Однако ферма, отданная Давидсону в полное распоряжение на 23 года, не получилась «образцом, привлекающим к полезному подражанию», а стала приносить только убытки. Давидсон не смог выплачивать в установленные сроки оговоренные в контракте суммы. По подсчетам обследовавших в 1806 году ферму чиновников, она приносила дохода не более 16 500 руб. в год, а расхода – не менее 20 000 руб. Вследствие этого, не желая закрывать совсем недавно начатое и небезнадежное предприятие, Давидсон обратился в 1805 году к Александру I с просьбой изменить срок контракта с 23 на 35 лет и выдать ему взаймы еще 40 000 руб. Правительство провело освидетельствование хозяйства фермы, подтвердившее слова Давидсона, и по повелению Александра I ему выдали в 1807 году еще 20 000 руб., но срок аренды оставили прежним.
Однако эти меры все же не помогли, ферма продолжала давать одни убытки и обременять государственную казну. Поэтому 23 октября 1809 года именным Высочайшим указом Александра I на имя министра внутренних дел А.Б. Куракина предписывалось отобрать у капитана Давидсона ферму в казну «со всеми заведениями, домашними припасами, посеянным хлебом, инструментами, скотом всякого рода и приготовленным для оного кормом, исключая вещи ему лично принадлежавшие». При этом оговаривалось что несмотря на нанесенные убытки государству, Давидсону никакого штрафа или иного наказания не будет: «При том дать знать ему, что хотя по основанию контракта и следовало бы взыскать с него выданный ему капитал и с процентами, но сие ему по особому снисхождению прощается, и что за тем уже никакие со стороны его на казну требования не должны иметь места».
Такое снисхождение иногда объясняют тем, что предложение Давидсона выдвигалось не кем-нибудь, а близким другом Александра I – Новосильцевым, состоявшим членом неофициального реформаторского комитета при царе. Кроме того, в затее об устройстве Английской фермы принимали участие, кроме Новосильцева, другие члены комитета – граф Строганов и князь А. Чарторижский. Именно к последнему Давидсона пригласили управлять имением после ликвидации фермы.
При приемке фермы от Давидсона обнаружилось ее запустение: постройки пришли в ветхость, сельскохозяйственный инвентарь находился в нерабочем состоянии, скот частью погиб (из 21 головы выписанного из Англии крупного рогатого скота треть пала). Согласно тому же Высочайшему указу Александра I от 23 октября 1809 года, крестьяне фермы передавались в ведение кабинета, с наделением тремя десятинами земли каждой души мужского пола (из них – по одной десятине близлежащей к селению обработанной земли и по две десятины неосвоенной земли).
Бывший дом Головиных на берегу Невы и Черной речки причислялся к Каменноостровскому дворцу и каждое лето предоставлялся близким ко двору людям, а все остальные земли фермы разделили на 28 участков (от 6 до 243 десятин) и продали с торгов частным лицам, за исключением территории, на которой стояли все постройки фермы, и прилегающего к ней участка. Эти земли оставили в казенном ведении, передали Лесному департаменту, и они явились основой будущего Лесного. Скот частично продали, а частью передали в Павловск на мызу императрицы Марии Федоровны и в Царское Село на вновь учрежденную там царскую ферму.
Земледельческие орудия упраздненной Английской фермы частично продали частным лицам, а наиболее «усовершенствованные» из них в сентябре 1810 года передали, по повелению Александра I, «для пользы общей» в Вольное экономическое общество. Их поместили в хранилище «махин» и моделей в зале Общества, с тем чтобы им можно было сделать подробное описание, а также для всех «охотников к таковым практическим и полезным редкостям, как здесь живущим, так и приезжающих из других мест Государства», чтобы «снимать с них рисунки и модели, дабы могли оные на самом деле употреблять».
Мероприятия по ликвидации хозяйства Английской фермы поручили инспектору над петербургскими колониями (впоследствии – министру финансов) Е.Ф. Канкрину, причем он осуществил задачу с пользой для государства, принеся казне около 12 000 руб. прибыли. Покупателями бывших земель фермы были преимущественно купцы, вкладывавшие свои капиталы в близкие к столице земли. Остальные покупатели – дворяне и чиновники, приобретавшие землю для устройства дач или для спекулятивных целей. К 1811 году со всеми делами бывшей Английской фермы покончили, однако обветшавшие постройки фермы оставались в ведении Лесного института до начала 1830-х годов.