К сожалению, работа «Молодой сельский врач» осталась незаконченной. Медицинская коллегия распорядилась, чтобы Бер не продолжал ее. В сочинении Бера содержалась резкая критика деятельности Медицинской коллегии, и по-видимому, членам коллегии это пришлось не по вкусу.
В конце своей незаконченной работы Г. Бер описывает философский спор между членами врачебной управы, который, по-видимому, не выдуман автором, а был в действительности. Небольшая группа врачей в далекой Перми вовсе не была оторвана от жизни. В управе кипела жизнь. Велись горячие споры о сущности жизни, о роли нервов, о работе сельского врача.
Г. Бер хорошо знал русскую и европейскую литературу по вопросам медицины, но подходил к ней критически. Изучая ее, он вступал в спор даже с такими выдающимися учеными, как Галлер и Тиссот.
В 1801 году Г. Бер был переведен на работу в Могилевскую карантинную контору. Место инспектора врачебной управы занял Ф. X. Граль.
Федор Христофорович Граль приехал в Пермь в 1791 году и был в это время уже доктором медицины (он защитил диссертацию в Иене на тему «О русских домашних лекарственных средствах»). Приказ общественного призрения назначил Граля уездным врачом в Ирбит и Алапаевск, где он пробыл семь лет. Затем работал губернским врачом и оператором врачебной управы. Этот замечательный врач-гуманист за 44 года работы в Пермской губернии заслужил огромную любовь всего населения, как прекрасный специалист, как врач-бессребреник. Ф. X. Граля называли пермским Гаазом — в честь замечательного московского врача Федора Петровича Гааза, прославившегося на всю Россию как друг бедноты.
В Перми работал еще один замечательный деятель медицины — Павел Михайлович Карпов, переведенный сюда из Верхотурского уезда на должность губернского врача. П. М. Карпов предложил оригинальный метод лечения сибирской язвы у скота — местное применение холода (лед, холодная вода). Медицинская коллегия рекомендовала применять этот метод повсеместно, и лечение сибирской язвы холодом получило широкое распространение. Этот врач уже в то время решался на такие операции, как прокол грудной клетки при гнойном плеврите.
Таким образом, к приезду Протасова в Пермскую губернскую управу здесь уже сложилось довольно крепкое ядро врачей-энтузиастов. Общение с ними способствовало дальнейшему творческому развитию Протасова.
Иван Васильевич с первых же дней своей работы в управе развернул кипучую деятельность. Предложения об улучшении работы управы следовали от него одно за другим.
Надо разрабатывать материалы по медико-топографическому описанию губернии. Для этого нужны сведения о температуре воздуха и атмосферном давлении по каждому уезду. Протасов добивается, чтобы все уездные врачи имели термометры и барометры. В самой управе по его инициативе была заведена книга, в которой ежедневно отмечались температура воздуха, атмосферное давление, осадки, сведения о вскрытии рек и т. п. Он заботится о том, чтобы во всех уездах был заведен правильный учет заболеваемости и чтобы сведения о заболеваемости присылали в управу не только врачи, состоящие на государственной службе, но и частнопрактикующие врачи. Протасов составляет первое медико-топографическое описание Пермской губернии (за 1801 год).
По предложению Протасова были приняты меры, которые улучшили судебно-медицинскую экспертизу в уездах. Он поставил вопрос об обеспечении уездных врачей инструментарием для проведения судебно-медицинских вскрытий. Уездные врачи стали представлять копии врачебных свидетельств по судебно-медицинской экспертизе в управу.
Протасов предложил усилить контроль за аптеками. В губернии тогда было две аптеки — заводская в Екатеринбурге и частная в Перми. Аптекари немилосердно грабили народ и врачей. За лекарство, как правило, брали в два раза дороже, чем полагалось. Учитывая то, что в екатеринбургской аптеке инспектор врачебной управы мог быть всего только один раз в год, во время объезда губернии, Протасов предложил поручить инспектирование аптеки екатеринбургским врачам Фелькнеру и Белошитскому. Контроль за пермской аптекой был поручен самому Протасову. О том, что аптека не удовлетворяет потребностям населения, иногда приходилось убеждаться на собственном опыте. Заболел у Ивана Васильевича сын ангиной. Он посылает в аптеку за лекарством — лекарства нет, заменил это лекарство другим — тоже нет, пришлось идти в третий раз — и опять впустую. После этого случая Протасов стал еще энергичнее добиваться того, чтобы в аптеке были необходимые лекарственные средства.