В январе 1941 года обвиняемого Абрантовича для дальнейших допросов отправили из Львова в Москву, сроки следствия ежемесячно продлевались. 22 мая ему было предъявлено новое обвинение, его арестованный категорически отрицал, заявив, что «никакой работы в разведках не проводил» и «к политическим организациям не принадлежал». Но это никого не волновало.
Итак, «Обвинительное заключение» уже предъявлено в мае, однако допросы по его делу продолжаются, сроки следствия продлены до декабря, затем — до августа 1942 года. Заметим, дознаватели ежемесячные «Постановления» о продлении сроков следствия обосновывают необходимостью «выявить целиком его антисоветскую деятельность за кордоном, полностью выявить известную ему агентуру из числа католиков и выявить методы работы Ватикана против СССР».
Какую же антисоветскую агентуру удалось выявить следствию в результате столь долгой работы с отцом Фабианом? Несмотря на «физическое воздействие», применяемое в отношении обвиняемого, им были названы лишь имена его прихожан в Харбине, посланных к нему на учебу, и священник Виктор Новиков, преподававший в Григорианском университете в Риме в 1939 году. Отец Фабиан спокойно назвал это имя, так как не знал, что преподаватель университета и выпускник «Руссикума» к тому времени уже находился в Советском Союзе, проводя тайную миссионерскую деятельность.
В многостраничных показаниях, написанных 31 марта лично отцом Фабианом, он пытался отстоять свою нравственную позицию, объяснить миропонимание католиков и цели их миссионерства, подробно и доходчиво излагал историю Католической Церкви и ее орденов, объяснял многолетние и сложные взаимоотношения Католической Церкви с Православной и говорил о задачах Ватикана в этом отношении, писал также о трагическом пути униатского движения в России. Важно отметить, что такие подробные показания он объясняет своим убеждением: «Ведя борьбу между собой за исцелением недугов человечества и стоя на противоположных мировоззрениях, мы должны добросовестно стараться друг друга адекватно узнать. Иначе мы будем бороться со своими ложными представлениями».
Отец Фабиан, сравнивая две идеологии, пояснял, что «Рим дает задания положительной, созидательной работы, а не деструктивной, революционной… Рим не торопится переделать человеческий мир, как это стремится сделать русский молодой увлекающийся коммунизм… Рим, следуя учению Христа, старается облагородить внутренне природу человека, что является делом не легким и потому — не скорого времени».
15 августа 1942 года Фабиану Абрантовичу было предъявлено окончательное «Обвинительное заключение», в нем следствие было вынуждено подтвердить, что тот «виновным себя в предъявленных обвинениях не признает и оставляет за собой право дать дополнительные письменные разъяснения по материалам следствия, а также мотивов непризнания себя виновным». Приведем некоторые пункты из разъяснений, записанных до утверждения обвинения: «Не будучи советским гражданином и не проживая на советской территории, я не мог нарушить советских законов и не могу потому нести ответственность за их нарушения. Советского мировоззрения я не разделяю и против него». «Будучи спокоен в своей совести, что все, что я знал, сказал следователю честно, без тени лжи, ибо верую и исповедую животворящую силу правды и смертоносность лжи и неправды, ожидаю правильного и справедливого решения моей судьбы».
«Справедливое» решение его судьбы состоялось 23 сентября 1942 года; Фабиан Абрантович был приговорен к 10 годам лагерей, хотя следствие требовало для него 15 лет. На выписке из протокола Особого совещания есть карандашная пометка — Карлаг, это означало, что Фабиан Абрантович должен был отбывать наказание в Карагандинском лагере. Однако в лагерь он не попал, а был оставлен отбывать наказание в Бутырской тюрьме; очевидно, от него еще хотели добиться новых «признаний». И только недавно стало известно, что отец Фабиан скончался в Бутырской больнице 2 января 1946 года.