Через цей позов до німецького суду, лабораторія німецької кримінальної поліції у Вісбадені Bundes Kriminal Amt (BKA) провела на спеціальному обладнанні криміналістичне дослідження рукопису, який на той час складався з трьох блокнотів у твердій палітурці і 324 окремих сторінок, оправлених в четвертий блокнот.
Результати досліджень, виконаних в лабораторії БКА, показали, що "значна" частина роботи, особливо четвертий том, були написані за допомогою кулькової ручки. Оскільки кулькові ручки не були доступні до 1951 року, BKA прийшла до висновку, що ці розділи, скоріше за все, були додані пізніше.
Зрештою, BKA чітко визначила, що жоден почерк з щоденника не відповідає відомим зразкам почерку Анни.
Інформацію БКА, на наполегливе прохання єврейської громади тоді виправили, але пізніше вона випадково стала доступною для дослідників у Сполучених Штатах. На підставі цього звіту, німецький журнал Der Spiegel опублікував власне сенсаційне розслідування, яке доводило що деякі редагування зроблені після 1951 року, не все написано однією тією ж рукою, також до щоденника вставлені інші сторінки і змінена їх нумерація — отже весь щоденник є післявоєнною підробкою.
Сторінки щоденника із абсолютно різними почерками
Сьогодні існують різні версії щоденника і нікому не відоме, що в ньому справжнє, а що є підробкою, адже Отто Франк постійно щось до нього додавав, дописував, а деякі сторінки вилучав, наприклад, у 1998 році виявилося, що Отто Франк вилучив з рукопису п'ять сторінок, на яких Анна критично оцінювала шлюб її батьків. Він також опустив фрагменти, де донька злиться на нервову метушливість матері («найбільш незначна особа на світі»). Крім того, він виключив численні місця, де виражалася релігійна віра, наприклад, прямі згадки про Йом Кіпур.
Доктор Форіссон порівнював всілякі видання щоденника різними мовами, і звернув увагу на дивні зміни, вставки і пропуски, часто суттєві, що показують продовження творчості над твором вже після смерті Анни. Дійсно, наприклад, в анотації до українського видання написано що воно «здійснено з найповнішого німецькомовного видання». Напевне автор цієї анотації не знав, що до написання щоденника залучили професійного письменника, тому зазначив що цей твір «засвідчує письменницький хист» дівчинки. До речі, перекладачка щоденника на німецьку Аннелізе Шютц, зі згоди батька Анни методично виключила з твору всі випади проти німців і будь чого німецького.
В «Щоденниках присутнє багато логічних невідповідностей. Коли "дорослий почерк" пише, що протягом більше двох років у невеликому просторі ховалися 8 євреїв, які навіть вночі уникали найменшого шуму та кашлю, пізніше, "дитячий почерк" пише про "великі й світлі" приміщення і про те що на горищі в середині дня Петер пиляє деревину перед відкритим вікном. Іншим разом він знов столярує і гепає молотком. Пані Ван Даан використовувала пилосос щоденно в 12:30 — відповідно до запису від 5 серпня 1943 р… 9 листопада 1942 р. Анна розповідає як розірвався мішок із коричневою квасолею і що "галасу було вдосталь, щоб розбудити мертвих." В цьому пристосованому під житло офісному приміщенні працює батько, інші євреї виконують конторську роботу, поруч працюють робітники складу, а Анна оволодіває стенографією на заочних курсах. Під час відпочинку євреї дивляться фільми через проекційний апарат, слухають радіоприймачі.
В естонській газеті «KesKus» письменник Аарне Рубен опублікував статтю, в якій він розмірковує про те, наскільки э реальним все те, що написано в щоденнику. Він не ставив під сумнів існування деякого щоденника. Тільки чи належав він саме Анні Франк — дівчинці-підлітку? Письменник наводить висловлювання есесівця Карла Зильбербауэра (Karl Silberbauer), який знайшов всіх, хто переховувався у флігелі на Прінсенграхт.
У статті говориться, що цей колишній есесівець був виявлений співробітниками Центру Симона Візенталя в 1963 році, у той час він служив у віденській поліції. Хоча суд першої інстанції не визнав його винним, Центр Візенталя не залишив його в спокої, і судовий розгляд тривав аж до самої смерті обвинуваченого в 1972 році. Карл зізнався, що прийняв анонімний телефонний дзвінок про те, що десяток євреїв ховається в центрі Амстердама. Він взяв 8 голландських поліцейських і поїхав на Прінсенграхт. Там він серед інших бачив Отто Франка, який йому представився як офіцер резерву німецької армії, і його дочку Анну. Сам він квартиру не обшукував, змусивши це робити голландців, але вони не виявили ніяких рукописів. Після війни він прочитав голландською мовою щоденник Анни Франк і був здивований, звідки дівчинка знала про існування газових камер. Цього в Голландії не знали і вільні люди.