Под Плевной Михаил Алексеев получил ранение в ногу, которое, к счастью, серьёзным не оказалось. Офицер благодаря заботам медиков остался в строю.
Плевенские «дела» оставили свой след и в боевых наградах будущего полководца Первой мировой войны. Он их получил три за освободительный поход в Болгарию, в том числе ордена Святой Анны и Святого Станислава, данные «за храбрость».
Однако боевые награды и блестящая характеристика, данная генералом Скобелевым, не повлияли на служебную карьеру Алексеева. После войны он на протяжении десяти лет тянул лямку строевого армейского офицера в родном ему отцовском Казанском полку. Получил чины подпоручика - в октябре 1878 года и поручика - через пять лет. Взлётом по служебной лестнице это назвать никак было нельзя.
В течение двух лет поручик Михаил Алексеев командовал пехотной ротой. Именно она стала стартовой ступенькой, которая позволяла ротному командиру отправить по команде прошение о разрешении поступать в военную академию.
В 1887 году штабс-капитан Алексеев после сдачи вступительных экзаменов становится слушателем Николаевской академии Генерального штаба. Армейскому офицеру пришлось в её стенах нелегко, но выручили природное трудолюбие и стремление познать академические науки. Уже тогда Алексеева среди других отличали вдумчивость и серьёзность в отношении к служебным делам и глубина познаний тактических вопросов.
Николаевскую академию Генерального штаба капитан Михаил Алексеев закончил в 1890 году по 1-му разряду, став в своём выпуске первым по успеваемости. За отличия в учёбе он удостоился почётной для слушателя академии Милютинской премии в одну тысячу рублей ассигнациями.
Восхождение Алексеева по служебной лестнице началось с причисления его в составе лучших выпускников академии к корпусу офицеров Генерального штаба. Капитан получил назначение старшим адъютантом в штаб 1-го Армейского корпуса, расквартированного в столичном военном округе. На этой должности Алексеев пробыл довольно долго: целых четыре года. Но за это время он основательно познал азы штабной и оперативной работы в армейских войсках, что потом сослужит ему хорошую службу, особенно в Русско-японской войне.
Капитану Алексееву пришлось некоторое время преподавать военную администрацию и руководить топосъёмками в столичном Николаевском кавалерийском училище. Знавший его с той поры А. М. Драгомиров, будущий генерал и сподвижник по Белому движению, писал:
«Уже пожилой капитан Генерального штаба с суровым взглядом близоруких глаз, прикрытых очками, с резким голосом, он вначале на нас, юнкеров, навёл страх своей требовательностью и порядочную скуку своим предметом, нагонявшим тоску. Но вскоре под его суровой внешностью мы нашли простое и отзывчивое сердце. Он искренне хотел и умел научить нас необходимой для военного человека науке...
Злейший враг лени и верхоглядства, он заставлял и нас тщательно исполнять заданные работы».
Познания Алексеева в академических науках, его перспективность как генштабиста не остались невостребованными. В мае 1894 года он переводится та службу в канцелярию Военно-учёного комитета Главного штаба. Первая должность была невысокой — младший делопроизводитель.
Военно-учёный комитет, как структура Главного штаба, имел в мирное время особое предназначение. В нём составлялись планы войн с вероятными противниками и разрабатывались вопросы стратегического развёртывания сухопутных сил России та случай войны на Западе, Востоке и Юге. В Военно-учёный комитет отбирались офицеры и генералы с хорошим тактическим мышлением, способные заниматься разработкой и стратегических задач. Попасть в ВУК случайный человек, пусть и с академическим образованием, просто не мог. Отбор был тщательным и пристрастным.
За Алексеева говорило многое. И блестящее окончание Николаевской академии Генерального штаба, и большой опыт пехотной полковой службы, и боевые награды за Русско-турецкую войну 1877-1878 годов, и «примерное» исполнение обязанностей офицера штаба 1-го Армейского корпуса столичного округа.
Для дальнейшего продвижения по службе недоставало одной строчки в послужном списке. Начальство пошло та помощь, и Алексеев проходит цензовое командование пехотным батальоном.
В1895 году Михаил Васильевич женился. Его супругой стала Анна Николаевна Щербицкая. Вскоре она родила первенца - дочь Клавдию, в 1906 году родилась вторая дочь - Вера, а в 1908 году - сын Николай.
Семья офицера Генерального штаба жила дружно, довольно скромно, хотя и не бедно. Любя жену и детей, Михаил Васильевич всё же целиком отдавался службе и дома бывал мало. Однако ни один человек, хорошо знавший Алексеева, никогда не называл его карьеристом или служакой в плохом понимании этих слов.