Части Отдельного Чехословацкого корпуса тем временем продолжали расширять сферы своего влияния. 7 августа они захватили Казань. В тот же день туда из Москвы отправился экстренно сформированный поезд Л.Д. Троцкого. Перед отъездом, 6 августа, состоялась его беседа с В.И. Лениным. «Необходимо в первую очередь укрепить нашу армию, — говорил Троцкий, — в основу частей положить крепкие революционные ядра, которые поддержат железную дисциплину изнутри. Надо создать надежные заградительные отряды (выделено нами. — Авт.), которые будут действовать извне заодно с внутренним революционным ядром частей, не останавливаясь перед расстрелом бегущих. Надо также обеспечить компетентное командование, поставив над спецом (речь идет о военных специалистах. — Авт.) комиссара с револьвером, учредить военно-революционные трибуналы и орден за личное мужество в бою». В.И. Ленин, выслушав его, сказал: «Все верно, абсолютно верно, но времени слишком мало. Если повести дело круто, что абсолютно необходимо, собственная партия помешает: будут хныкать, звонить по всем телефонам, уцепятся за факты, помешают. Конечно, революция закаливает, но времени слишком мало». Однако Троцкий заверил председателя Совнаркома: «Завтра же выезжаю на восток, чтобы на месте разобраться в обстановке и принять надлежащие меры по ее стабилизации».
Л.Д. Троцкий, прибыв 10 августа на Восточный фронт, начал претворять в жизнь обещание, данное В.И. Ленину. 11 августа Лев Давидович подписывает приказ № 18, в котором отмечалось: «Предупреждаю: если какая-либо часть отступит самовольно, первым будет расстрелян комиссар части, вторым — командир. Мужественные, храбрые солдаты будут награждены по заслугам и поставлены на командные посты. Трусы, шкурники и предатели не уйдут от пули».
Вскоре Л Д. Троцкому представилась возможность исполнить свои угрозы. Противник, совершив внезапное нападение на Свияжск, опрокинул подразделения 2-го Петроградского полка и уничтожил бронепоезд «Свободная Россия». Отпор нападавшим оказали охрана Троцкого, писаря, телеграфисты, санитары и прислуга поезда, а также прибывший им на помощь отряд моряков. Военный трибунал, вершивший суд над 2-м Петроградским полком, приговорил каждого десятого к расстрелу, в том числе коммунистов, командира и комиссара полка. «В этот момент, — вспоминал участник Гражданской войны С.И. Гусев (ЯД. Драбкин), — когда этот расстрел был произведен, и в той обстановке, в какой он был произведен, это была, безусловно, правильная, необходимая мера. Этот расстрел красной кровавой чертой подводил итог предшествовавшему партизанскому хаотическому периоду существования Красной Армии и был переходной ступенью к регулярной дисциплине».
Л.Д. Троцкий 15 августа сообщил В.И. Ленину, что созданы «специальные конные отряды-десятки против паники, дезертирства, хулиганства и прочее». Председатель Высшего военного совета поддержал инициативу командования 5-й армии (командующий П.А. Славен, начальник штаба А.К. Андерс), сформировавшего летучую сотню для борьбы с дезертирством, озорством, паническим отступлением. В распоряжении № 222, направленном Троцким реввоенсовету Восточного фронта, говорилось: «Сотня состоит из десятков, во главе каждого десятка — надежный коммунист, два помощника тоже из коммунистов, остальные семь из коммунистов или просто хороших надежных солдат. Часть десятков на лошадях, часть пеших с пулеметами, во главе сотни офицер-кавалерист, коммунист. Эта организация существует всего несколько дней, началась с полусотни, успела доказать свою жизненность и крайнюю полезность и развернулась в сотню. Настоятельно рекомендую испробовать ее на всех фронтах. Она везде сыграет оздоровляющую и организующую роль».
С особой силой репрессии не только на фронте, но и в тылу в отношении «эксплуататорских классов» вспыхнули после того, как В.И. Ленин 30 августа 1918 г. был тяжело ранен правой эсеркой Ф.Е. Каплан (Ройд) по окончании митинга на заводе бывшего Михельсона. В тот же день в Петрограде юнкер-эсер Л.А. Каннегисер убил председателя Петроградской ЧК М.С. Урицкого, известного своими суровыми расправами над «эксплуататорами». На следующий день центральные газеты опубликовали воззвание ВЦИКза подписью его председателя Я.М. Свердлова, в котором отмечалось: «На покушения, направленные против его вождей, рабочий класс ответит еще большим сплочением своих сил, ответит беспощадным массовым террором против всех врагов Революции». 5 сентября нарком юстиции Д.И. Курский, нарком внутренних дел Г.И. Петровский и управляющий делами СНК В.Д. Бонч-Бруевич подписали постановление СНК РСФСР «О красном терроре». В соответствии с этим постановлением только в Петрограде, по официальным данным Чрезвычайной комиссии от 20 октября 1918 г., было расстреляно 500 заложников, а в Москве — более сотни человек.