Много неприятностей уездным врачам доставляли освидетельствования рекрутов. До 1793 года молодые люди в армию призывались пожизненно, а затем на 25 лет. Рекрут уходил в армию молодым человеком, а возвращался домой стариком. Поэтому, естественно, народ придумывал самые разнообразные средства, которые бы послужили препятствием для призыва в армию. Нередко молодые люди даже калечили себя — только бы не идти в армию.
Богатые крестьяне из положения выходили очень легко — они нанимали вместо себя бедняков. Последние в таких случаях непременно должны были попасть в армию и всячески скрывали свои недуги. Врач, не имевший опыта в обследовании рекрутов, легко допускал ошибки, за которые потом приходилось расплачиваться. В Пермскую губернскую управу поступало много жалоб на то, что уездные врачи отправляли в армию больных рекрутов.
Были ошибки и у опытных врачей, в том числе и у Протасова. Он однажды признал годными двух рекрутов, которые затем воинским присутствием при казенной палате были возвращены домой. Один из них не соответствовал росту, а другой имел на руке небольшую доброкачественную опухоль. Хотя в своем объяснении Протасов и писал, что обнаруженная у рекрута опухоль не может служить препятствием для службы, так как она безболезненна и движению руки не мешает, все же он был оштрафован на пять рублей.
Протасов решил обобщить свой опыт работы в армии, а также трехлетний опыт освидетельствования рекрутов в уезде и написал в помощь врачам пособие «Начертание врачебного осмотра рекрут, притворных и утаиваемых недугов и их обнаруживания». Это пособие, направленное в Медицинскую коллегию, было напечатано в 1801 году. Оно явилось первым в России руководством по военно-медицинской экспертизе. За этот научный труд Протасов получил от Медицинской коллегии награду — 300 рублей.
Пособие, составленное Протасовым, стало настольной книгой для врачей. Написанное по-деловому четко и просто, оно давало самые, необходимые сведения по военно-медицинской экспертизе. Протасов в своей книге описывает порядок обследования рекрутов, методы получения искусственных болезней и то, как их отличить от действительных заболеваний. Раскрывая свой личный опыт, говорит о методике выявления «утаиваемых болезней» в тех случаях, когда рекрут непременно хочет попасть в армию.
Книга Протасова «Начертание врачебного осмотра рекрут, притворных и утаиваемых недугов и их обнаружения» — крупный научный вклад в отечественную медицину.
Аналогичная книга Виллие, которую несправедливо считали первым руководством по медицинскому освидетельствованию рекрутов, во многих местах текстуально повторяет целые разделы книги Протасова и вышла в свет на пять лет позже — в 1806 году.
Одной из важнейших обязанностей уездного врача была борьба с различными инфекционными заболеваниями. Хотя врачи тогда не знали, что заразные болезни вызываются микробами, они на опыте убеждались, что здоровый человек может заражаться от больных путем прикосновения, через вещи и различные предметы, а также через воздух. Все острые заразные заболевания, протекавшие с высокой температурой, они относили к горячкам. Различали воспалительные горячки, гнилые, нервные и другие. Основным методом борьбы с ними была изоляция больных от здоровых.
Протасов, работая уездным врачом, с успехом использует свой армейский опыт борьбы с инфекционными заболеваниями. Так, в 1800 году в Нязепетровском заводе возникла эпидемия гнилой горячки. Заболело 65 человек. Протасов отделил больных от здоровых в особое помещение, вылечил их и в короткий срок ликвидировал вспышку эпидемии. Он обобщил опыт борьбы с этой болезнью в специальной работе и послал ее в Медицинскую коллегию. Протасов описывал и отдельные интересные случаи заболеваний. Например, в 1798 году он сообщил в Медицинскую коллегию (в работе, написанной на латинском языке) об успешном излечении крепостного Филиппа Ефремова, который в течение десяти лет страдал тяжелым кожным заболеванием.
За свои научные работы Протасов в 1798 году был произведен в штаб-лекари. Это высшее врачебное звание присваивалось лекарям, которые прослужили на государственной службе не менее шести лет и проявили себя способными исследователями.
В сентябре 1800 года Протасов был переведен акушером в Вятскую губернскую управу. Здесь он продолжает свою энергичную творческую деятельность, правда, очень недолго. В мае 1801 года Медицинская коллегия переводит его оператором в Пермскую врачебную управу.