Исподволь начал искать исторические документы, знакомиться с преданиями, выискивая сведения о Елабуге. Списался с Москвой и познакомился заочно с профессором Капитоном Ивановичем Невоструевым — земляком, который в ту пору вместе с историком профессором Московской духовной академии А. В. Горским составлял ученое описание славянских рукописей Синодальной библиотеки. Капитон Иванович радел за свой город, и ему «было желание узнать историю своей родины». С документами, найденными нм в библиотеке, а именно: о направлении в село Трехсвятское первого священника Зотика, об учреждении монастыря и его настоятеля — он ознакомил Шишкина. Сам Невоструев писал об этом так: «В конце 1855 года, из любви к отечественной археологии, особенно же к знаменитым памятникам своей родины… вступили мы в сношения с почтеннейшим соотчичем, несколько лет бывшим городским головою, купцом Иваном Васильевичем Шишкиным, человеком весьма любознательным и много лет занимавшимся елабужскими древностями. Предметом переписки нашей было «Чертово городище».
В 1855 году Иван Васильевич обследовал древний памятник, а в 1867 году в основном на собственные средства отреставрировал разрушающуюся башню городища. Капитону Ивановичу направлял Шишкин и свои находки: купленную у татарского муллы «письменную древнюю историю» с упоминанием Елабуги, рукописи покойного священника Петра Кулагинского с известием о «Чертовом городище» и войне башкирской. Делая выписки из древних книг, извещал о них Невоструева.
Внимание Ивана Васильевича привлек Ананьинский могильник, о ней принялся расспрашивать местных жителей. Получив разрешение от уездного начальства, вместе с чиновником Алабиным приступил к раскопкам могильника. Публикация материалов об Ананьинском кургане вызвала статью профессора Эйхвальда, в которой ученый проводил аналогию погребений в кургане с погребальными обычаями скифов и считал возможным предполагать, что погребенные в могильнике скифы были современниками персидского царя Дария (V век).
К. И. Невоструев, занявшийся после Эйхвальда изучением могильника, разрешая вопрос о времени, когда курган мог быть насыпан, пришел к убеждению, что принадлежит он не к концу бронзового века, а к более отдаленному периоду этого века, и выдвинул теорию происхождения бронзового века в Восточной Европе от азиатских скифов, имевших сношения с Персиею и Ассириею и хорошо известных Птолемею.
Скромный интерес Ивана Васильевича к старине способствовал, можно сказать, рождению глубоких теорий в кругах профессиональных ученых.
Переписка Капитона Ивановича Невоструева с Иваном Васильевичем Шишкиным носила характер серьезный и затрагивала не одни вопросы археологии, о чем судить можно по сохранившимся письмам.
Приведем одно из них.
(Без даты.) К. И. Невоструев — И. В. Шишкину.
«…сперва меня кольнуло это недоверие Ваше ко мне, душевно Вам преданному…
Во-первых, Вы находите слишком преувеличенными мои жалобы на дух настоящего времени, коего, писал я, никогда не бывало в нашем православном отечестве. Чтобы правильнее судить о моих словах, надобно хорошо знать русскую историю и знать не по универсальной и тематической вообще светом отравленным лекциям, а по беспристрастным изложениям ея на основании самих летописей, актов жизней и множества сохранившихся памятников, или лучше изучая Русскую историю по самым этим источникам. Все иностранцы, посещающие отечество наше, отдавали справедливое благочестию предков наших, хотя не могли вполне видеть и правильно написать его. Не только в древней и средней, но и в новой литературе нашей не было и не могло быть и тени того явного безбожия и разврата, того безумного порицания православной веры и церкви (которую, к слову сказать, начинают признавать теперь и предпочитать латинской самые реформаты англичане и лютеране — немцы и даже французы католики и самые сыны папы итальянцы), не было этого революционного суждения о правительстве… какое беспрестанно почти является в нынешних журналах, газетах и отдельных книгах, особенно СПБургских. И как истинная преданность предков наших вере, отечеству и престолу вознесла Россию от монгольского ига на высшую ступень могущества, так нынешние прогрессисты, движимые и порожденные иезуитами и другими хитрыми врагами России, распространявшие в ней такой разрушительный дух, чуть было не ввергли ее в бездну погибели, если б не ходатайством невидимых и видимых молитвенников ея, не возникли истинные патриоты ея, сердечно преданные вере церкви, престолу и отечеству. Все это такие вещи, которые очевидны сами собой, понятны и самим иностранцам, врагам нашим, но которые стараются устроить, исказить, перетолковать безбожные и безумные революционеры, прогрессисты наши. Ужели Вы в таких летах станете разделять их стремления? Не хочу более толковать об этом».
Письма свидетельствуют о благорасположенности адресатов друг к другу, иначе не было бы в них полемической настроенности, и по ним косвенно можно судить и о внутренней работе мысли Ивана Васильевича.
В рукописи «Жизни елабужского купца Ивана Васильевича Шишкина, писанной им самим в 1867 году», находим следующие строки: «…Но не привелось мне быть на своем месте. А в своем маленьком городке чем мог отличиться особенно без финансовых средств, кроме только местной общественной службы и деятельности, которой я скоро достиг всех пределов и был на первом плане, и должен на этом пункте остановиться».
Иван Васильевич умолчал о том, что начал писать историю города Елабуги, после выхода в свет которой в 1871 году, в Москве, в Синодальной типографии (издание субсидировали купцы Н. И. Ушков и Д. И. Стахеев), Капитон Иванович Невоструев первым поспешит поздравить автора с важным событием.
Невоструев в январе 1872 года с радостью известит Шишкина и об избрании членом-корреспондентом Московского археологического общества («за открытие Ананьинского могильника и прочую по сим предметам деятельность»).
О внешнем облике Ивана Васильевича можно судить по портрету, написанному в 1862 году художником В. Верещагиным. На нем Иван Васильевич изображен в черном сюртуке, с черным шарфом вокруг шеи, с тщательно выбритым и несколько искусственным выражением лица, «…волосы на голове стриг коротко, бороду постоянно всегда брил, голос и речь имел средним тоном» — таков словесный автопортрет Ивана Васильевича.
Дмитрий Иванович Стахеев, уроженец Елабуги, ныне несправедливо и всерьез забытый писатель (родственник Дмитрия Игановича Стахеева — зятя И. В. Шишкина), в своих воспоминаниях о городе детства несколько страниц посвятил Ивану Васильевичу.
Приведем их:
«Служба кончилась. Дома ожидает опять чай. Летом публика гуляет пешком на Козью Горку: посидеть, потолковать, посмотреть на отдаленную широкую реку, на пробегающие мимо пароходы. Молодежь тихонько пробирается к кому-нибудь из знакомых опять-таки попить ради праздника в десятый раз чайку да поиграть от скуки в картишки. А старички посиживают себе на Козьей Горке, переливая из пустого в порожнее. Вдали перед ними рисуется высокая гора, а на ней видна полуразрушенная от времени башня — остатки монастыря, построенного, после покорения Казани, повелением Ивана Грозного.
— Да вот оно бы хорошо, очень хорошо поддержать этот исторический памятник, — говорит один почтенный старичок, поглядывая на башню.
— Напрасно, Иван Васильевич, право, напрасно, это значит — даром деньги… На что она годится?.. — возражает кто-нибудь из купцов.
— Нет, господа, как ни говорите — это не напрасно: памятник исторический.
— Оно, пожалуй, что исторический, да для нас-то оно, Иван Васильевич, дело совсем неподходящее, потому — даром деньги бросишь. Другое дело, примерно часовня или что-нибудь такое…
— Ну, ну ладно. Часовню и стройте, а я памятник… — желчно говорит Иван Васильевич и сердито стучит своей суковатой палкой по ветхому полу балкона, приделанного к беседке. — Вот вам теперь, — продолжает он, несколько успокоившись, — это вот теперь взвозы у нас худы и круты: грязь стоит по колено, подняться с бочкой у лошади силы не хватает. Фонтаны в городе спорчены, воды хорошей нет, — вот это дело подходящее, как вы об этом думаете?