Основная масса микробов приходится на мукозную микрофлору, лишь незначительная часть нормальной кишечной микрофлоры находится внутри просвета кишки (Григорьев П. Я., 2004, Логинов А. С., 2000; Чернин В. В., 2010). При этом количество анаэробных бактерий в организме человека значительно превышает количество аэробов (Воробьев А. А., 1999), и составляет 99 % спектра микробиоты кишечника (Wilson M., 2005).
Общее число видов микроорганизмом, заселяющих кишечник, на настоящий момент колеблется от 600 до 1000 (RajilicStojanovic M., 2007; Ардатская М. Д., 2011; Кучумова С. Ю., 2011). В настоящее время известно 55 видов бактерий эволюционно способных заселить ЖКТ, и большинство (99 %) принадлежат четырем видам: Гр+ Firmicutes и Actinobacteria и ГрBacteroidetes и Proteobacteria. (Rajilic-Stojanovic M., 2007; Tap J., 2009; Eckburg P. B., 2005).
Считается, что закодированный микробиоматерией «микробиом» (генный набор всех микробов колонизации) содержит в 150 раз более уникальные гены, чем закодировано человеческим геномом (Qin J., 2010). У различных колоний может быть чрезвычайно переменный геном и фенотипические черты (Lapierre P., 2009), которые формируются как результат совместного с иммунной системой хозяина созревания микробиоты с момента первичной колонизации (Dethlefsen L., 2006), что подтверждают результаты исследований (Gill N., 2011; Norin E., 2010). Таким образом, утверждение о том, что «микрофлора человека индивидуальна как отпечаток пальцев» (Ардатская М. Д., 2011) является правомерным.
Динамика микробиоценоза кишечника человека в онтогенезе. Нормальная микрофлора изменяется на протяжении всей жизни в зависимости от влияния различных факторов, однако к периоду полового созревания ее профиль становится относительно стабильным. Микрофлора новорожденных весьма отличается от микрофлоры взрослых, которая, в свою очередь, несколько отлична от таковой у пожилых (Gordon D. M., 2006; Rambaud J. C., 2006).
Так, в 2010 году были опубликованы данные Cavalieri (2010) по исследованию состава микробиоценоза ЖКТ у 30 здоровых, нормально развивающихся детей в возрасте от 1 до 6 лет в двух группах из Буркина-Фасо и Италии, отличающихся по характеру питания, последующего за грудным. Для оценки состояния микрофлоры использовали ДНК-секвенирование. Авторами было показано, что в период естественного вскармливания основные характеристики компонентов микрофлоры ЖКТ в сравниваемых группах были сопоставимы. Но когда дети начали получать твердую пищу, характерную для региона проживания, различия в микрофлоре стали выглядеть несколько иначе. По сравнению с европейскими детьми, бактерии, представленные в микрофлоре ЖКТ африканских детей были более разнообразными, что позволяет детям более быстро адаптироваться к различным диетам. Эти бактерии не только обладали выраженными пробиотическими свойствами, но также были уникальными штаммами бактерий, которые не были обнаружены у европейских детей. Для этих микроорганизмов были показаны выраженные противодиарейные и противовоспалительные свойства (Плоскирева А. А., 2010).
Микробная колонизация желудочно-кишечного трактата (ЖКТ) немедленно начинается постпрандиально с простых микробных сообществ и формируется под влиянием окружения (Palmer C., 2007). Во время родов кишечный тракт младенца первоначально заселяется флорой родовых путей матери, представляя форму семейного наследования. Напротив, во время кесарева сечения младенец первоначально заселяется микробами кожи матери и микробами родильной палаты больницы (Koenig J. E., 2011; Park H. K., 2005; Dominguez-Bello M. G., 2010).
После рождения состав преобладающей микробиоматерии в значительной степени определяется диетой младенца. Например, кишечная микробиоматерия вскармливаемых грудью детей, как правило, представлена Bifidobacteriа (Harmsen H. J., 2000). Грудное молоко матери содержит множество олигосахаридов, которые используются в качестве пробиотиков бифидобактериями (Zivkovic A. M., 2011). В отличие от вскармливаемых грудью детей, младенцы находящиеся на искусственном вскармливании колонизированы более широким диапазоном флоры, где бифидобактерии находятся в меньшинстве (Hascoet J. M., 2011).
Введение прикорма и докорма с последующим отнятием от груди вызывает выраженные изменения в составе микробиоматерии. На 1–2 году жизни устанавливается плотная и разнообразная микробиоматерия, напоминающая по составу флору взрослого человека (Palmer C., 2007; Koenig J. E., 2011). С годами микробиоматерия становится более сложной и устойчивой в отсутствие внешних критических влияний, таких как инфекция или антибиотики (Blaser M. J., 2009).