Отказ Линкольна санкционировать немедленное повешение 303 приговоренных санти привел в ярость генерала Попа и губернатора Рэмзи. Поп торжественно заявил, что «осужденных преступников следует, по общему мнению, немедленно казнить, не делая никаких исключений… Человеколюбие требует немедленно покончить с этим делом». Рэмзи потребовал от президента санкции на безотлагательную казнь 303 приговоренных и предупредил, что население Миннесоты может «само отомстить» заключенным, если Линкольн не будет действовать быстро.
Пока президент Линкольн просматривал протоколы судебных разбирательств, Сибли перевел заключенных индейцев в тюремный лагерь близ Саут-Бенда на реке Миннесота. Во время их конвоирования через Нью-Ульм толпа граждан, в которой было много женщин, пыталась «сама отомстить» заключенным, используя с этой целью вилы, кипяток и камни, пригодные для метания. Пятнадцать заключенных получили повреждения, у одного была сломана челюсть, прежде чем солдатам удалось провести их через город. В ночь на 4 декабря толпа граждан вновь штурмовала лагерь, где находились заключенные, намереваясь линчевать индейцев. Солдаты сдержали толпу, а на следующий день индейцев перевели в более надежное укрепление неподалеку от города Манкейто.
Тем временем Сибли решил содержать оставшихся 1700 индейцев — в основном женщин и детей — как заключенных, хотя их не обвиняли ни в каком преступлении, если не считать преступлением то, что они родились индейцами. Он приказал перегнать их в форт Снеллинг, и по дороге они тоже подверглись нападению разъяренных белых граждан. В них бросали камнями, били палками; один ребенок был вырван из рук матери и избит до смерти. В форте Снеллинг эту колонну длиной четыре мили загнали в огороженное пространство сырой поймы. Здесь под охраной солдат, под ветхим кровом и на скудном пайке остатки когда-то гордого племени лесных сиу ожидали своей участи.
6 декабря президент Линкольн уведомил Сибли, что у того «есть основание для казни» тридцати девяти индейцев из 303 осужденных санти. «Остальных осужденных индейцев Вы будете держать до дальнейших распоряжений, заботясь о том, чтобы они не могли бежать, но и не стали объектом незаконного насилия».
Казнь состоялась 26 декабря, в Месяце, Когда Олень Сбрасывает Рога. В это утро город Манкейто наполнился жаждущими мщения и исполненными нездорового любопытства гражданами. Полк солдат был введен в город для поддержания порядка. В последний момент исполнение приговора одному из индейцев было отсрочено. Около десяти часов тридцать восемь осужденных повели из тюрьмы к эшафоту. Индейцы пели Песню Смерти племени сиу до тех пор, пока солдаты не натянули им на головы белые капюшоны и не накинули на шеи петли. По сигналу армейского офицера веревка, удерживавшая помост с казнимыми, была перерезана, и тридцать восемь индейцев санти-сиу безжизненно повисли в воздухе. Если бы не вмешательство Авраама Линкольна, их было бы три сотни; и все же один из очевидцев похвалялся тем, что это была крупнейшая массовая казнь в Америке.
Через несколько часов должностными лицами было обнаружено, что двое повешенных не значатся в списке Линкольна, но публично об этом было заявлено лишь через девять лет. «Остается только сожалеть о том, что были допущены некоторые ошибки, — заявил один из ответственных представителей. Я уверен, что они не были допущены намеренно». Один из невинно повешенных спас жизнь белой женщине во время нападения индейцев.
Еще несколько человек, казненных в этот день, настаивало на своей невиновности до самого конца. Одним из них был Рда-ин-йан-ка, пытавшийся предотвратить войну вначале, но затем присоединившийся к Вороненку. Когда Вороненок со своими сторонниками уходил в Дакоту, Вабаша убедил Рда-ин-йан-ка не ходить с ними.
Незадолго до казни Рда-ин-йан-ка продиктовал письмо своему вождю:
«Вабаша, ты обманул меня. Ты говорил мне, что, если мы последуем совету генерала Сибли и предадим себя в руки белых, все будет хорошо, ни один невинный не пострадает. Я не убил, не ранил и не обидел никого из белых мужчин, и вообще никого из белых. Я не был среди тех, кто грабил их имущество. И все же сегодня меня поместили вместе с теми, кого должны казнить, и через несколько дней я должен умереть, в то время как виновные останутся в тюрьме. Моя жена — твоя дочь, мои дети — твои внуки. Оставляю их на твоем попечении и под твоей защитой. Сделай так, чтобы они не страдали. А когда мои дети вырастут, пусть они узнают от тебя, что их отец умер, потому что последовал совету своего вождя, не имея на себе крови белого человека, за которую ему пришлось бы отвечать перед Великим Духом.