Хотя Алексеев покинул столицу, его профессорская деятельность не осталась не отмеченной. 16 декабря 1908 года он был избран почётным членом конференции Императорской военной академии.
Война в Маньчжурии порой напоминала о себе. Михаил Васильевич стал одним из деятельных добровольных помощников Комитета по сбору пожертвований на сооружение православного храма, который был бы памятником русским морякам, оставшимся в море без могил - храма «Спаса на водах».
В состав комитета вошли более пятидесяти человек. Среди них были вдова вице-адмирала С. О. Макарова, родители лейтенанта С. П. Огарёва с броненосца «Наварин», и жена капитана 1-го ранга С. П. Шеина, командира крейсера «Светлана», сестра лейтенанта графа В. Н. Игнатьева с эскадренного броненосца «Император Александр III» и другие. В том числе морской министр и начальник Главного морского штаба.
Инициативу поддержал российский министр внутренних дел П. А. Столыпин, который направил государю соответствующий доклад. Император Николай II начертал на нём собственноручно:
«Согласен и всецело сочувствую мысли увековечить память моряков».
Комитет по сбору средств на сооружение православного храма «Спаса на водах» разослал по всей России «Воззвание», в котором говорилось следующее:
«...Над тысячами героев-мучеников сомкнулась безжалостная морская бездна, не осталось по ним следа, и негде над прахом их помолиться. Но не может с этим примириться сердце русского народа! Помянем же героев, принявших за Родину-мать мученический венец, сооружением в столице России в знак народной благодарности и в назидание потомству храма-памятника подвижникам, по морям разбросанным без могилы, без креста. В сей храм, с начертанными на стенах именами погибших моряков-братьев, на сияние Креста, на свет лампад, на призыв молитвенных поминовений слетятся чистые души непогребённых, и тут, в Святом Доме этом Божием, обретут они себе усыпальницу вечную!..»
Святейший синод разрешил провести кружечный сбор по церквам Российского государства. Купеческий банк открыл специальный счёт. В числе добровольных взносов был и взнос от имени офицеров и генералов Генерального штаба.
Строительство храма началось в 1910 году на берегу Невы, ближе к Финскому заливу, при впадении в Неву Ново-Адмиралтейского канала. Храм-памятник возводили художник-архитектор М. М. Перетяткович, инженер-строитель С. Н. Смирнов и прославленный скульптор Б. М. Микешин. Во время торжеств при закладке Спаса на Водах в его фундамент был замурован солдатский Георгиевский крест. Внутренняя отделка храма производилась по рисункам академика Н. А. Бруни.
Храм-памятник погибшим в Цусимском морском сражении русским морякам был торжественно открыт 31 июля 1911 года в присутствии императора Николая II и членов императорской фамилии, высших государственных и церковных лиц. В торжествах приняла участие делегация Генерального штаба, в том числе и генерал Алексеев.
Спас на Водах стал одним из самых почитаемых храмов российской столицы, особенно в среде военных моряков и участников Русско-японской войны. Однако историческая судьба православный храм не уберегла.
Цусимский храм Спас на Водах был уничтожен до фундамента в конце марта 1932 года при С. М. Кирове, фактическом главе города Ленинграда. Как православную церковь храм ликвидировали («национализировали») ещё в 1918 году. Было запрещено в нём богослужение, а само здание отдано под «культурные нужды» близлежащего завода...
30 октября 1908 года Михаил Алексеев производится в чин генерал-лейтенанта. С его получением он теперь входит не только по служебному положению, но и по воинскому званию в ряды высшего генералитета Русской армии.
Одновременно с присвоением чина генерал-лейтенанта Алексеев назначается на новую должность. Она оказалась той, которую ему в ходе Русско-японской войны прочил император Николай II, - начальник штаба приграничного Киевского военного округа.
«Высочайшим приказом 30 августа 1908 года за отличие по службе произведён в генерал-лейтенанты с назначением начальником штаба Киевского военного округа».
Прощание с сослуживцами прошло в трогательной обстановке. Из оперативного отделения Генерального штаба уходил на повышение работник не просто опытный, а ещё и авторитетный, деятельный и работоспособный. В прощальном «особом» приказе начальник Генштаба засвидетельствовал следующее:
«...Вся предшествующая служба Алексеева отмечена верным и настойчивым служением его интересам армии и, в частности, генеральному штабу на разнообразных должностях, которые он занимал... Он всегда брал на себя львиную долю работы и стремился быть незамеченным...».