Как и стоило предполагать, не обошли стороной изменения и в военной системе исполнения наказаний. Перемены произошли в сентябре 1944 года по личной инициативе Гиммлера. Первое мероприятие, касавшееся осужденных военными судами, относилось к управлению Эмсовскими лагерями. 5 сентября 1944 года Гиммлер отдал приказ военным судам армии резерва. В нем говорилось, что исполнение наказаний без каких-либо исключений должно быть ориентировано на ведение войны.
«1. Солдаты и военнослужащие, которые были приговорены к тюремному заключению или приравненному к нему наказанию, ведущему к потере гражданских прав, отныне не должны передаваться для приведения в исполнение наказания в руки общей юстиции. В будущем они должны передаваться
а) либо в арестантские роты полевых арестантских подразделений,
б) либо переводиться тайной государственной полицией в концентрационные лагеря для отбывания трудовой повинности.
Решение о виде приведения в исполнения наказания выносится соответствующим командующим или судьей.
Осужденные, ранее переданные в руки общих органов власти, должны безотлагательно вручаться командованию военных округов».
Хотя процитированный выше приказ поначалу относился только к частям армии резерва, постепенно его действие распространилось на все воюющие части сухопутных сил, а позже части Люфтваффе и военно-морского флота. Впредь все осужденные солдаты и офицеры направлялись не в Эмсовские лагеря, где у них была возможность завербоваться в 500-е батальоны, а в заново созданные полевые арестантские подразделения, которые, как видно из приказа, состояли из арестантских рот. Подобный шаг позволял с самого начала использовать арестантов в военных целях. Теперь у осужденных не было перспективы прохождения «испытания». Новый вид наказания в документах значился как «промежуточное заключение II». Это правило касалось фактически всех заключенных Эмсовских лагерей. «Задним числом» они могли быть зачисленными в арестантские роты или переведены в концентрационные лагеря. Чтобы выработать общие позиции у всех заинтересованных сторон: армии резерва, полевых частей, морского флота, военной авиации, военной промышленности и Министерства юстиции — в октябре 1944 года в Верховном командовании Вермахта было подписано соглашение. В нем значилось: «Чтобы ввести общие понятия относительно того, каких из осужденных солдат и военнослужащих полевых и резервных частей направлять в исправительные формирования, в арестантские роты полевых арестантских подразделений и концентрационные лагеря для трудовой повинности, Верховное командование Вермахта предполагает проверить всех находящихся в заключении в Эмсовских лагерях». Данную проверку должны были проводить на местах судьи, работники судов и органов юстиции. То есть Имперское министерство юстиции брало на себя ответственность «рассортировать» всех заключенных на три группы.
Данное согласие министра юстиции зависело, кроме всего прочего, оттого, нуждались ли в Эмсовских лагерях в «болотных солдатах», то есть требовались ли специальные арестантские команды для дальнейшего осушения болот и рытья каналов. В то же время Шпеер, имперский министр вооружений и военной промышленности воспользовался тем, чтобы в одночасье ему было предоставлено около 2000 заключенных, которых он «употребил в военных целях» на предприятиях авиапромышленности «военного назначения». Но в то же время Геринг и Дёниц оказались поначалу не готовы к выполнению гиммлеровского приказа. По этой причине Гиммлера ожидало некоторое разочарование, так как количество привлеченных к решению военных задач заключенных не соответствовало его ожиданиям.