После того как в сентябре 1944 года от 561-го батальона осталось 15 человек, он был заново пополнен и передан под командование майора Йонишкайте. Первый бой в новом составе он принял у Пампали. О боях в ноябре 1944 года рассказывалось в документах разыскной службы Немецкого Красного Креста: «Советские войска непрерывно атакуют в окрестностях Фрауенбурга, где проходит граница между 16-й и 18-й армиями. Противник неоднократно пытался расколоть воинскую группировку и достичь Либау. 561-й гренадерский батальон с прошлой недели оказался в районе Пампали, в 25 километрах на юго-запад от Фрауенбурга. После обусловленного плохой погодой перерыва между боями противник 17 ноября продолжал наносить удары в этом направлении. При поддержке танковых и летных частей пехота пытается с юга перерезать трассу и железную дорогу из Фрауенбурга в Либау. В окрестностях Пампали дошло до кровопролитных боев, в ходе которых обороняющиеся вынуждены отступить на север на 5 километров от Лотки в направлении Стедени. По сообщениям возвратившихся в тыл, 20 ноября боевая группа батальона предприняла наступление близ Бринини, которое несмотря на успех советского наступления продолжало обороняться. Боевая группа была вынуждена перейти к круговой обороне и, когда после высоких потерь давление противника усилилось, оставила захваченную территорию. 24 ноября небольшими группами батальон перешел на прежние позиции. После этого боя 561-й гренадерский батальон недосчитался множества солдат».
После того как длительные дожди временно прервали бои, 21 декабря 1944 года было начато очередное наступление превосходящих советских сил («Третья битва за Курляндию»). О ней также упомянуто в документах разыскной службы: «После ожесточенных боев солдаты 561-го гренадерского батальона были вынуждены оставить Пампали и отойти на север к Стедени, Лигуте и Перкени. Эти местечки неоднократно переходили из рук в руки. И лишь к ночи 22 декабря неприятель овладел ими. Лишившись связи, остатки батальона продолжили отступление на север. Лишь немногим удалось вырваться».
После этих боев, связанных с огромными потерями, батальоны долгое время не пополнялись. Лишь 8 января 1945 года в 540-й и 561-й батальоны были направлены свежие силы в количестве 493 человек. На тот момент оба батальона оказались о районе Преекульна. Они были направлены в резерв и некоторое время пребывали в относительном спокойствии. Однако 23 января 1945 года 561-й батальон был вновь направлен на передовую. Вечером того же дня специально присланный из 10-го армейского корпуса генерал Томашки сообщал: «561-й батальон все уладит. У Аксели хорошее продвижение». А вот сообщение от 26 января 1945 года: «Батальон подвергается сильным атакам с южного направления. Удалось предотвратить прорыв фронта у Толи и восточнее Саулиши». Дальнейший ход боев описан Немецким Красным Крестом: «Предпринятая здесь 27 и 28 января контратака силами 561 — го гренадерского батальона оказалась безуспешной. После тяжелых боев пришлось уступить близлежащие деревни Райни, Тольки и Калети. Остатки ударной группы воссоединились частью, после чего начали отступление на исходные позиции». Далее сообщалось о больших потерях.
После этой провалившейся операции 561-й батальон был в очередной раз обескровлен. Его пришлось отозвать с передовой. Когда в феврале 1945 года началась «Пятая битва за Курляндию» (20 февраля — 11 марта 1945 года) он стал использоваться в качестве резерва для 540-го батальона, который оказался у Преекульна. Об использовании этого батальона, командиром которого являлся Гуддак, еще в конце 1944 года внесенный в «Почетный список немецкой армии», сообщал опять же Немецкий Красный Крест: «Между 15 и 19 февраля эта часть была подготовлена к боевым действиям. 20 февраля ей пришлось столкнуться с мощным советским наступлением, которое началось с сильного артиллерийского обстрела Преекульна, а также железной дороги, ведущей в Либау. Вскоре после этого последовал мощный пехотно-танковый удар, в то время как вражеская авиация засыпала сотнями бомб немецкие укрепления на передовой. 540-й гренадерский батальон, который обеспечивал на разных участках фронта прикрытие железной дороги, тут же вступил в ожесточенную борьбу. Он сразу же понес огромные потери. 22 февраля противник занял Преекульн. Отступающие немецкие части, среди которых были роты 540-го батальона, приняли бой на следующий день в 7 километрах западнее около деревни Йаусени у железнодорожного полотна. Почти все они погибли. Самые большие потери понес 540-й батальон». Прежде чем 540-й батальон был окружен, он успел принять участие в уничтожении 8-й гвардейской дивизии Красной Армии, которое было допущено в марте 1945 года.