алчность разлучила” с близкими.
Массовое распространение грамотности, наличие собственной рунической енисейской письменности на литературном языке того времени ярко выразились в появлении в VIII - X вв. огромного количества манихейских наскальных надписей самого разнообразного характера по всему Саяно-Алтайскому нагорью и Центральной Азии (Хакасия, Алтай, Тува, территория современной Монголии). Особенно много наскальных отметок оставили молившиеся на природе. Многие из текстов представляют собой монотеистические обращения к Богу в самоуничижительной манере (раб божий, недостойный раб, презреннейший, греховный и т.п.).
Как известно, согласно манихейскому вероучению, человеческое тело сотворено богом Зла и лишь душа создана богом Добра. И вот на скале Крес-хая читаем молитвенную запись (Е137): “Вложите совершенную душу (буквально: нутро)”. Строки Хая-Бажи V и III (E 24) вполне по-манихейски превозносят деяния, направленные на благоустройство земель; на “Городовой стене” (Е 144) вырезан текст, в котором утверждается, что “благое преумножается путем уничтожения греховного” и т.п.
В Южной Сибири сохранились и памятники изобразительного искусства манихеев. Так, в Горном Алтае, на скале Ялбак-Таш, стоящей на древнем тракте, некий путник-манихей выгравировал изображение Сатаны. Подобные изображения бога Зла известны ныне во многих районах пребывания верующих манихеев - от Южной Сибири до Семиречья (Таласское Алатау).
Другой важной особенностью манихейства как “всеобъемлющей универсальной религии” было то, что в отличие от христианства и буддизма оно “свободно и очень широко включало в свою систему многие образы и представления из местных языческих верований и культов“45, в том числе из раннего тюркского шаманизма. Северное манихейство, которое явилось результатом слияния с языческими верованиями сибирских аборигенов, не уничтожило заложенного в них мощного духовного потенциала, возникшего от слияния их с древним культом родной природы.
Поэтому наряду с вероучителями-марами в письменных манихейских документах и в китайских хрониках этой поры упоминаются камы - тюркоязычные наименования не только языческих прорицателей и ясновидящих-шаманов , продолжавших практиковать психосоматическое лечебное воздействие на больных46, но и собственно манихейских священников, служивших в храмах (например, “кам мар”)47. В арабо-персидских источниках под манихейским влиянием их стали называть по-персидски фагинунами - очевидно, “прорицателями божьей милостью” (ср. иранское “фаг” или “баг” - бог; согдийское “вагнпат” - жрец; и парфянское “багнапат” - жрец).